背景技術(shù)：
1、本領(lǐng)域需要改進(jìn)的寡核苷酸以減少基因表達(dá)。
技術(shù)實現(xiàn)思路
1、在一些實施方案中，本文描述了包含寡核苷酸的組合物，該寡核苷酸靶向mrna并且當(dāng)以有效量施用時降低靶mrna或蛋白質(zhì)水平。在一些實施方案中，本文描述了包含小干擾rna(sirna)的組合物，該sirna包含有義鏈、反義鏈和連接至有義鏈或反義鏈的末端的脂質(zhì)部分；其中脂質(zhì)部分包含苯基或環(huán)己基接頭，其中接頭連接至脂質(zhì)并且連接至有義鏈或反義鏈的末端。脂質(zhì)部分可以連接至有義鏈或反義鏈的5'端或3'端。在一些實施方案中，脂質(zhì)和有義鏈或反義鏈的末端以1,4、1,3、或1,2取代模式(例如，對位、間位或鄰位苯基構(gòu)型)連接至苯基或環(huán)己基接頭。在一些實施方案中，脂質(zhì)和有義鏈或反義鏈的末端以1,4(對位苯基)連接至苯基或環(huán)己基接頭。在一些實施方案中，脂質(zhì)部分包含以下結(jié)構(gòu)：
2、其中虛線指示與有義鏈或反義鏈的末端的連接(例如共價連接)，并且r是含有4-18個碳的烷基。在一些實施方案中，r不是辛烷。在一些實施方案中，r是含有4-7或9-18個碳的烷基。在一些實施方案中，脂質(zhì)部分包含以下結(jié)構(gòu)：
3、其中虛線指示與有義鏈或反義鏈的末端的連接(例如共價連接)，n是1-3，并且r是含有4-18個碳的烷基。在一些實施方案中，脂質(zhì)部分包含以下結(jié)構(gòu)：
4、其中虛線指示與有義鏈或反義鏈的末端的連接(例如共價連接)，n是0-3，并且r是含有4-18個碳的烷基。在一些實施方案中，脂質(zhì)部分包含以下結(jié)構(gòu)：其中虛線指示與有義鏈或反義鏈的末端的連接(例如共價連接)，并且r是含有4-18個碳的烷基。在一些實施方案中，脂質(zhì)部分包含以下結(jié)構(gòu)中的任何一種：
5、
6、其中虛線指示與有義鏈或反義鏈的末端的連接(例如共價連接)，n是0-3，并且r是含有4-18個碳的烷基。在一些實施方案中，脂質(zhì)部分包含表1中描繪的脂質(zhì)部分。在一些實施方案中，脂質(zhì)部分連接至有義鏈或反義鏈的5'端。在一些實施方案中，脂質(zhì)部分連接至有義鏈的5'端。在一些實施方案中，脂質(zhì)部分通過磷酸酯連接至有義鏈或反義鏈的5'端。在一些實施方案中，脂質(zhì)部分連接至有義鏈的末端。在一些實施方案中，反義鏈包含乙烯基膦酸酯。在一些實施方案中，反義鏈包含5'乙烯基膦酸酯。在一些實施方案中，有義鏈或反義鏈在有義鏈或反義鏈的5'端或3'端包含一個或兩個硫代磷酸酯鍵聯(lián)。在一些實施方案中，反義鏈包含一個或兩個5'硫代磷酸酯鍵聯(lián)。例如，在反義鏈的5'端的第一和第二核苷酸之間可以存在硫代磷酸酯，或者在反義鏈的5'端的第一、第二和第三核苷酸之間可以存在硫代磷酸酯。在一些實施方案中，反義鏈包含一個或兩個3'硫代磷酸酯鍵聯(lián)。例如，在反義鏈的3'端的第一和第二核苷酸之間可以存在硫代磷酸酯，或者在反義鏈的3'端的第一、第二和第三核苷酸之間可以存在硫代磷酸酯。在一些實施方案中，有義鏈包含一個或兩個5'硫代磷酸酯鍵聯(lián)。例如，在有義鏈的5'端的第一和第二核苷酸之間可以存在硫代磷酸酯，或者在有義鏈的5'端的第一、第二和第三核苷酸之間可以存在硫代磷酸酯。在一些實施方案中，有義鏈不包含一個或兩個5'硫代磷酸酯鍵聯(lián)。例如，在一些實施方案中，在有義鏈的5'端的最后3個核苷酸之間沒有硫代磷酸酯。在一些實施方案中，有義鏈包含5'磷酸酯鍵聯(lián)。在一些實施方案中，有義鏈包含一個或兩個3'硫代磷酸酯鍵聯(lián)。例如，在有義鏈的3'端的第一和第二核苷酸之間可以存在硫代磷酸酯，或者在有義鏈的3'端的第一、第二和第三核苷酸之間可以存在硫代磷酸酯。在一些實施方案中，關(guān)于有義鏈，以下中的任一項為真：所有嘌呤核苷包含2'氟，并且所有嘧啶核苷用2'氟和2'-o-甲基的混合物修飾；所有嘌呤核苷包含2'-o-甲基，并且所有嘧啶核苷用2'氟和2'-o-甲基的混合物修飾；所有嘌呤核苷包含2'氟，并且所有嘧啶核苷包含2'-o-甲基；所有嘧啶核苷包含2'氟，并且所有嘌呤核苷用2'氟和2'-o-甲基的混合物修飾；所有嘧啶核苷包含2'-o-甲基，并且所有嘌呤核苷用2'氟和2'-o-甲基的混合物修飾；或者所有嘧啶核苷包含2'氟，并且所有嘌呤核苷包含2'-o-甲基；條件是在上述中的任一項中，有義鏈可以包括2'脫氧核苷。在一些實施方案中，有義鏈包括2'脫氧核苷。在一些實施方案中，有義鏈不包括2'脫氧核苷。在一些實施方案中，關(guān)于反義鏈，以下中的任一項為真：所有嘌呤核苷包含2'氟，并且所有嘧啶核苷用2'氟和2'-o-甲基的混合物修飾；所有嘌呤核苷包含2'-o-甲基，并且所有嘧啶核苷用2'氟和2'-o-甲基的混合物修飾；所有嘌呤核苷包含2'-o-甲基，并且所有嘧啶核苷包含2'氟；所有嘧啶核苷包含2'氟，并且所有嘌呤核苷用2'氟和2'-o-甲基的混合物修飾；所有嘧啶核苷包含2'-o-甲基，并且所有嘌呤核苷用2'氟和2'-o-甲基的混合物修飾；或者所有嘧啶核苷包含2'-o-甲基，并且所有嘌呤核苷包含2'氟。在一些實施方案中，關(guān)于有義鏈或反義鏈(條件是有義鏈或反義鏈可以包括脫氧核苷)，以下中的任一項為真：所有嘌呤包含2'氟修飾的嘌呤，并且所有嘧啶包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘧啶的混合物；所有嘌呤包含2'-o-甲基修飾的嘌呤，并且所有嘧啶包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘧啶的混合物；所有嘌呤包含2'氟修飾的嘌呤，并且所有嘧啶包含2'-o-甲基修飾的嘧啶；所有嘧啶包含2'氟修飾的嘧啶，并且所有嘌呤包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘌呤的混合物；所有嘧啶包含2'-o-甲基修飾的嘧啶，并且所有嘌呤包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘌呤的混合物；或者所有嘧啶包含2'氟修飾的嘧啶，并且所有嘌呤包含2'-o-甲基修飾的嘌呤。在一些實施方案中，關(guān)于有義鏈，以下中的任一項為真：所有嘌呤包含2'氟修飾的嘌呤，并且所有嘧啶包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘧啶的混合物；所有嘌呤包含2'-o-甲基修飾的嘌呤，并且所有嘧啶包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘧啶的混合物；所有嘌呤包含2'氟修飾的嘌呤，并且所有嘧啶包含2'-o-甲基修飾的嘧啶；所有嘧啶包含2'氟修飾的嘧啶，并且所有嘌呤包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘌呤的混合物；所有嘧啶包含2'-o-甲基修飾的嘧啶，并且所有嘌呤包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘌呤的混合物；或者所有嘧啶包含2'氟修飾的嘧啶，并且所有嘌呤包含2'-o-甲基修飾的嘌呤；條件是在上述中的任一項中，有義鏈可以包括脫氧核苷。在一些實施方案中，有義鏈不包括脫氧核苷。在一些實施方案中，關(guān)于有義鏈，以下中的任一項為真：所有嘌呤包含2'氟修飾的嘌呤，并且所有嘧啶包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘧啶的混合物；所有嘌呤包含2'-o-甲基修飾的嘌呤，并且所有嘧啶包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘧啶的混合物；所有嘌呤包含2'氟修飾的嘌呤，并且所有嘧啶包含2'-o-甲基修飾的嘧啶；所有嘧啶包含2'氟修飾的嘧啶，并且所有嘌呤包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘌呤的混合物；所有嘧啶包含2'-o-甲基修飾的嘧啶，并且所有嘌呤包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘌呤的混合物；或者所有嘧啶包含2'氟修飾的嘧啶，并且所有嘌呤包含2'-o-甲基修飾的嘌呤。在一些實施方案中，關(guān)于反義鏈，以下中的任一項為真：所有嘌呤包含2'氟修飾的嘌呤，并且所有嘧啶包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘧啶的混合物；所有嘌呤包含2'-o-甲基修飾的嘌呤，并且所有嘧啶包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘧啶的混合物；所有嘌呤包含2'-o-甲基修飾的嘌呤，并且所有嘧啶包含2'氟修飾的嘧啶；所有嘧啶包含2'氟修飾的嘧啶，并且所有嘌呤包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘌呤的混合物；所有嘧啶包含2'-o-甲基修飾的嘧啶，并且所有嘌呤包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘌呤的混合物；或者所有嘧啶包含2'-o-甲基修飾的嘧啶，并且所有嘌呤包含2'氟修飾的嘌呤。有義鏈可以包括位置9處的2-脫氧修飾。
7、在一些實施方案中，本文描述了包含以下的組合物：小干擾rna(sirna)，其包含有義鏈和反義鏈；其中該反義鏈包括包含乙烯基膦酸酯和2個硫代磷酸酯鍵聯(lián)的5'端和包含2個硫代磷酸酯鍵聯(lián)的3'端；其中有義鏈包括包含疏水部分的5'端和包含2個硫代磷酸鍵鍵聯(lián)的3'端；其中關(guān)于有義鏈(條件是該有義鏈可以包括2'脫氧核苷)，以下中的任一項為真：所有嘌呤核苷包含2'氟，并且所有嘧啶核苷用2'氟和2'-o-甲基的混合物修飾，所有嘌呤核苷包含2'-o-甲基，并且所有嘧啶核苷用2'氟和2'-o-甲基的混合物修飾，所有嘌呤核苷包含2'氟，并且所有嘧啶核苷包含2'-o-甲基，所有嘧啶核苷包含2'氟，并且所有嘌呤核苷用2'氟和2'-o-甲基的混合物修飾，所有嘧啶核苷包含2'-o-甲基，并且所有嘌呤核苷用2'-氟和2'-o-甲基的混合物修飾，或者所有嘧啶核苷包含2'氟，并且所有嘌呤核苷包含2'-o-甲基；并且其中關(guān)于反義鏈，以下中的任一項為真：所有嘌呤核苷包含2'氟，并且所有嘧啶核苷用2'氟和2'-o-甲基的混合物修飾，所有嘌呤核苷包含2'-o-甲基，并且所有嘧啶核苷用2'-氟和2'-o-甲基的混合物修飾，所有嘌呤核苷包含2'-o-甲基，并且所有嘧啶核苷包含2'氟，所有嘧啶核苷包含2'氟，并且所有嘌呤核苷用2'氟和2'-o-甲基的混合物修飾，所有嘧啶核苷包含2'-o-甲基，并且所有嘌呤核苷用2'氟和2'-o-甲基的混合物修飾，或者所有嘧啶核苷包含2'-o-甲基，并且所有嘌呤核苷包含2'氟。在一些實施方案中，有義鏈包括2'脫氧核苷。在一些實施方案中，有義鏈不包括2'脫氧核苷。在一些實施方案中，本文描述了包含小干擾rna(sirna)的組合物，該小干擾rna(sirna)包含有義鏈和反義鏈；其中該反義鏈包括包含乙烯基膦酸酯和2個硫代磷酸酯鍵聯(lián)的5'端和包含2個硫代磷酸酯鍵聯(lián)的3'端；其中有義鏈包括包含疏水部分的5'端和包含2個硫代磷酸鍵聯(lián)的3'端；其中關(guān)于有義鏈，以下中的任一項為真：所有嘌呤包含2'氟修飾的嘌呤，并且所有嘧啶包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘧啶的混合物，所有嘌呤包含2'-o-甲基修飾的嘌呤，并且所有嘧啶核苷包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘧啶的混合物，所有嘌呤包含2'氟修飾的嘌呤，并且所有嘧啶包含2'-o-甲基修飾的嘧啶，所有嘧啶包含2'氟修飾的嘧啶，并且所有嘌呤包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘌呤的混合物，所有嘧啶包含2'-o-甲基修飾的嘧啶，并且所有嘌呤包含2'-氟和2'-o-甲基修飾的嘌呤的混合物，或者所有嘧啶包含2'氟修飾的嘧啶，并且所有嘌呤包含2'-o-甲基修飾的嘌呤；并且其中關(guān)于反義鏈，以下中的任一項為真：所有嘌呤包含2'氟修飾的嘌呤，并且所有嘧啶包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘧啶的混合物，所有嘌呤包含2'-o-甲基修飾的嘌呤，并且所有嘧啶包含2'-氟和2'-o-甲基修飾的嘧啶的混合物，所有嘌呤包含2'-o-甲基修飾的嘌呤，并且所有嘧啶包含2'氟修飾的嘧啶，所有嘧啶包含2'氟修飾的嘧啶，并且所有嘌呤包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘌呤的混合物，所有嘧啶包含2'-o-甲基修飾的嘧啶，并且所有嘌呤包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘌呤的混合物，或所有嘧啶包含2'-o-甲基修飾的嘧啶，并且所有嘌呤包含2'氟修飾的嘌呤，所有這些都條件，即有義鏈可以包括脫氧核苷。在一些實施方案中，有義鏈不包括脫氧核苷。在一些實施方案中，本文描述了包含小干擾rna(sirna)的組合物，該小干擾rna(sirna)包含有義鏈和反義鏈；其中該反義鏈包括包含乙烯基膦酸酯和2個硫代磷酸酯鍵聯(lián)的5'端和包含2個硫代磷酸酯鍵聯(lián)的3'端；其中有義鏈包括包含疏水部分的5'端和包含2個硫代磷酸鍵聯(lián)的3'端；其中關(guān)于有義鏈，以下中的任一項為真：所有嘌呤包含2'氟修飾的嘌呤，并且所有嘧啶包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘧啶的混合物，所有嘌呤包含2'-o-甲基修飾的嘌呤，并且所有嘧啶包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘧啶的混合物，所有嘌呤包含2'氟修飾的嘌呤，并且所有嘧啶包含2'-o-甲基修飾的嘧啶，所有嘧啶包含2'氟修飾的嘧啶，并且所有嘌呤包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘌呤的混合物，所有嘧啶包含2'-o-甲基修飾的嘧啶，并且所有嘌呤包含2'-氟和2'-o-甲基修飾的嘌呤的混合物，或者所有嘧啶包含2'氟修飾的嘧啶，并且所有嘌呤包含2'-o-甲基修飾的嘌呤；并且其中關(guān)于反義鏈，以下中的任一項為真：所有嘌呤包含2'氟修飾的嘌呤，并且所有嘧啶包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘧啶的混合物，所有嘌呤包含2'-o-甲基修飾的嘌呤，并且所有嘧啶包含2'-氟和2'-o-甲基修飾的嘧啶的混合物，所有嘌呤包含2'-o-甲基修飾的嘌呤，并且所有嘧啶核苷包含2'氟修飾的嘧啶，所有嘧啶包含2'氟修飾的嘧啶，并且所有嘌呤包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘌呤的混合物，所有嘧啶包含2'-o-甲基修飾的嘧啶，并且所有嘌呤包含2'氟和2'-o-甲基修飾的嘌呤的混合物，或者所有嘧啶包含2'-o-甲基修飾的嘧啶，并且所有嘌呤包含2'氟修飾的嘌呤。在一些實施方案中，有義鏈的5'端包含經(jīng)由磷酸酯鍵聯(lián)而不是通過硫代磷酸酯鍵聯(lián)連接的兩個核苷酸。在一些實施方案中，有義鏈的5'端包含經(jīng)由磷酸酯鍵聯(lián)而不是通過硫代磷酸酯鍵聯(lián)連接的兩個核苷，并且有義鏈的3'端包含經(jīng)由硫代磷酸鍵聯(lián)連接的兩個核苷。在一些實施方案中，有義鏈的5'端進(jìn)一步包含1個或2個硫代磷酸酯鍵聯(lián)。在一些實施方案中，疏水部分包含通過苯基或環(huán)己基接頭連接至有義鏈的5'端的脂質(zhì)。在一些實施方案中，脂質(zhì)和有義鏈的5'端以1,4、1,3、或1,2取代模式(例如，對位、間位或鄰位苯基構(gòu)型)連接至苯基或環(huán)己基接頭。在一些實施方案中，脂質(zhì)和有義鏈的5'端以1,4(對位苯基)構(gòu)型連接至苯基或環(huán)己基接頭。在一些實施方案中，疏水部分包含以下結(jié)構(gòu)中的任一種：
8、其中虛線指示與有義鏈或反義鏈的末端的連接，n是1-3，并且r是含有4-18個碳的烷基。在一些實施方案中，疏水部分包含以下結(jié)構(gòu)：
9、其中虛線指示與有義鏈或反義鏈的末端的連接(例如共價連接)，并且r是含有4-18個碳的烷基。在一些實施方案中，r不是辛烷。在一些實施方案中，r是含有4-7或9-18個碳的烷基。在一些實施方案中，疏水部分包含以下結(jié)構(gòu)：
10、其中虛線指示與有義鏈或反義鏈的末端的連接(例如共價連接)，n是1-3，并且r是含有4-18個碳的烷基。在一些實施方案中，疏水部分包含以下結(jié)構(gòu)：
11、其中虛線指示與有義鏈或反義鏈的末端的連接(例如共價連接)，n是1-3，并且r是含有4-18個碳的烷基。在一些實施方案中，疏水部分包含以下結(jié)構(gòu)：
12、其中虛線指示與有義鏈或反義鏈的末端的連接(例如共價連接)，并且r是含有4-18個碳的烷基。在一些實施方案中，疏水部分包含表1中描繪的脂質(zhì)部分。有義鏈可以包括位置9處的2-脫氧修飾。
13、在一些實施方案中，有義鏈和反義鏈形成雙鏈體。在一些實施方案中，雙鏈體包含至少10個堿基對、至少11個堿基對、至少12個堿基對、至少13個堿基對、至少14個堿基對、至少15個堿基對、至少16個堿基對、至少17個堿基對、至少18個堿基對、至少19個堿基對、至少20個堿基對、至少21個堿基對、至少22個堿基對、至少23個堿基對、至少24個堿基對或至少25個堿基對。在一些實施方案中，雙鏈體包含19個堿基對。在一些實施方案中，雙鏈體包含有義鏈突出端。在一些實施方案中，有義鏈突出端包含1-4個核苷酸。在一些實施方案中，有義鏈突出端包含2個核苷酸。在一些實施方案中，有義鏈突出端包含尿嘧啶。在一些實施方案中，雙鏈體包含反義鏈突出端。在一些實施方案中，反義鏈突出端包含1-4個核苷酸。在一些實施方案中，反義鏈突出端包含2個核苷酸。在一些實施方案中，反義鏈突出端包含尿嘧啶。在一些實施方案中，有義鏈和反義鏈形成雙鏈體，該雙鏈體包含1-3個核苷酸的有義鏈3'突出端和1-3個核苷酸的反義鏈3'突出端。在一些實施方案中，有義鏈和反義鏈形成雙鏈體，該雙鏈體包含2個尿嘧啶核苷酸的有義鏈3'突出端和2個尿嘧啶核苷酸的反義鏈3'突出端。一些實施方案包含藥學(xué)上可接受的載劑。在一些實施方案中，本文描述了治療的方法，包括向有需要的對象施用有效量的組合物。在一些實施方案中，本文描述了減少細(xì)胞中rna或蛋白質(zhì)的量的方法，包括向細(xì)胞施用組合物。在一些實施方案中，向細(xì)胞施用組合物包括向包含細(xì)胞的對象施用組合物。
14、在一些實施方案中，本文描述了治療的方法，包括向有需要的對象施用有效量的本文所述的組合物或sirna。在一些實施方案中，施用包括皮下、玻璃體內(nèi)、鞘內(nèi)或腦室內(nèi)施用。在一些實施方案中，sirna靶向編碼介導(dǎo)對象疾病的蛋白質(zhì)的mrna。在一些實施方案中，mrna位于對象的組織中，該組織包括眼睛、肝臟、脂肪、腦或脊髓。
15、在一些實施方案中，本文描述了減少細(xì)胞中靶rna或由rna編碼的蛋白質(zhì)的量的方法，包括向細(xì)胞施用本文所述的組合物或sirna，其中反義鏈包含與rna互補并結(jié)合的序列。在一些實施方案中，向細(xì)胞施用組合物包括向包含細(xì)胞的對象施用組合物。在一些實施方案中，施用包括皮下、玻璃體內(nèi)、鞘內(nèi)或腦室內(nèi)施用。在一些實施方案中，施用使靶rna或由rna編碼的蛋白質(zhì)的測量值相對于基線測量值或?qū)φ战档椭辽?0％。在一些實施方案中，細(xì)胞包括眼睛、肝臟、脂肪、腦或脊髓細(xì)胞。