用于治療聽力障礙和平衡障礙的雙鏈寡核苷酸化合物的制作方法
【專利摘要】本申請涉及雙鏈核酸化合物、包含所述雙鏈核酸化合物的組合物以及在有此需要的受試者中用其治療聽力損失的方法。所述化合物優(yōu)選地是化學(xué)合成的且修飾的dsRNA分子，其抑制選自由以下組成的組中表達(dá)的基因的表達(dá)：HES1、HES5、HEY1、HEY2、ID1、ID2、ID3、CDKN1B以及NOTCH1。
【專利說明】用于治療聽力障礙和平衡障礙的雙鏈寡核苷酸化合物
[0001]相關(guān)申請
[0002]本申請要求2011年8月3日提交的標(biāo)題為“Compounds, Compositions andMethods For Treating Hearing Loss” 的美國臨時(shí)申請系列號 61/514, 541 和 2012 年 I 月12 日提交的標(biāo)題為“Compounds, Compositions and Methods For Treating Hearing Loss”的美國臨時(shí)申請系列號61/585，672的權(quán)益，為了所有目的將所述臨時(shí)申請通過引用整體并入本文。
[0003]序列表
[0004]本申請通過引用并入存在于名為“ 120803_2094_84407_PCT_Sequence_Listing_BI”的文 件中的核苷酸和/或氨基酸序列，該文件大小為5.097兆，且以具有與MS-Windows的操作系統(tǒng)兼容性的IBM-PC機(jī)格式創(chuàng)建于2012年8月3日，并隨本申請?zhí)峤弧?br>
發(fā)明領(lǐng)域
[0005]本發(fā)明涉及化合物、包含所述化合物的藥物組合物以及使用其下調(diào)包含HES1、HES5、HEY1、HEY2、IDl、ID2、ID3、CDKNlB或N0TCH1的與聽力損失有關(guān)的基因的方法，所述基因的抑制有益于用于治療聽力損失，治療平衡障礙(balance impairment)，促進(jìn)替代、再生或保護(hù)內(nèi)耳耳毛(感覺)細(xì)胞或?qū)崿F(xiàn)聽力恢復(fù)/再生。
[0006]發(fā)明背景
[0007]siRNA 和 RNA 干擾
[0008]RNA干擾(RNAi )是涉及雙鏈(ds) RNA-依賴的基因特異性轉(zhuǎn)錄后沉默的現(xiàn)象。_9] 聽力障礙/聽力損失
[0010]后天性聽力障礙/聽力損失可由幾個(gè)因素引起，包含例如，暴露于有害噪聲水平、機(jī)械性內(nèi)耳創(chuàng)傷、衰老過程、暴露于毒性藥物諸如但不限于順鉬和氨基糖苷類抗生素以及衰老。
[0011]屬于本申請的受讓人的PCT申請公布號W02007084684和W02009/147684涉及在治療聽力障礙和聽力疾病中有用的化合物及組合物。
[0012]屬于本申請的受讓人的美國專利號7，825，099涉及p53寡核苷酸抑制劑用于治療聽力障礙的用途。
[0013]需要在治療或減弱聽力損失，治療平衡損傷，促進(jìn)替代、再生或保護(hù)內(nèi)耳耳(感覺)毛細(xì)胞和或?qū)崿F(xiàn)聽力恢復(fù)/再生有用的分子、組合物、方法及藥盒。
[0014]發(fā)明概沭
[0015]本文中提供用于下調(diào)HESl、HES5、HEYl、HEY2、IDl、ID2、ID3、CDKNlB 或 NOTCHl 表達(dá)的核酸分子、包含所述核酸分子的組合物以及藥盒及其使用方法。該組合物、方法及藥盒可涉及應(yīng)用核酸分子(例如，短干擾核酸(siNA)、短干擾RNA (siRNA)、雙鏈RNA (dsRNA)、微小 RNA (miRNA)或短發(fā)夾 RNA (shRNA))，其結(jié)合編碼 HES1、HES5、HEY1、HEY2、IDl、ID2、ID3、⑶KNlB或N0TCH1的核苷酸序列(例如mRNA序列)或其部分，例如，用于人HES1、HES5、HEY1、HEY2、IDU ID2、ID3、或 CDKNlB 的 mRNA 編碼序列(SEQ ID NO: 1-11)，編碼一種或多種由SEQ ID NO: 12-22列舉的蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)亞基。在某些優(yōu)選的實(shí)施方案中，本文中公開的分子、組合物、方法及藥盒下調(diào)或抑制HES1、HES5、HEYU HEY2、IDU ID2、ID3、CDKNlB基因的表達(dá)。在各種實(shí)施方案中，所述核酸分子選自由以下組成的組中:未修飾的或化學(xué)修飾的dsRNA 化合物，例如，下調(diào) HES1、HES5、HEY1、HEY2、IDU ID2、ID3、CDKNlB 或 NOTCHl 表達(dá)的siRNA 或 shRNA。
[0016]在一些優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述抑制劑是下調(diào)HESl表達(dá)的合成的、化學(xué)修飾的雙鏈RNA (dsRNA)化合物。在某些優(yōu)選的實(shí)施方案中，“HES1”是指人HESl。在一些優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述抑制劑是下調(diào)HES5表達(dá)的合成的、化學(xué)修飾的雙鏈RNA(dsRNA)化合物。在某些優(yōu)選的實(shí)施方案中，“HES5 ”是指人HES5。在一些優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述抑制劑是下調(diào)HEYl表達(dá)的合成的、化學(xué)修飾的雙鏈RNA (dsRNA)化合物。在某些優(yōu)選的實(shí)施方案中，“HEY1”是指人HEYl。在一些優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述抑制劑是下調(diào)HEY2表達(dá)的合成的、化學(xué)修飾的雙鏈RNA (dsRNA)化合物。在某些優(yōu)選的實(shí)施方案中，“HEY2”是指人HEY2。在一些優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述抑制劑是下調(diào)IDl表達(dá)的合成的、化學(xué)修飾的雙鏈RNA (dsRNA)化合物。在某些優(yōu)選的實(shí)施方案中，“ID1”是指人ID1。在一些優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述抑制劑是下調(diào)ID2表達(dá)的合成的、化學(xué)修飾的雙鏈RNA (dsRNA)化合物。在某些優(yōu)選的實(shí)施方案中，“ID2”是指人ID2。在一些優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述抑制劑是下調(diào)ID3表達(dá)的合成的、化學(xué)修飾的雙鏈RNA (dsRNA)化合物。在某些優(yōu)選的實(shí)施方案中，“ID3”是指人ID3。在一些優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述抑制劑是下調(diào)CDKNlB表達(dá)的合成的、化學(xué)修飾的雙鏈RNA(dsRNA)化合物。在某些優(yōu)選的實(shí)施方案中，“⑶KN1B”是指人⑶KN1B。在一些優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述抑制劑是下調(diào)NOTCHl表達(dá)的合成的、化學(xué)修飾的雙鏈RNA (dsRNA)化合物。在某些優(yōu)選的實(shí)施方案中，"NOTCHl ”是指人NOTCHl。在各種實(shí)施方案中，優(yōu)選針對兩個(gè)或多個(gè)靶基因的dsRNA組合。在某些優(yōu)選的實(shí)施方案中，“靶基因”是指人基因HESl、HES5、HEY1、HEY2、IDl、ID2、ID3、CDKNlB或NOTCHl。在一些實(shí)施方案中，優(yōu)選的靶基因選自由以下組成的組中:HES1、HES5、HEY2、CDKNlB 和 N0TCH1。
[0017]當(dāng)與相應(yīng)的未修飾的核酸分子相比時(shí)，本文中提供的化學(xué)修飾的核酸分子及組合物顯示包含以下的至少一種的有益的性質(zhì):增加的血清穩(wěn)定性、提高的細(xì)胞攝取、降低的脫靶(off-target)活性、降低的免疫原性、提高內(nèi)體釋放、提高的至靶組織或細(xì)胞的特異遞送以及的增加敲低/下調(diào)活性。
[0018]本文中還公開了在有此需要的受試者中用于治療或預(yù)防病癥、疾病、損傷或病況的發(fā)生或嚴(yán)重程度的方法，其中所述疾病或病況和/或與其相關(guān)的癥狀或病理與HES1、HES5、HEY1、HEY2、IDl、ID2、ID3、CDKNlB或NOTCHl基因的表達(dá)相關(guān)，例如，內(nèi)耳的病癥、疾病、損傷、病況或病理。在一些實(shí)施方案中，所述受試者是哺乳動物。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述受試者是人受試者。
[0019]在具體的實(shí)施方案中，本文中提供了靶向HES1、HES5、HEY1、HEY2、IDU ID2、ID3、⑶KNlB或NOTCHl的化學(xué)修飾的dsRNA化合物、包含所述dsRNA化合物的組合物和藥盒及其在治療耳(耳、聽覺)的病況或病理、尤其涉及內(nèi)耳的耳(感覺)毛細(xì)胞死亡的病理中的使用方法。治療的其他病況包含在其中HESl、HES5、HEY1、HEY2、IDl、ID2、ID3、CDKN1B或NOTCHl表達(dá)不利的任何病況，然后被用本發(fā)明的化合物治療。
[0020]在一個(gè)方面，提供核酸分子(例如，dsRNA分子)，其中(a)所述核酸分子是包含有義鏈和互補(bǔ)反義鏈的雙鏈體；(b)所述核酸分子的每條鏈的長度獨(dú)立地是18至49個(gè)核苷酸；(c)所述反義鏈的18至49個(gè)核苷酸的序列與編碼哺乳動物HES1、HES5、HEYU HEY2、IDUID2、ID3、CDKNlB或NOTCHl的mRNA (例如，SEQ ID NO: 1-11)的連續(xù)序列或其部分互補(bǔ)；和Cd)所述有義鏈和反義鏈包含SEQ ID NO:23-26, 666中的任一種所示的序列對。在一些實(shí)施方案中，所述有義鏈和反義鏈包含SEQ ID NO:26, 667-26，912中的任一種所示的序列對。
[0021]在另一個(gè)方面，提供用于治療，包含預(yù)防聽力損失的發(fā)生或嚴(yán)重程度的方法，其中HES1、HES5、HEY1、HEY2、IDl、ID2、ID3、CDKNlB 和 NOTCHl 基因中的一個(gè)或多個(gè)的表達(dá)與聽力障礙/聽力損失的病因或進(jìn)展有關(guān)。
[0022]在又另一個(gè)方面，提供用于治療，包含預(yù)防平衡障礙的發(fā)生或嚴(yán)重程度的方法，其中 HESl、HES5、HEYl、HEY2、IDl、ID2、ID3、CDKNlB 和 NOTCHl 基因中的一個(gè)或多個(gè)的表達(dá)與平衡障礙的病因或進(jìn)展有關(guān)。
[0023]在另一個(gè)方面，提供用于治療，包含預(yù)防內(nèi)耳的耳(感覺)毛細(xì)胞的損失的發(fā)生或嚴(yán)重程度的方法，其中 HES1、HES5、HEY1、HEY2、IDl、ID2、ID3、CDKNlB 和 NOTCHl 基因中的一個(gè)或多個(gè)的表達(dá)與耳(感覺)毛細(xì)胞的損失的病因或進(jìn)展有關(guān)。
[0024]本文中提供的抑制性核酸優(yōu)選地是具有修飾的dsRNA分子，當(dāng)與相應(yīng)的未修飾的dsRNA化合物相比時(shí)，其可增加活性、增加穩(wěn)定性、和/或最大限度地減小毒性。這些分子，當(dāng)與影響所述核酸遞送至中耳及內(nèi)耳的藥物媒介物混合時(shí)，提供在治療各種內(nèi)耳病癥中有用的有效的、安全的且患者應(yīng)允的治療化合物。設(shè)計(jì)所述dsRNA分子以下調(diào)靶基因表達(dá)并且減弱靶基因功能。在某些實(shí)施方案中，所述靶基因轉(zhuǎn)錄為在表1A中列出的SEQ IDNO: 1-11中所示的mRNA多核苷酸中的任一種。 [0025]本文中提供的dsRNA分子是雙鏈的化學(xué)修飾的寡核苷酸。在一些實(shí)施方案中，在生成化學(xué)修飾的dsRNA分子中有用的有義寡核苷酸和反義寡核苷酸RNA選自在SEQ IDNO:23-26912中所示的有義鏈寡核苷酸及相應(yīng)的反義鏈寡核苷酸。
[0026]在如本文中公開的核酸分子(例如，dsRNA分子)的各種實(shí)施方案中，所述反義鏈長度可為 18 至 49 個(gè)核苷酸(例如，長度為 18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、
32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48 或 49 個(gè)核苷酸);或者長度為 18至35個(gè)核苷酸；或者長度為18至30個(gè)核苷酸；或者長度為18至25個(gè)核苷酸；或者長度為18至23個(gè)核苷酸；或者長度為19至21個(gè)核苷酸；或者長度為25至30個(gè)核苷酸；或者長度為26至28個(gè)核苷酸。在如本文中公開的核酸分子(例如，dsRNA分子)的一些實(shí)施方案中，所述反義鏈長度為19個(gè)核苷酸。相似地本文中公開的核酸分子(例如，dsRNA分子)的有義鏈長度可為18至49個(gè)核苷酸(如，長度為18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、
30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48 或 49 個(gè)核苷酸)；或者長度為18至35個(gè)核苷酸；或者長度為18至30個(gè)核苷酸；或者長度為18至25個(gè)核苷酸；或者長度為18至23個(gè)核苷酸；或者長度為19至21個(gè)核苷酸；或者長度為25至30個(gè)核苷酸；或者長度為26至28個(gè)核苷酸。在如本文中公開的核酸分子(例如,dsRNA分子)的一些實(shí)施方案中，有義鏈長度為19個(gè)核苷酸。在如本文中公開的核酸分子(例如，dsRNA分子)的一些實(shí)施方案中，所述反義鏈及所述有義鏈的每一種的長度為19個(gè)核苷酸。如本文中公開的核酸分子(例如，dsRNA分子)的雙鏈體區(qū)長度可為18至49個(gè)核苷酸(如，長度為大約 18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48或49個(gè)核苷酸)，長度為18至35個(gè)核苷酸；或者長度為18至30個(gè)核苷酸；或者長度為18至25個(gè)核苷酸；或者長度為18至23個(gè)核苷酸；或者長度為18至21個(gè)核苷酸；或者長度為25至30個(gè)核苷酸；或者長度為25至28個(gè)核苷酸。在如本文中公開的核酸分子(例如，dsRNA分子)的各種實(shí)施方案中，雙鏈體區(qū)長度為19個(gè)核苷酸。
[0027]在某些實(shí)施方案中，如本文中提供的核酸(例如，dsRNA核酸分子)的有義鏈和反義鏈?zhǔn)菃为?dú)的寡核苷酸鏈。在一些實(shí)施方案中，所述單獨(dú)的有義鏈與反義鏈，通過氫鍵例如沃爾森-克里克(Watson-Crick)堿基配對形成雙鏈結(jié)構(gòu)，也被稱為雙鏈體。在一些實(shí)施方案中，一個(gè)或多個(gè)核苷酸對形成非沃爾森-克里克堿基配對。在一些實(shí)施方案中，所述有義鏈和所述反義鏈?zhǔn)潜舜斯矁r(jià)連接的兩個(gè)單獨(dú)的鏈。在其他實(shí)施方案中，所述有義鏈和所述反義鏈?zhǔn)蔷哂杏辛x區(qū)與反義區(qū)的單一寡核苷酸的部分；在一些優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述寡核苷酸具有發(fā)夾結(jié)構(gòu)。
[0028]在某些實(shí)施方案中，所述核酸分子是關(guān)于突出端對稱的雙鏈核酸(dsRNA)分子，并且在兩個(gè)末端上具有平末端。在其他的實(shí)施方案中，所述核酸分子是關(guān)于突出端對稱的dsRNA分子,并且在dsRNA分子的兩個(gè)末端上具有核苷酸或非苷核酸或核苷酸與非核苷酸突出端的組合。在某些優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述核酸分子是關(guān)于突出端不對稱的dsRNA分子，并且在所述分子的一個(gè)末端上具有平末端而在所述分子的另一個(gè)末端上具有突出端。在一些實(shí)施方案中，不對稱的dsRNA分子具有在雙鏈體的一側(cè)上在所述有義鏈上出現(xiàn)的3’ -突出端；和在分子的另一側(cè)上在所述有義鏈5’ -末端與所述反義鏈5’ -末端上出現(xiàn)的平末端。在一些實(shí)施方案中，不對稱的dsRNA分子具有在雙鏈體的一側(cè)上在所述有義鏈上出現(xiàn)的5’ -突出端；和在分子的另一側(cè)上在所述有義鏈3’ -末端與所述反義鏈3’ -末端上出現(xiàn)的平末端。在其他的實(shí)施方案中，不對稱的dsRNA分子具有在雙鏈體的一側(cè)上在所述反義鏈上出現(xiàn)的3’-突出端；和在分子的另一側(cè)上在所述有義鏈5’-末端與所述反義鏈5’ -末端上出現(xiàn)的平末端。在一些實(shí)施方案中，不對稱的dsRNA分子具有在雙鏈體的一側(cè)上在所述反義鏈上出現(xiàn)的5’-突出端；和在分子的另一側(cè)上在所述有義鏈3’-末端與所述反義鏈3’ -末端上出現(xiàn)的平末端。在一些實(shí)施方案中所述突出端是核苷酸突出端，在其他的實(shí)施方案中所述突出端是非核苷酸突出端。在一些實(shí)施方案中所述突出端是5’突出端；在替代性實(shí)施方案中所述突出端是3’突出端。
[0029]在一些實(shí)施方案中，所述核酸分子具有在一個(gè)末端上具有環(huán)結(jié)構(gòu)而另一個(gè)末端上具有平末端的發(fā)夾結(jié)構(gòu)(在一個(gè)寡核苷酸上具有所述有義鏈和反義鏈)。在一些實(shí)施方案中，所述核酸分子具有在一個(gè)末端上具有環(huán)結(jié)構(gòu)而另一個(gè)末端上具有突出端的發(fā)夾結(jié)構(gòu)；在某些實(shí)施方案中，所述突出端是3’ -突出端；在某些實(shí)施方案中所述突出端是5’ -突出端；在某些實(shí)施方案中所述突出端是在所述有義鏈上；在某些實(shí)施方案中所述突出端是在所述反義鏈上。
[0030]本文中公開的核酸分子(例如，dsRNA分子)可包含一個(gè)或多個(gè)例如本文中描述的修飾或修飾的核苷酸。例如，如本文中提供的核酸分子(例如，dsRNA分子)可包含具有修飾的糖的修飾的核苷酸；具有修飾的核堿基(nucleobase)的修飾的核苷酸；或具有修飾的磷酸基團(tuán)的修飾的核苷酸。相似地，如本文中提供的核酸分子(例如，dsRNA分子)可包含修飾的磷酸二酯骨架和/或可包含修飾的末端磷酸基團(tuán)。
[0031] 如本文中提供的核酸分子(例如，dsRNA分子)可具有一個(gè)或多個(gè)包含例如如本文中描述的修飾的糖部分的核糖核苷酸。修飾的糖部分的非限定性實(shí)例是2’烴氧基修飾的糖部分。在一些優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述核酸包含至少一種2’ -O-甲基糖修飾的核糖核苷酸。
[0032]如本文中提供的核酸分子(例如，dsRNA分子)可具有一個(gè)或多個(gè)例如如本文中描述的修飾的核堿基。
[0033]如本文中提供的核酸分子(例如，dsRNA分子)可具有一個(gè)或多個(gè)例如如本文中描述的對所述磷酸二酯骨架的修飾。
[0034]如本文中提供的核酸分子(例如，dsRNA分子)可具有一個(gè)或多個(gè)例如如本文中描述的修飾的磷酸基團(tuán)。
[0035]在各種實(shí)施方案中，所提供的核酸分子(例如，dsRNA分子)可包含未修飾的反義鏈和具有一個(gè)或多個(gè)修飾的有義鏈。在一些實(shí)施方案中，所提供的核酸分子(例如，dsRNA分子)可包含未修飾的有義鏈和具有一個(gè)或多個(gè)修飾的反義鏈。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，所提供的核酸分子(例如，dsRNA分子)在所述有義鏈與所述反義鏈中可包含一個(gè)或多個(gè)修飾的核苷酸。
[0036]如本文中提供的核酸分子(例如，dsRNA分子)在所述有義鏈和/或所述反義鏈的5’末端上可包含磷酸基團(tuán)(即，5’-末端磷酸基團(tuán))。在一些實(shí)施方案中,本文中公開的dsRNA分子在所述反義鏈的5’末端上可包含磷酸基團(tuán)。
[0037]如本文中提 供的核酸分子(例如，dsRNA分子)在所述有義鏈和/或所述反義鏈的3’末端上可包含磷酸基團(tuán)(即，3’ -末端磷酸基團(tuán))。在一些實(shí)施方案中，本文中公開的dsRNA分子在所述反義鏈的3’末端上可包含磷酸基團(tuán)。
[0038]在一些實(shí)施方案中，本文中公開的核酸分子(例如，dsRNA分子)在所述反義鏈和所述有義鏈的3’末端上可包含磷酸基團(tuán)。
[0039]在一些實(shí)施方案中，本文中公開的核酸分子(例如，dsRNA分子),所述核酸分子的反義鏈和有義鏈在所述3’末端與所述5’末端上是非磷酸化的。
[0040]在一些實(shí)施方案中，提供對于下調(diào)HES1、HES5、HEY1、HEY2、IDl、ID2、ID3、CDKNlB或NOTCHl基因的表達(dá)有用的雙鏈核酸化合物。在一些實(shí)施方案中，本文中提供了具有結(jié)構(gòu)(Al)的雙鏈RNA (dsRNA)分子:
[0041](Al) 5’ (N)x-Z 3’ (反義鏈)
[0042]3’ Z’ -(N，)y_z” 5’ (有義鏈)
[0043]其中每一個(gè)N和N’為可為未修飾的或修飾的核糖核苷酸，或非常規(guī)部分；其中(N)χ和(N’ )y的每一個(gè)是其中每一個(gè)連續(xù)的N或N’通過共價(jià)鍵連接至下一個(gè)N或N’的寡核苷酸；
[0044]其中Z和Z’的每一個(gè)獨(dú)立地存在或不存在，但如果存在，則獨(dú)立地包含在其所存在的鏈的3’末端上共價(jià)連接的1-5個(gè)連續(xù)的核苷酸、1-5個(gè)連續(xù)的非核苷酸部分或其組合。
[0045]其中z”可存在或不存在，但如果存在，則為在(N’)y的5’末端上共價(jià)連接的加帽部分；
[0046]χ和y的每一個(gè)獨(dú)立地為從18到40的整數(shù)；
[0047]其中(N’ )y的序列與(N)X的序列互補(bǔ)；并且其中(N)X包含反義序列而(N’ )y包含以下任一種中所示的有義序列:SEQ ID NO:23-693 SEQ ID NO: 26691-26706 (HESl)；SEQ ID NO: 1496-2029 和 SEQ ID NO: 26725-26732 (HES5) ；SEQ ID NO:2704-3025 和 SEQID NO:26809-26816 (IDl) ；SEQ ID NO:3634-5053 和 SEQ ID NO:26825-26832 (ID2) ；SEQID NO: 6206-6671 和 SEQ ID NO: 26851-26866 (ID3) ；SEQ ID NO: 7444-9007 和 SEQ IDNO:26887-26900(CDKNlB) ；SEQ ID NO:10534-11549 和 SEQ ID NO:26761-26778(HEYl) ；SEQID NO: 13004-14801 和 SEQ ID NO: 26785-26788 (HEY2) ；SEQ ID NO: 16622-18643 和 SEQ IDNO:26922-26912(NOTCHl)。
[0048]在一些實(shí)施方案中，優(yōu)選的(N)x和(N’)y示于以下任一種中:SEQ IDNO:26691-26706(HESl) ；SEQ ID NO:26725-26732 (HES5) ；SEQ ID NO:26809-26816 (IDl)；SEQ ID NO:26825-26832 (ID2) ；SEQ ID NO:2685 1-26866 (I D3) ； SEQ IDNO:26887-26900(CDKNlB) ；SEQ ID NO:26761-26778(HEYl) ；SEQ ID NO:26785-26788(HEY2)；SEQ ID NO:26922-26912(NOTCHl)。
[0049]在一些實(shí)施方案中，連接每一個(gè)連續(xù)的N和/或N’的共價(jià)鍵是磷酸二酯鍵。
[0050]在一些實(shí)施方案中，x=y并且χ和y的每一個(gè)是19、20、21、22或23。在優(yōu)選的實(shí)施方案中x=y=19。
[0051]在一些實(shí) 施方案中，所述雙鏈核酸分子包含選自描述為HES5_8 (SEQID NO:26732和SEQ ID NO:26728)的核酸的(N)x和(N’)y。在一些實(shí)施方案中，(N)X包含至少一個(gè)2’ OMe糖修飾的嘧啶或嘌呤核糖核苷酸；任選在位置7中的2’ 5’核糖核苷酸以及共價(jià)連接至3’末端的核苷酸或非核苷酸部分(Z);而且其中(N’)y包含在3’末端位置(5’ >3’)中的至少一個(gè)2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸和/或3-5個(gè)連續(xù)的2’ 5’核糖核苷酸；z’是存在的并且其中核苷酸或非核苷酸部分(Z”)共價(jià)連接到3’末端。在一些實(shí)施方案中，在(N)χ中的1-8個(gè)嘧啶是2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸，2’ 5’核糖核苷酸存在于位置7中；并且Z是存在的；而且其中(N’)y包含在位置15-19中的5個(gè)2’ -5’核糖核苷酸；其中z”是存在的并且其中V是存在的。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，z”包含反向無堿基部分；其中V包含C3Pi部分；并且其中Z包含C3P1-C30H部分。
[0052]在一些實(shí)施方案中，所述雙鏈核酸分子包含選自描述為⑶KN1B_4 (SEQ IDNO:26894和26887)的核酸的(N)X和(N’)y。在一些實(shí)施方案中，(N)χ包含至少一種2’OMe糖修飾的嘧啶或嘌呤核糖核苷酸；任選在位置7中的2’ 5’核糖核苷酸以及共價(jià)連接至3’末端的核苷酸或非核苷酸部分(Z);而且其中(N’)y包含在3’末端位置(5’ >3’)中的至少一個(gè)2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸和/或3-5個(gè)連續(xù)的2’ 5’核糖核苷酸；z’是存在的并且其中核苷酸或非核苷酸部分(Z”)共價(jià)連接至3’末端。在一些實(shí)施方案中，在(N)X中的2’OMe糖修飾的核糖核苷酸存在于位置1、13和17中，任選地2’5’核糖核苷酸存在于位置7中；并且Z是存在的；而且其中0’)7包含在位置2、11、15及18中的2’OMe糖修飾的核糖核苷酸；其中z”是存在的而且其中V是存在的。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，z”包含反向無堿基部分或氨基C3部分；其中V包含C3Pi部分；并且其中Z包含C3P1-C30H部分。
[0053]在如在本文中的結(jié)構(gòu)(Al)中公開的核酸分子(例如，dsRNA分子)的一些實(shí)施方案中，所述雙鏈核酸分子是siRNA，siNA或miRNA。在如本文中公開的結(jié)構(gòu)(Al)的核酸分子(例如，dsRNA分子)的一些實(shí)施方案中，所述雙鏈核酸分子是化學(xué)修飾的siRNA。
[0054]在一些實(shí)施方案中，所述雙鏈核酸分子包含DNA部分或在所述反義鏈的位置1(5’末端)中與靶的錯配。這樣的雙鏈體結(jié)構(gòu)描述于本文中。根據(jù)一種實(shí)施方案，本文中提供了具有下面所示結(jié)構(gòu)(A2)的雙鏈dsRNA分子:
[0055](A2) 5’ Nl-(N)X-Z3’(反義鏈)
[0056]3’ Z’ -N2-(N’)y_z” 5’(有義鏈)
[0057]其中每一個(gè)N1、N2、N和N’獨(dú)立地是未修飾的或修飾的核苷酸或非常規(guī)部分；
[0058]其中(N)X和(N’)y的每一個(gè)是其中每一個(gè)連續(xù)的N或N’通過共價(jià)鍵連接至相鄰的N或N’的寡核苷酸；
[0059]其中χ和y的每一個(gè)獨(dú)立地為17與39之間的整數(shù)；
[0060]其中N2共價(jià)地結(jié)合至(N’)y ;
[0061]其中NI共價(jià)地結(jié)合至(N) X，并且與所述靶RNA (SEQ ID N0:1-11)錯配或?yàn)榕c所述靶RNA互補(bǔ)的DNA部分；
[0062]其中NI為選自由以下組成的組中的部分:天然的或修飾的:尿苷、脫氧核糖尿苷、核糖胸苷、脫氧核糖胸苷、腺苷或脫氧腺苷，無堿基核糖部分以及無堿基脫氧核糖部分；
[0063]其中z”可以存在或不存在，但如果存在，則為N2_(N’)y的5’末端上共價(jià)連接的加帽部分；
[0064]其中Z和Z’的每一個(gè)獨(dú)立地存在或不存在，但如果存在，則獨(dú)立地為在其所存在的鏈的3’末端上共價(jià)連接的1-5個(gè)連續(xù)的核苷酸、1-5個(gè)連續(xù)的非核苷酸部分或其組合；以及
[0065]其中(N’ )y的序列與(N)X的序列互補(bǔ)；并且其中(N)X的序列包含反義序列而(N，)y包含以下任一種中所示的有義序列:SEQ ID NO:694-1495和SEQ IDNO:26667-26690(HESl) ；SEQ ID NO:2030-2703 和 SEQ ID NO:26707-26724(HES5) ；SEQID NO: 3026-3633 和 SEQ ID NO: 26789-26808 (IDl) ；SEQ ID NO: 5054-6205 和 SEQ IDNO:26817-26824(ID2) ；SEQ ID NO:6672-7443 和 SEQ ID NO:26833-26850(ID3) ；SEQ IDN0:9008-10533 和 SEQ ID NO:26867-26886(CDKNlB) ；SEQ ID NO:11550-13003 和 SEQ IDNO:26733-26760(HEYl) ；SEQ ID NO:14802-16389 和 SEQ ID NO:26779-26784(HEY2) ；SEQID NO: 18644-26666 和 SEQ ID NO:2601-26910 (NOTCHl)。優(yōu)選的(N)x 和(N，)y 示于以下任一種中:SEQ ID NO: 26667-26690 (HESl) ；SEQ ID NO: 26707-26724 (HES5) ；SEQ IDNO:26789-26808 (IDl) ；SEQ ID NO:26817-26824 (ID2) ；SEQ ID NO:26833-26850 (ID3)；SEQ ID NO:26867--26886 (CDKNlB) ；SEQ ID NO:26733-26760 (HEYl) ；SEQ IDNO: 26779-26784 (HEY2) ；SEQ ID NO: 2601-26910 (NOTCHl)。由結(jié)構(gòu)(A2)的描述涵蓋的分子在本文中還稱為“ 18+1 ”或“ 18+lmer”。
[0066]在一些實(shí)施方案中，在產(chǎn)生dsRNA化合物中有用的N2- (N’) y和N1- (N) χ存在于表
1-1X中，特別是設(shè)計(jì)為“ 18+1 ”型的序列。
[0067]在結(jié)構(gòu)(Α2)的一些實(shí)施方案中，如本文中公開的核酸分子(例如，dsRNA分子)的(N)χ包含相應(yīng)于所述反義序列SEQ ID NO:23-26912中的任一種的序列。在某些優(yōu)選的實(shí)施方案中，(N)X和(N，)y選自在表1-1X (SEQ ID NO:26667-26912)中顯示的序列對。
[0068]在結(jié)構(gòu)(A2)的一些實(shí)施方案中，(N’ )y的序列與(N)X的序列完全互補(bǔ)。在各種實(shí)施方案中，N2-(N’ )y的序列與Nl-(N)X的序列互補(bǔ)。在一些實(shí)施方案中，(N)X包含與在SEQ ID NO: 1-11中所示的靶mRNA中的約17至約39個(gè)連續(xù)的核苷酸完全互補(bǔ)的反義序列。在其他實(shí)施方案中，(N)X包含與在SEQ ID NO: 1-11中所示的靶mRNA中的約17至約39個(gè)連續(xù)的核苷酸大體上互補(bǔ)的反義序列。在結(jié)構(gòu)(A2)的一些實(shí)施方案中，NI與N2形成沃爾森-克里克(Watson-Crick)堿基對。在其他實(shí)施方案中，NI與N2形成非沃爾森-克里克堿基對。在一些實(shí)施方案中，堿基對形成于核糖核苷酸與脫氧核糖核苷酸之間。
[0069]在結(jié)構(gòu)(A2)的一些實(shí)施方案中，x=y=18、x=y=19或x=y=20。在優(yōu)選實(shí)施方案中，x=y=180當(dāng)在Nl-(N)X中x=18時(shí)，NI是指位置I以及位置2-19包含于(N) 18中。當(dāng)在N2-(N’ )y中y=18時(shí)，N2是指位置19以及位置1_18包含于(N’)18中。
[0070]在結(jié)構(gòu)(A2)的一些實(shí)施方案中，NI共價(jià)地結(jié)合至(N)X并且與在SEQ ID NOil-1l中所示的靶mRNA錯配。在各種實(shí)施方案中，NI共價(jià)結(jié)合至(N) χ并且是與在SEQ ID NO: 1_11中所示的靶mRNA互補(bǔ)的DNA部分。
[0071]在結(jié)構(gòu)(A2)的一些實(shí)施方案中，在所述反義鏈的位置I中的尿苷被選自以下的NI取代:天然的或修飾的:腺苷、脫氧腺苷、尿苷、脫氧尿苷(dU)、核糖胸苷或脫氧胸苷。在各種實(shí)施方案中，NI選自天然的或修飾的:腺苷、脫氧腺苷或脫氧尿苷。例如，在一些實(shí)施方案中，在位置I中的胞苷被腺嘌呤或尿苷取代；在位置I中的鳥苷被腺嘌呤或尿苷取代；或腺嘌呤被鳥苷取代。
[0072]在結(jié)構(gòu)(A2)的一些實(shí)施方案中，在所述反義鏈的位置I (NI)中的鳥苷被天然的或修飾的:腺苷、脫氧腺苷、尿苷、脫氧尿苷、核糖胸苷或脫氧胸苷取代。在各種實(shí)施方案中，NI選自天然的或修飾的:腺苷、脫氧腺苷、尿苷或脫氧尿苷。
[0073]在結(jié)構(gòu)(A2)的一些實(shí)施方案中，在所述反義鏈的位置I (NI)中的胞苷被天然的或修飾的:腺苷、脫氧腺苷、尿苷、脫氧尿苷、核糖胸苷或脫氧胸苷取代。在各種實(shí)施方案中，NI選自天然的或修飾的:腺苷、脫氧腺苷、尿苷或脫氧尿苷。 [0074]在結(jié)構(gòu)(A2)的一些實(shí)施方案中，在所述反義鏈的位置I (NI)中的腺苷被天然的或修飾的:脫氧腺苷、脫氧尿苷、核糖胸苷或脫氧胸苷取代。
[0075]在結(jié)構(gòu)(A2)的一些實(shí)施方案中，NI與N2在天然的或修飾的:尿苷或脫氧尿苷，與腺苷或脫氧腺苷之間形成堿基對。在其他實(shí)施方案中，NI與N2在天然的或修飾的:脫氧尿苷與腺苷之間形成堿基對。
[0076]在結(jié)構(gòu)(A2)的一些實(shí)施方案中，所述雙鏈核酸分子為siRNA、siNA或miRNA。如本文中提供的雙鏈核酸分子還被稱為“雙鏈體”。在根據(jù)如本文中公開的結(jié)構(gòu)(A2)的核酸分子(例如，dsRNA分子)的一些實(shí)施方案中，所述雙鏈核酸分子是化學(xué)修飾的siRNA。
[0077]結(jié)構(gòu)(A2)的某些優(yōu)選的實(shí)施方案中，x=y=18。在一些實(shí)施方案中，x=y=18并且(N)X由存在于以下的反義寡核苷酸組成:SEQ ID NO:694-1495和SEQ IDNO:26667-26690(HESl) ；SEQ ID NO:2030-2703 和 SEQ ID NO:26707-26724(HES5) ；SEQID NO: 3026-3633 和 SEQ ID NO: 26789-26808 (IDl) ；SEQ ID NO: 5054-6205 和 SEQ IDNO:26817-26824 (ID2) ；SEQ ID NO:6672-7443 和 SEQ ID NO: 26833-26850(ID3) ；SEQ IDN0:9008-10533 和 SEQ ID NO:26867-26886(CDKNlB) ；SEQ ID NO:11550-13003 和 SEQ IDNO:26733-26760(HEYl) ；SEQ ID NO:14802-16389 和 SEQ ID NO:26779-26784(HEY2) ；SEQ IDNO:18644-26666 和 SEQ ID NO:2601-26910(NOTCHl)。
[0078]在一些實(shí)施方案中，NI選自天然尿苷及修飾的尿苷。在一些實(shí)施方案中，NI為天然尿苷。在一些實(shí)施方案中，(N)X包含反義寡核苷酸而(N’)y包含存在于以下所示的序列對中的有義寡核苷酸:SEQ ID NO:694-1495 (HESl) ；SEQ ID NO: 2030-2703 (HES5) ；SEQID NO:3026-3633 (IDl) ；SEQ ID NO:5054-6205 (ID2) ；SEQ ID NO:6672-7443 (ID3) ；SEQ IDNO:9008-10533(CDKNlB) ；SEQ ID NO:11550-13003(HEYl) ；SEQ ID NO:14802-16389(HEY2)；SEQ ID NO:18644-26666(NOTCHl)。
[0079]在一些實(shí)施方案中。x=y=18并且Nl-(N)X包含反義寡核苷酸而N2_(N)y包含存在于以下所示的序列對中的有義寡核苷酸:SEQ ID NO: 26667-26690 (HESl) ；SEQ IDNO:26707-26724(HES5) ；SEQ ID NO:26789-26808(IDl) ；SEQ ID NO:26817-26824 (ID2)；SEQ ID NO:26833-26850 (ID3) ；SEQ ID NO:26867-26886 (CDKNlB) ；SEQ IDNO:26733-26760(HEYl) ；SEQ ID NO:26779-26784(HEY2) ；SEQ ID NO:2601-26910(NOTCHl)。
[0080]在一些實(shí)施方案中。x=y=18并且NI選自天然的或修飾的尿苷、天然的或修飾的腺嘌呤、和天然的或修飾的胸苷。
[0081]在結(jié)構(gòu)(A2)的一些實(shí)施方案中，NI為2’ OMe糖修飾的尿苷或2’ OMe糖修飾的腺苷。在結(jié)構(gòu)(A2)的某些實(shí)施方案中，N2為2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸或脫氧核糖核苷酸。 [0082]在一些實(shí)施方案中，所述雙鏈核酸分子包含選自描述為HES1_36 (SEQ ID NO:26690和26678)的核酸的(N)X和(N’)y。在一些實(shí)施方案中，(N)X包含2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸，和任選的在位置5、6或7中的至少一個(gè)中的2’ -5’核糖核苷酸；其中(N’)y包含至少一個(gè)2’ 5’核糖核苷酸或2’ OMe修飾的核糖核苷酸；其中z”是存在的；并且其中Z和V的每一個(gè)是存在的而且由共價(jià)連接至其所存在的鏈的3’末端的非核苷酸部分組成。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，(N)X包含在位置3、9、11及15中的2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸；而其中(N’)y包含在3’末端的位置15、16、17、18及19中的5個(gè)2’5’核糖核苷酸。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，z”包含反向無堿基部分；其中Z’包含C3Pi部分；而其中Z包含C3P1-C30H部分。
[0083]在一些實(shí)施方案中，所述雙鏈核酸分子包含選自描述為HES1_14 (SEQ ID NO: 26681和26669)的核酸的(N)X和(N’)y。在一些實(shí)施方案中，(N)X包含2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸，和任選的在位置5、6或7的至少一個(gè)中的2’ -5’核糖核苷酸；其中(N’)y包含至少一個(gè)2’ 5’核糖核苷酸或2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸；其中z”是存在的；并且其中Z和V的每一個(gè)是存在的而且由共價(jià)連接至其所存在的鏈的3’末端的非核苷酸部分組成。在一些實(shí)施方案中，(N)X包含在位置1、3、9、11、15及18 (5’ >3’)中的2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸；而其中(N’)y包含在位置I中2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸，和在3’末端的位置15、
16、17、18及19 (5’ >3’)中的5個(gè)連續(xù)的2’ 5’核糖核苷酸。在一些實(shí)施方案中，(N)X包含在位置1、3、9、11、14、15及18 (5’>3’)中的2’OMe糖修飾的核糖核苷酸，和在位置7中的2’ 5’核糖核苷酸；而其中(N’)y包含在位置I中2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸，和在3’末端的位置15、16、17、18及19 (5’ >3’)中的5個(gè)連續(xù)的2’ 5’核糖核苷酸。在一些實(shí)施方案中，(N)X包含在位置1、3、9、11、14、15及18 (5’ >3’)中的2’OMe糖修飾的核糖核苷酸，存在于位置7中的2’ 5’核糖核苷酸，并且其中Z是存在的；而其中(N’)y包含在位置
1、4、8、10、12及16中的2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸，并且其中z”和V是存在的。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，z”包含反向無堿基部分；其中V包含C3Pi部分；而其中Z包含C3P1-C30H部分。
[0084]在一些實(shí)施方案中，所述雙鏈核酸分子包含選自描述為HEY2_1 (SEQ ID NO: 26747和26733)的核酸的(N)X和(N’)y。在一些實(shí)施方案中，(N)X包含至少一個(gè)2’ OMe糖修飾的嘧啶的核糖核苷酸；任選的在位置7中的2’ 5’核糖核苷酸以及共價(jià)連接至3’末端的核苷酸或非核苷酸部分；而其中(N’)y包含在3’末端位置(5’ >3’)中的至少一個(gè)2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸和/或3-5個(gè)連續(xù)的2’ 5’核糖核苷酸；z’是存在的并且其中核苷酸或非核苷酸部分共價(jià)地連接至3’末端。在一些實(shí)施方案中，在(N)X中所述嘧啶核糖核苷酸中的1-8個(gè)為2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸，2’ 5’核糖核苷酸存在于位置7中；并且Z是存在的；而其中(N’)y包含所述嘧啶核糖核苷酸的1-8個(gè)為2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸；其中z”是存在的并且其中V是存在的。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，z”包含反向無堿基部分；其中V包含C3Pi部分；而其中Z包含C3P1-C30H部分。
[0085]在一些實(shí)施方案中，所述雙鏈核酸分子包含選自描述為HEY2_2 (SEQ ID NO: 26748和26734)的核酸的(N) χ和(N’)y。在一些實(shí)施方案中，所述雙鏈核酸分子包含選自描述為HEY2_1 (SEQ ID NO:26747和26733)的核酸的(N)X和(N’)y。在一些實(shí)施方案中，(N)X包含至少一個(gè)2’ OMe糖修飾的嘧啶核糖核苷酸；任選的在位置7中的2’ 5’核糖核苷酸以及共價(jià)連接至3’末端的核苷酸或非核苷酸部分；而其中(N’)y包含在3’末端位置(5’ >3’)中的至少一個(gè)2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸和/或3-5個(gè)連續(xù)的2’ 5’核糖核苷酸中；z’是存在的并且其中核苷酸或非核苷酸部分共價(jià)地連接至3’末端。在一些實(shí)施方案中，在(N)χ中的嘧啶核糖核苷酸中的1-8個(gè)為2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸，2’ 5’核糖核苷酸存在于位置7中；并且Z是存在的；而且其中(N’)y包含嘧啶核糖核苷酸中的1-8個(gè)為2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸；其中z”是存在的并且Z’是存在的。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，z”包含反向無堿基部分；其中V包含C3Pi部分；而其中Z包含C3P1-C30H部分。
[0086]在一些實(shí)施方 案中，所述雙鏈核酸分子包含選自描述為⑶KN1B_31(SEQ IDNO:26879和26869)的核酸的(N)X和(N’)y。在一些實(shí)施方案中，所述雙鏈核酸分子包含選自描述為HEY2_1 (SEQ ID NO:26747和26733)的核酸的(N)X和(N’)y。在一些實(shí)施方案中，(N)X包含至少一個(gè)2’ OMe糖修飾的嘧啶的核糖核苷酸；任選的在位置7中的2’ 5’核糖核苷酸以及共價(jià)連接至3’末端的核苷酸或非核苷酸部分；而其中(N’)y包含在3’末端位置(5’ >3’)中的至少一個(gè)2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸和/或3_5個(gè)連續(xù)的2’ 5’核糖核苷酸是存在的并且其中核苷酸或非核苷酸部分共價(jià)地連接至3’末端。在一些實(shí)施方案中，在(N)X中的2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸存在于位置1、13及17中或存在于位置1、9、
13、15及18中，任選的2’ 5’核糖核苷酸存在于位置7中；并且Z是存在的；而其中(N’ )y包含在位置2、6、11、12、13、16及18中的2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸；其中z”是存在的；并且其中V是存在的。在一些實(shí)施方案中，在(N)X中的2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸存在于位置1、13及17中或在位置1、9、13、15及18中，任選的2’ 5’核糖核苷酸存在于位置7中；并且Z是存在的；而其中(N’) y包含在位置15-19中的2’ 5’核糖核苷酸；其中z”是存在的并且Z’是存在的。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，z”包含反向無堿基部分；其中V包含C3Pi部分；而其中Z包含C3P1-C30H部分。
[0087]在一些實(shí)施方案中，所述雙鏈核酸分子包含選自描述為N0TCH1_2(SEQ IDNO:26907和26902)的核酸的(N)X和(N’)y。在一些實(shí)施方案中，(N)χ包含至少一個(gè)2’0Me糖修飾的嘧啶或嘌呤核糖核苷酸；任選的在位置7中的2’ 5’核糖核苷酸以及共價(jià)連接至3’末端的核苷酸或非核苷酸部分(Z);而其中(N’)y包含在3’末端位置(5’ >3’)中的至少一個(gè)2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸和/或3至5個(gè)連續(xù)的2’ 5’核糖核苷酸；z’是存在的并且其中核苷酸或非核苷酸部分(Z”)共價(jià)地連接至3’末端。在一些實(shí)施方案中，在(N)χ中2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸存在于位置1、13及17中或存在于位置1、3、5、9、11及17中，任選的2’ 5’核糖核苷酸存在于位置7中；并且Z是存在的；而其中(N’)y包含在位置15與17中2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸；其中z”是存在的并且其中V是存在的。在一些實(shí)施方案中，在(N)X中2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸存在于位置1、13及17中或存在于位置1、3、5、9、11及17中，任選地2’ 5’核糖核苷酸存在于位置7中；并且Z是存在的；而其中(N’)y包含在位置15-19中的5個(gè)2’ -5’核糖核苷酸；其中z”是存在的并且V是存在的。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，z”包含反向無堿基部分；其中Z’包含C3Pi部分；而其中Z包含C3P1-C30H 部分。
[0088]在結(jié)構(gòu)(Al)和/或結(jié)構(gòu)(A2)的實(shí)施方案中，每一個(gè)N由未修飾的核糖核苷酸組成。在結(jié)構(gòu)(Al)和/或結(jié)構(gòu)(A2)的實(shí)施方案中，每一個(gè)N’由未修飾的核糖核苷酸組成。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，N和/或N’的至少一個(gè)包含化學(xué)修飾的核糖核苷酸、未修飾的脫氧核糖核苷酸、化學(xué)修飾的脫氧核糖核苷酸或非常規(guī)部分。在一些實(shí)施方案中，所述非常規(guī)部分選自鏡像核苷酸、無堿基核糖部分和無堿基脫氧核糖部分。在一些實(shí)施方案中，所述非常規(guī)部分為鏡像核苷酸，優(yōu)選L-DNA部分。在一些實(shí)施方案中，N或N’中的至少一個(gè)包含2’OMe糖修飾的核糖核苷酸。
[0089]在結(jié)構(gòu)(Al)和/或結(jié)構(gòu)(A2)的一些實(shí)施方案中，(N’ )y的序列與(N)X的序列完全互補(bǔ)。在結(jié)構(gòu)(Al)和/或結(jié)構(gòu)(A2)的其他實(shí)施方案中，(N’ )y的序列與(N)X的序列大體上互補(bǔ)。 [0090]在結(jié)構(gòu)(Al)和/或結(jié)構(gòu)(A2)的一些實(shí)施方案中，(N)X包含與在SEQ ID NO: 1-11的任一種中所示的靶mRNA中的約17至約39個(gè)連續(xù)核苷酸完全互補(bǔ)的反義序列。在結(jié)構(gòu)(Al)和/或結(jié)構(gòu)(A2)的其他實(shí)施方案中，(N)X包含與在SEQ ID NOil-1l的任一種中所示的靶mRNA中的約17至約39個(gè)連續(xù)核苷酸大體上互補(bǔ)的反義序列。在結(jié)構(gòu)(Al)和/或結(jié)構(gòu)(A2)的一些實(shí)施方案中，所述dsRNA化合物是平末端的，例如，其中z”、Z和V的每一個(gè)是不存在的。在替代性實(shí)施方案中，z”、Z和Z’中的至少一個(gè)是存在的。
[0091]在各種實(shí)施方案中，Z和V獨(dú)立地包含如本文中限定的一個(gè)或多個(gè)共價(jià)連接的修飾的和或未修飾的核苷酸，包含脫氧核糖核苷酸和核糖核苷酸，或一個(gè)或多個(gè)非常規(guī)部分例如反向無堿基脫氧核糖部分或無堿基核糖部分或鏡像核苷酸；一個(gè)或多個(gè)非核苷酸的C3部分或其衍生物、非核苷酸的C4部分或其衍生物或非核苷酸的C5部分或其衍生物、非核苷酸的氨基-C6部分或其衍生物等。在一些實(shí)施方案中，Z’是不存在的而Z是存在的且包含一個(gè)或多個(gè)非核苷酸的C3部分。在一些實(shí)施方案中，Z是不存在的而V是存在的且包含一個(gè)或多個(gè)非核苷酸的C3部分。在一些實(shí)施方案中，Z和Z’的每一個(gè)獨(dú)立地包含一個(gè)或多個(gè)非核苷酸的C3部分或一個(gè)或多個(gè)非核苷酸的氨基-C6部分。在一些實(shí)施方案中，z”是存在的并且選自鏡像核苷酸、無堿基部分和反向無堿基部分。在結(jié)構(gòu)(Al)和/或結(jié)構(gòu)(A2)的一些實(shí)施方案中，Z和Z’的每一個(gè)包含無堿基部分，例如脫氧核糖無堿基部分(在本文中稱為“dAb”)或核糖無堿基部分(在本文中稱為“rAb”)。在一些實(shí)施方案中，Z和/或Z’的每一個(gè)包含兩個(gè)共價(jià)連接的無堿基部分并且是例如dAb-dAb或rAb_rAb或dAb_rAb或rAb-dAb,其中每一個(gè)部分優(yōu)選地通過基于磷酸的鍵(phospho-based bond)共價(jià)連接至相鄰的部分。在一些實(shí)施方案中，所述基于磷酸的鍵包含硫代磷酸酯(phosphorothioate)、膦酰乙酸酯(phosphonoacetate)或磷酸二酯鍵。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述基于磷酸的鍵
是磷酸二酯鍵。
[0092]在一些實(shí)施方案中，Z和/或Z’的每一個(gè)獨(dú)立地包含烴基部分，任選丙烷[(CH2)3]部分(C3)或其衍生物，包括丙醇(C30H)和丙二醇的磷酸衍生物(“C3Pi”)。在一些實(shí)施方案中，Z和/或Z’的每一個(gè)包含兩個(gè)烴基部分，并且在一些實(shí)例中為C3P1-C30H。在C3P1-C30H的實(shí)例中，所述反義鏈的3’末端和/或所述有義鏈的3’末端通過基于磷酸的鍵共價(jià)地連接至C3部分并且所述C3部分通過基于磷酸的鍵共價(jià)地連接至C30H部分。在一些實(shí)施方案中，所述基于磷酸的鍵包含硫代磷酸酯、膦酰乙酸酯或磷酸二酯鍵。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述基于磷酸的鍵是磷酸二酯鍵。
[0093]在結(jié)構(gòu)(Al)和(A2)的具體實(shí)施方案中，Z包含C3Pi_C30H。在結(jié)構(gòu)(Al)和(A2)的具體實(shí)施方案中，Z’包含C3Pi或C30H。在結(jié)構(gòu)(Al)和(A2)的一些實(shí)施方案中，雙鏈核酸分子包含共價(jià)連接至所述反義鏈的3’末端的C3P1-C30H部分及共價(jià)連接至所述有義鏈的3’末端的C3Pi或C30H部分。
[0094]在結(jié)構(gòu)(Al)和/或結(jié)構(gòu)(A2)的一些實(shí)施方案中，每一個(gè)N由未修飾的核糖核苷酸組成。在結(jié)構(gòu)(Al)和/或結(jié)構(gòu)(A2)的一些實(shí)施方案中，每一個(gè)N’由未修飾的核糖核苷酸組成。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，N和/或N’的至少一個(gè)是化學(xué)修飾的核糖核苷酸、未修飾的脫氧核糖核苷酸、化學(xué)修飾的脫氧核糖核苷酸或非常規(guī)部分。
[0095]在其他實(shí)施方案中，結(jié)構(gòu)(Al)和/或(A2)的化合物包含至少一個(gè)在其糖殘基中修飾的核糖核苷酸。在一些實(shí)施方案中，所述化合物在糖殘基的2’位置中包含修飾。在一些實(shí)施方案中，在2’位置中的修飾包含氨基、氟、烴氧基或烴基部分的存在。在某些實(shí)施方案中，所述2 ’修飾包含烴氧基部分。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述烴氧基部分是甲氧基部分(也稱為2’ -O-甲基、2’ 0Me、2’ 0Me、2’ -OCH3)0在一些實(shí)施方案中，核酸化合物在所述反義鏈和所述有義鏈中的一個(gè)或兩個(gè)中包含2’ OMe糖修飾的交替核糖核苷酸。在其他實(shí)施方案中，化合物只在反義鏈(N)X或N1-(N)X中包含2’OMe糖修飾的核糖核苷酸。在一些實(shí)施方案中，所述2’OMe糖修飾的核糖核苷酸與未修飾的核苷酸相間。在某些實(shí)施方案中，所述反義鏈的中間核糖核苷酸，例如，在19-mer鏈中位置10中的核糖核苷酸，是未修飾的。在各種實(shí)施方案中，所述核酸化合物包含至少5個(gè)交替的2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸和未修飾的核糖核苷酸。在另外的實(shí)施方案中，結(jié)構(gòu)(Al)和/或(A2)的化合物在交替位置中包含修飾的核糖核苷酸，其中在(N)X或N1-(N) χ的5’末端和3’末端的每一個(gè)核糖核苷酸在其糖殘基中是修飾的，而在(N’)y或N2-(N’)y的5’末端和3’末端的每一個(gè)核糖核苷酸在其糖殘基中是未修飾的。在各種實(shí)施方案中，在交替位置中的核糖核苷酸在所述糖殘基的2’位置中是修飾的。
[0096] 在一些實(shí)施方案中，所述核酸化合物包含至少5個(gè)交替的2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸和未修飾的核糖核苷酸，例如，在位置1、3、5、7和9或在位置11、13、15、17、19(5’>3’ )中。在一些實(shí)施方案中，結(jié)構(gòu)(Al)的(N)X或結(jié)構(gòu)(A2)的Nl-(N)X包含在位置2、4、6、8、
11、13、15、17和19中的2’OMe糖修飾的核糖核苷酸。在一些實(shí)施方案中，結(jié)構(gòu)(Al)的(N)χ或結(jié)構(gòu)(A2)的Nl-(N)X包含在位置1、3、5、7、9、11、13、15、17和19中的2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸。在一些實(shí)施方案中，結(jié)構(gòu)(Al)的(N)X或結(jié)構(gòu)(A2)的Nl-(N)X在一個(gè)或多個(gè)嘧啶中包含2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸。[0097]在結(jié)構(gòu)(Al)和/或(A2)的一些實(shí)施方案中，所述有義鏈與所述反義鏈在所述3’末端和所述5’末端都未磷酸化。在其他實(shí)施方案中，所述有義鏈和/或所述反義鏈中的一個(gè)或兩個(gè)在所述3’末端磷酸化。在其他實(shí)施方案中，所述有義鏈和/或所述反義鏈中的一個(gè)或兩個(gè)在所述5’末端磷酸化。
[0098]在一些實(shí)施方案中，本文中公開的雙鏈分子包含下述修飾的一個(gè)或多個(gè):
[0099]自所述反義鏈5’末端的位置5、6、7、8或9中的至少一個(gè)中的N選自DNA、TNA、2’ 5’核苷酸或鏡像核苷酸；
[0100]自所述有義鏈5’末端的位置9或10中的至少一個(gè)中的N’選自TNA、2’ 5’核苷酸和假尿苷；
[0101]在(N’)y的3’末端上的4、5或6個(gè)連續(xù)位置中的N’包含2’ 5’核糖核苷酸；
[0102]在所述有義鏈、所述反義鏈或所述有義鏈與所述反義鏈二者中的一個(gè)或多個(gè)嘧啶核糖核苷酸是2’糖修飾的。
[0103]在一些實(shí)施方案中，本文中公開的雙鏈分子包含下述修飾的組合:
[0104]所述反義鏈在自所述5’末端的位置5、6、7、8或9中的至少一個(gè)中包含DNA、TNA、2’ 5’核苷酸或鏡像核苷酸；
[0105]所述有義鏈在自所述5’末端的位置9或10中包含TNA、2’ 5’核苷酸或假尿苷中的至少一種；以及 [0106]在所述有義鏈、所述反義鏈或所述有義鏈與所述反義鏈二者中的一個(gè)或多個(gè)嘧啶核糖核苷酸是2’修飾的。
[0107]在一些實(shí)施方案中，本文中公開的雙鏈分子包含下述修飾的組合:
[0108]所述反義鏈在自所述5’末端的位置5、6、7、8或9中的至少一個(gè)中包含DNA、2’ 5’
核苷酸或鏡像核苷酸；
[0109]所述有義鏈在3’倒數(shù)(penultimate)位置或3’末端的位置上包含4、5或6個(gè)連續(xù)的2’ 5’核苷酸；以及
[0110]在所述有義鏈、所述反義鏈或所述有義鏈與所述反義鏈二者中的一個(gè)或多個(gè)嘧啶核糖核苷酸是2’糖修飾的。
[0111]在結(jié)構(gòu)(Al)和/或(A2)的一些實(shí)施方案中，(N)y包含至少一個(gè)選自鏡像核苷酸、2’ 5’核糖核苷酸以及TNA的非常規(guī)部分。在一些實(shí)施方案中，所述非常規(guī)部分是鏡像核苷酸。在各種實(shí)施方案中，所述鏡像核苷酸選自L-核糖核苷酸(L-RNA)和L-脫氧核糖核苷酸(L-DNA)。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述鏡像核苷酸是L-DNA。在某些實(shí)施方案中，所述有義鏈在位置9或10 (自所述5’末端)中包含非常規(guī)部分。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述有義鏈在位置9 (自所述5’末端)中包含非常規(guī)部分。在一些實(shí)施方案中，所述有義鏈長度為19個(gè)核苷酸并且在位置15 (自所述5’末端)中包含4、5或6個(gè)連續(xù)非常規(guī)部分。在一些實(shí)施方案中，所述有義鏈在位置15、16、17和18中包含4個(gè)連續(xù)的2’5’核糖核苷酸。在一些實(shí)施方案中，所述有義鏈在位置15、16、17、18和19中包含5個(gè)連續(xù)的2’ 5’核糖核苷酸。在各種實(shí)施方案中，所述有義鏈還包含Z’。在一些實(shí)施方案中，V包含C30H部分或C3Pi部分。
[0112]在結(jié)構(gòu)(Al)和/或(A2)的一些實(shí)施方案中，(N)y包含選自鏡像核苷酸和通過2’ _5’核苷酸間磷酸酯鍵連接至相鄰核苷酸的核苷酸的至少一個(gè)非常規(guī)部分。在一些實(shí)施方案中，所述非常規(guī)部分是鏡像核苷酸。在各種實(shí)施方案中，所述鏡像核苷酸選自L-核糖核苷酸(L-RNA)與L-脫氧核糖核苷酸(L-DNA)。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述鏡像核苷酸是L-DNA。
[0113]在結(jié)構(gòu)Al的一些實(shí)施方案中，(N’)y包含至少一個(gè)L-DNA部分。在一些實(shí)施方案中，x=y=19并且(N’ )y由在位置1_17和19中的未修飾的核糖核苷酸以及在3’倒數(shù)第二的位置(位置18)上的一個(gè)L-DNA組成。在其他實(shí)施方案中，x=y=19并且(N’ )y由在位置1-16和19中的未修飾的核糖核苷酸以及在3’倒數(shù)兩位的位置(位置17和18)上的兩個(gè)連續(xù)的L-DNA核苷酸組成。在各種實(shí)施方案中，所述非常規(guī)部分是通過2’ -5’核苷酸間磷酸酯鍵連接至相鄰核苷酸的核苷酸。根據(jù)各種實(shí)施方案，(N’)y包含在所述3’末端上的通過2’ -5’核苷酸間鍵連接的2、3、4、5或6個(gè)連續(xù)核糖核苷酸。在一種實(shí)施方案中，在(N’)y的3’末端上的4個(gè)連續(xù)的核糖核苷酸通過3個(gè)2’ -5’磷酸二酯鍵連接。在一種實(shí)施方案中，在(N’)y的3’末端上的5個(gè)連續(xù)的核糖核苷酸通過4個(gè)2’ -5’磷酸二酯鍵連接。在一些實(shí)施方案中，其中一個(gè)或多個(gè)2’-5’核糖核苷酸形成2’-5’磷酸二酯鍵，所述核苷酸還包含3’ -O-甲基(3’ OMe)糖修飾。在一些實(shí)施方案中，(N’)y的3’末端核苷酸包含3’ OMe糖修飾。在某些實(shí)施方案中，x=y=19并且(N’)y包含在位置15、16、17、18和19中的通過2’-5’核苷酸間鍵連接至相鄰核苷酸的2個(gè)或多個(gè)連續(xù)的核苷酸。在各種實(shí)施方案中，形成2’-5’核苷酸間鍵的核苷酸包含核糖核苷酸。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述2’-5’核苷酸間鍵是磷酸二酯核苷酸間鍵。在各種實(shí)施方案中，形成2’ -5’核苷酸間鍵的核苷酸包含3’脫氧核糖核苷酸或3’甲氧基核苷酸。在各種實(shí)施方案中，形成2’ -5’核苷酸間鍵的核糖核苷酸包含3’脫氧核糖核糖核苷酸或3’甲氧基核糖核苷酸。在一些實(shí)施方案中，x=y=19并且(N，)y包含在位置15-16、16-17與17-18之間或在位置16-17、17-18與18-19之間的通過2’ -5’核苷酸間鍵連接至相鄰核苷酸的核苷酸。在一些實(shí)施方案中，x=y=19并且(N，)y包含在位置16-17與17-18之間或在位置17-18與18-19之間或在位置15-16與17-18之間的通過2’ -5’核苷酸間鍵連接至相鄰核苷酸的核苷酸。在各種實(shí)施方案中，形成2’ -5’核苷酸間鍵 的核苷酸包含核糖核苷酸。在各種實(shí)施方案中，形成2’ -5’核苷酸間鍵的核苷酸是核糖核苷酸。在其他實(shí)施方案中，在(N’)y中的嘧啶核糖核苷酸(rU，rC)被通過2’ -5’核苷酸間鍵連接至相鄰核糖核苷酸的核糖核苷酸取代。
[0114]在結(jié)構(gòu)(A2)的一些實(shí)施方案中，(N)y包含至少一個(gè)L-DNA部分。在一些實(shí)施方案中，x=y=18并且N2-(N’ )y由在位置1_17和19中的未修飾的核糖核苷酸以及在3’倒數(shù)第二的位置(位置18)中的一個(gè)L-DNA組成。在其他實(shí)施方案中，x=y=18并且N2-(N’ )y由在位置1-16和19中的未修飾的核糖核苷酸以及在3’倒數(shù)兩位的位置(位置17和18)中的2個(gè)連續(xù)的L-DNA組成。在各種實(shí)施方案中，所述非常規(guī)部分是通過2’ -5’核苷酸間磷酸鍵連接至相鄰核苷酸的核苷酸。根據(jù)各種實(shí)施方案，N2-(N’)y包含在3’末端上的通過2’-5’核苷酸間鍵連接的2、3、4、5或6個(gè)連續(xù)核糖核苷酸。在一個(gè)實(shí)施方案中，在N2-(N’)y的3’末端上的4個(gè)連續(xù)的核糖核苷酸通過3個(gè)2’ -5’磷酸二酯鍵連接，其中形成2’ -5’磷酸二酯鍵的一個(gè)或多個(gè)2’ -5’核糖核苷酸還包含3’ -O-甲基(3’ OMe)糖修飾。在一些實(shí)施方案中，N2-(N’)y的3’末端核糖核苷酸包含2’ OMe糖修飾。在某些實(shí)施方案中，x=y=18并且N2-(N’)y包含在位置15、16、17、18和19中的通過2’-5’核苷酸間鍵連接至相鄰核苷酸的兩個(gè)或多個(gè)連續(xù)的核苷酸。在各種實(shí)施方案中，形成2’ -5’核苷酸間鍵的核苷酸包含3’脫氧核糖核苷酸或3’甲氧基核苷酸。在各種實(shí)施方案中，形成2’-5’核苷酸間鍵的核糖核苷酸包含3’脫氧核糖核糖核苷酸或3’甲氧基核糖核苷酸。在一些實(shí)施方案中，x=y=18并且N2-(N’)y包含在位置16-17與17-18之間或在位置17-18與18-19之間或在位置15-16與17-18之間的通過2’ -5’核苷酸間鍵連接至相鄰核苷酸的核苷酸。在各種實(shí)施方案中，形成2’ -5’核苷酸間鍵的核苷酸包含核糖核苷酸。在各種實(shí)施方案中，形成2’ -5’核苷酸間鍵的核苷酸是核糖核苷酸。在其他實(shí)施方案中，在(N’ )y中的嘧啶核糖核苷酸(rU，rC)包含通過2’ -5’核苷酸間鍵連接至相鄰核糖核苷酸的核糖核苷酸。
[0115]在結(jié)構(gòu)(Al)和/或(A2)的其他實(shí)施方案中，(N’)y包含1-8個(gè)修飾的核糖核苷酸，其中所述修飾的核糖核苷酸是脫氧核糖(DNA)核苷酸。在某些實(shí)施方案中，(N’)y包含1、2、3、4、5、6、7或最多達(dá)到8個(gè)的DNA部分。
[0116]在本發(fā)明優(yōu)選的實(shí)施方案中，本文中提供的抑制劑是合成的、化學(xué)修飾的雙鏈RNA(dsRNA)化合物，其下調(diào)HESl的表達(dá)并且包含選自表1的寡核苷酸對。在本優(yōu)選的實(shí)施方案中，本文中提供的抑制劑是合成的、化學(xué)修飾的雙鏈RNA (dsRNA)化合物，其下調(diào)HES5的表達(dá)并且包含選自表1I的寡核苷酸對。在本優(yōu)選的實(shí)施方案中，本文中提供的抑制劑是合成的、化學(xué)修飾的雙鏈RNA (dsRNA)化合物，其下調(diào)HEYl的表達(dá)并且包含選自表1II的寡核苷酸對。在本優(yōu)選的實(shí)施方案中，本文中提供的抑制劑是合成的、化學(xué)修飾的雙鏈RNA(dsRNA)化合物，其下調(diào)HEY2的表達(dá)并且包含選自表1V的寡核苷酸對。在本優(yōu)選的實(shí)施方案中，本文中提供的抑制劑是合成的、化學(xué)修飾的雙鏈RNA(dsRNA)化合物，其下調(diào)IDl的表達(dá)并且包含選自表V的寡核苷酸對。在本優(yōu)選的實(shí)施方案中，本文中提供的抑制劑是合成的、化學(xué)修飾的雙鏈RNA(dsRNA)化合物，其下調(diào)ID2的表達(dá)并且包含選自表VI的寡核苷酸對。在本優(yōu)選的實(shí)施方案中，本文中提供的抑制劑是合成的、化學(xué)修飾的雙鏈RNA (dsRNA)化合物，其下調(diào)ID3的表達(dá)并且包含選自表VII的寡核苷酸對。在本優(yōu)選的實(shí)施方案中，本文中提供的抑制劑是合成的、化學(xué)修飾的雙鏈RNA (dsRNA)化合物，其下調(diào)CDKNlB的表達(dá)并且包含選自表VIII的寡核苷酸對。在本優(yōu)選的實(shí)施方案中，本文中提供的抑制劑是合成的、化學(xué)修飾的雙鏈RNA (dsRNA)化合物，其下調(diào)NOTCHl的表達(dá)并且包含選自表1X的寡核苷酸對。本文中提供的表1至IX如下。[0117]表1 詵取的 HESl dsRNA
[0118]
【權(quán)利要求】
1.一種雙鏈核酸分子，所述雙鏈核酸分子具有以下所示的結(jié)構(gòu)(A2): (A2) 5’ N1-(N)x-Z 3’(反義鏈)
3’ Z’ -N2-(N’)y-z” 5’(有義鏈) 其中N2、N和N’的每一個(gè)是未修飾的或修飾的核糖核苷酸或非常規(guī)部分； 其中(N)X和(N’)y的每一個(gè)是其中每一個(gè)連續(xù)的N或N’通過共價(jià)鍵連接至相鄰的N或N’的寡核苷酸； 其中χ和y的每一個(gè)獨(dú)立地為17與39之間的整數(shù)； 其中(N’)y的序列與(N)X的序列具有互補(bǔ)性，并且(N)X與HESlmRNA (SEQ ID NO:1)內(nèi)的連續(xù)序列具有互補(bǔ)性； 其中N1共價(jià)地結(jié)合至(N) X，并且與所述HESl mRNA錯配或?yàn)榕c所述HESl mRNA互補(bǔ)的脫氧核糖核苷酸部分； 其中N1為選自由以下組成的組中的部分:天然的或修飾的尿苷、脫氧核糖尿苷、核糖胸苷、脫氧核糖胸苷、腺苷或脫氧腺苷； 其中z”可存在或不存在，但如果存在，則為在N2-(N’ )y的5’末端上共價(jià)連接的加帽部分；以及 其中Z和V的每一個(gè)獨(dú)立地存在或不存在，但如果存在，則獨(dú)立地為在其所存在的鏈的3’末端上共價(jià)連接的1-5個(gè)連續(xù)的核苷酸、連續(xù)的非核苷酸部分或其組合。
2.如權(quán)利要求1所述的雙鏈核酸分子，其中x=y=18。
3.如權(quán)利要求2所述的雙鏈核酸分子，所述雙鏈核酸分子包含選自描述為HES1_14(SEQ ID NO:26681 和 26669)以及 HES1_36 (SEQ ID NO:26690 和 26678)的核酸的(N)X 和(N，)y。
4.如權(quán)利要求3所述的雙鏈核酸分子，其中(N)X為SEQID NO:26681而(N，)y為SEQID NO:26669 ο
5.如權(quán)利要求4所述的雙鏈核酸分子，其中(N)X為SEQID NO:26681而(N，)y為SEQID NO:26669 ;其中(N)X包含2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸以及任選的在位置5、6或7的至少一個(gè)中的2’ -5’核糖核苷酸；其中(N’)y包含至少一個(gè)2’ 5’核糖核苷酸或2’ OMe修飾的核糖核苷酸；其中z”是存在的；并且其中Z和V的每一個(gè)是存在的，而且由共價(jià)連接至其所存在的鏈的3’末端的非核苷酸部分組成。
6.如權(quán)利要求5所述的雙鏈核酸分子，其中(N)X包含在位置1、3、9、11、15和18(5’ >3’)中的2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸；而其中(N’)y包含在位置I中的2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸，和在3’末端位置15、16、17、18和19 (5’ >3’)中的5個(gè)連續(xù)的2’ 5’核糖核苷酸。
7.如權(quán)利要求5所述的雙鏈核酸分子，其中(N)X包含在位置1、3、9、11、14、15和18(5’ >3’)中的2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸，以及在位置7中的2’ 5’核糖核苷酸；而其中(N’)y包含在位置I中的2’OMe糖修飾的核糖核苷酸，以及在3’末端位置15、16、17、18及19 (5’ >3’)中的5個(gè)連續(xù)的2’ 5’核糖核苷酸。
8.如權(quán)利要求5所述的雙鏈核酸分子，其中(N)X包含在位置1、3、9、11、14、15和18(5’ >3’)中的2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸，以及存在于位置7中的2’ 5’核糖核苷酸；而其中(N’)y包含在位置1、4、8、10、12和16中的2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸。
9.如權(quán)利要求4至8中的任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中z”包含反向無堿基部分；其中V包含C3Pi部分；而其中Z包含C3P1-C30H部分。
10.如權(quán)利要求3所述的雙鏈核酸分子，其中(N)X為SEQID NO:26690而(N’)y為SEQID NO:26678 ο
11.如權(quán)利要求10所述的雙鏈核酸分子，其中(N)X為SEQID NO:26690而(N，)y為SEQ ID NO:26678 ;其中(N)X包含2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸以及任選的在位置5、6或7的至少一個(gè)中的2’ -5’核糖核苷酸；其中(N’)y包含至少一個(gè)2’ 5’核糖核苷酸或2’ OMe修飾的核糖核苷酸；其中z”存在；并且其中Z和V的每一個(gè)存在，而且由共價(jià)連接至其所存在的鏈的3’末端的非核苷酸部分組成。
12.如權(quán)利要求11所述的雙鏈核酸分子，其中(N’)χ包含在位置3、9、11及15中的2’ OMe糖修飾的核糖核苷酸；而其中(N’)y包含在3’末端位置15、16、17、18及19中的5個(gè)2’ 5’核糖核苷酸。
13.如權(quán)利要求10至12中的任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中z”包含反向無堿基部分；其中V包含C3Pi部分；而其中Z包含C3P1-C30H部分。
14.如權(quán)利要求1或2所述的雙鏈核酸分子，所述雙鏈核酸分子包含選自描述為以下的核酸的反義鏈及有義鏈:HES1_12(SEQ ID NO:26679 和 26667)、HES1_13(SEQ ID NO:26680和 26668)、HES1_16(SEQ ID NO:26682 和 26670)、HES1_19(SEQ ID NO:26683 和 26671)、HES1_20(SEQ ID NO:26684 和 26672)、HES1_21(SEQ ID NO:26685 和 26673)、HES1_22(SEQID NO:26686 和 26674)、HES1_24(SEQ ID NO:26687 和 26675)、HES1_28(SEQ ID NO:26688 和26676)以及 HES1_33 (SEQ ID NO:26689 和 26677)。
15.如前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中所述共價(jià)鍵是磷酸二酯鍵。
16.如權(quán)利要求1至15中的任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，所述雙鏈核酸分子用于減少在耳細(xì)胞中HESl的表達(dá)。
17.—種組合物，所述組合物包含如權(quán)利要求17所述的雙鏈核酸分子；以及藥學(xué)上可接受的載體。
18.一種在受試者中治療聽力障礙/聽力損失的方法，其中HESl基因的表達(dá)與所述聽力障礙/聽力損失的病因或進(jìn)展有關(guān)，所述方法包含向所述受試者施用治療有效量的如權(quán)利要求18所述的組合物，從而在所述受試者中治療所述聽力障礙/聽力損失。
19.一種在受試者中治療平衡障礙的方法，其中HESl基因的表達(dá)與所述平衡障礙的病因或進(jìn)展有關(guān)，所述方法包含向所述受試者施用治療有效量的如權(quán)利要求18所述的組合物，從而在所述受試者中治療所述平衡障礙。
20.一種在受試者中預(yù)防內(nèi)耳耳(感覺)毛細(xì)胞損失的方法，其中HESl基因的表達(dá)與內(nèi)耳耳(感覺)毛細(xì)胞損失的病因?qū)W或進(jìn)展有關(guān)，所述方法包含向所述受試者施用治療有效量的如權(quán)利要求18所述的組合物，從而在所述受試者中預(yù)防所述內(nèi)耳耳(感覺)毛細(xì)胞損失。
21.—種雙鏈核酸分子，所述雙鏈核酸分子具有以下所示的結(jié)構(gòu)(A2): (A2) 5’ N1-(N)x-Z 3’(反義鏈)
3’ Z’-N2-(N’)y-z” 5’(有義鏈) 其中N2、N和N’的每一個(gè)是未修飾的或修飾的核糖核苷酸或非常規(guī)部分； 其中(N)X和(N’)y的每一個(gè)是其中每一個(gè)連續(xù)的N或N’通過共價(jià)鍵連接至相鄰的N或N’的寡核苷酸； 其中χ和y的每一個(gè)獨(dú)立地為17與39之間的整數(shù)； 其中(N’ )y的序列與(N)x的序列具有互補(bǔ)性，并且(N)x與靶基因內(nèi)的連續(xù)序列具有互補(bǔ)性； 其中N1共價(jià)地結(jié)合至(N) X，并且與所述靶基因錯配或?yàn)榕c所述靶基因互補(bǔ)的脫氧核糖核苷酸部分； 其中N1為選自由以下組成的組中的部分:天然的或修飾的尿苷、脫氧核糖尿苷、核糖胸苷、脫氧核糖胸苷、腺苷或脫氧腺苷； 其中z”可存在或不存在，但如果存在，則為在N2-(N’ )y的5’末端上共價(jià)連接的加帽部分；以及 其中Z和Z’的每一個(gè)獨(dú)立地存在或不存在，但如果存在，則獨(dú)立地為在其所存在的鏈的3’末端上共價(jià)連接的1-5個(gè)連續(xù)的核苷酸、連續(xù)的非核苷酸部分或其組合；以及其中所述有義鏈和反義鏈包含以下任何所示的序列對:SEQ ID NO:2030-2703和SEQID NO:26707-26724(HES5) ；SEQ ID NO:3026-3633 和 SEQ ID NO:26789-26808(IDl)；SEQ ID NO:5054 -6205 和 SEQ ID NO:26817-26824(ID2) ；SEQ ID NO:6672-7443 和 SEQ IDNO:26833-26850(ID3) ；SEQ ID N0:9008_10533 和 SEQ ID NO:26867-26886(CDKNlB) ；SEQID NO: 11550-13003 和 SEQ ID NO: 26733-26760 (HEYl) ；SEQ ID NO: 14802-16389 和 SEQ IDNO:26779-26784(HEY2) ；SEQ ID NO:18644-26666 和 SEQ ID NO:2601-26910(NOTCHl)。
22.如權(quán)利要求21所述的雙鏈核酸分子,其中x=y=18。
23.如權(quán)利要求22所述的雙鏈核酸分子，其中(N)X和(N’)y為以下任一種中所示的序列對:SEQ ID NO: 26707-26724 (HES5) ；SEQ ID NO: 26789-26808 (IDl) ；SEQ IDNO:26817-26824 (ID2) ；SEQ ID NO:26833-26850(ID3) ；SEQ ID NO:26867-26886(CDKNlB)；SEQ ID NO:26733-26760 (HEYl) ；SEQ ID NO:26779-26784 (HEY2) ；SEQ IDNO:2601-26910(NOTCHl)。
24.如權(quán)利要求23所述的雙鏈核酸分子，所述雙鏈核酸分子包含選自描述為HEY2_1(SEQ ID NO:26747 和 SEQ ID NO:26733)和 HEY2_2 (SEQID NO:26748 和 SEQ IDNO:26734)的核酸的(N)x 和(N，)y。
25.如權(quán)利要求24所述的雙鏈核酸分子，所述雙鏈核酸分子包含選自描述為CDKN1B_31 (SEQ ID NO:26879 和 SEQ ID NO:26869)的核酸的(N)x 和(N，)y。
26.一種雙鏈RNA (dsRNA)分子，具有結(jié)構(gòu)(Al): (Al) 5’ (N)x-Z 3’ (反義鏈)
3’ Z’ -(N’)y-z”5’ (有義鏈) 其中每個(gè)N和N’為可為未修飾的或修飾的核糖核苷酸或非常規(guī)部分；其中(N)X和(N’)y的每一個(gè)是其中每一個(gè)連續(xù)的N或N’通過共價(jià)鍵連接至下一個(gè)N或N’的寡核苷酸； 其中Z和V的每一個(gè)獨(dú)立地存在或不存在，但如果存在，則獨(dú)立地包含在其所存在的鏈的3’末端上共價(jià)連接的I至5個(gè)連續(xù)的核苷酸、I至5個(gè)連續(xù)的非核苷酸部分或其組合； 其中z”可存在或不存在，但如果存在，則為在(N’)y的5’末端上共價(jià)連接的加帽部分；χ和y的每一個(gè)獨(dú)立地為從18到40的整數(shù)； 其中(N’)y的序列與(N)X的序列互補(bǔ)；并且其中(N)X包含以下任一種中所示的反義序列且(N’)y包含以下任一種中所示的有義序列:SEQ ID NO:23-693和SEQID NO:26691-26706(HESl) ；SEQ ID NO:1496-2029 和 SEQ ID NO:26725-26732(HES5)；SEQ ID NO: 2704-3025 和 SEQ ID NO: 26809-26816 (IDl) ；SEQ ID NO: 3634-5053 和 SEQID NO:26825-26832 (ID2) ；SEQ ID NO:6206-6671 和 SEQ ID NO:26851-26866(ID3) ；SEQID NO:7444-9007 和 SEQ ID NO:26887-26900(CDKNlB) ；SEQ ID NO:10534-11549 和 SEQID NO:26761-26778(HEYl) ；SEQ ID NO:13004-14801 和 26785-26788(HEY2) ；SEQ IDNO:16622-18643 和 SEQ ID NO:26922-26912(NOTCHl)。
27.如權(quán)利要求26所述的雙鏈核酸分子，其中y=19。
28.如權(quán)利要求27所述的雙鏈核酸分子，其中(N)X和(N’)y為以下任一種中所示的序列對:SEQ ID NO: 26691-26706 (HESl) ；SEQ ID NO: 26725-26732 (HES5) ；SEQ IDNO:26809-26816 (IDl) ；SEQ ID NO:26825-26832 (ID2) ；SEQ ID NO:26851-26866 (ID3)；SEQ ID NO:26887-26900 (CDKNlB) ；SEQ ID NO:26761-26778 (HEYl) ；SEQ IDNO:26785-26788(HEY2) ；SEQ ID NO:26922-26912(NOTCHl)。
29.如權(quán)利要求28所述的雙鏈核酸分子，包含選自描述為HES5_8(SEQID NO:26732和SEQ ID NO:26728)的核酸的(N)X 和(N，)y。
30.如權(quán)利要求28所述的雙鏈核酸分子，包含選自描述為CDKNlB(SEQ ID NO:26690和SEQ ID NO:26887)的核酸的(N)X 和(N，)y。
31.如權(quán)利要求21至 30中的任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中連接每一個(gè)連續(xù)的N和/或N’的共價(jià)鍵是磷酸二酯鍵。
32.如前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中所述核酸分子包含一個(gè)或多個(gè)包含修飾的糖部分的核糖核苷酸。
33.如前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中所述核酸分子包含一個(gè)或多個(gè)包含修飾的糖部分的核糖核苷酸；并且其中所述修飾的糖部分獨(dú)立地選自由以下組成的組中:2’ -O-甲基、2’ -甲氧基乙氧基、2’ -脫氧、2’ -氟以及2’ -烯丙基。
34.如前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中所述核酸分子包含一個(gè)或多個(gè)修飾的核堿基。
35.如前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中所述核酸分子包含一個(gè)或多個(gè)修飾的核堿基；并且其中所述一個(gè)或多個(gè)修飾的核堿基獨(dú)立地選自由以下組成的組中:黃嘌呤，次黃嘌呤，2-氨基腺嘌呤，腺嘌呤及鳥嘌呤的6-甲基衍生物和其它烴基衍生物，腺嘌呤及鳥嘌呤的2-丙基衍生物和其它烴基衍生物，5-硫尿嘧啶及胞嘧啶，5-丙烯基尿嘧啶及胞嘧啶，6-氮雜尿嘧啶、胞嘧啶及胸腺嘧啶，5-尿嘧啶(假尿嘧啶)，4-硫尿嘧啶，8-鹵代、氨基、硫醇、硫代烴基、羥基以及其他8-取代腺嘌呤和鳥嘌呤，5-三氟甲基以及其他5-取代的尿嘧啶和胞嘧啶，7-甲基鳥嘌呤以及無環(huán)核苷酸。
36.如前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中所述核酸分子包含一個(gè)或多個(gè)對磷酸二酯骨架的修飾。
37.如前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中所述核酸分子包含一個(gè)或多個(gè)對磷酸二酯骨架的修飾；并且其中所述一個(gè)或多個(gè)對磷酸二酯骨架的修飾獨(dú)立地選自由以下組成的組中:硫代磷酸酯、3’-(或-5’)脫氧-3’-(或-5’)硫代-硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、硒代磷酸酯、3’-(或_5’)脫氧亞膦酸酯、硼酸磷酸鹽、3’-(或-5’)脫氧-3’-(或5’ -)氨基氨基磷酸酯、氫磷酸酯、硼酸磷酸酯、氨基磷酸酯、烴基或芳基膦酸酯以及磷酸三酯或磷酸鍵。
38.如前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中所述核酸分子在有義鏈而不是反義鏈中包含一個(gè)或多個(gè)修飾。
39.如前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中所述核酸分子在反義鏈而不是有義鏈中包含一個(gè)或多個(gè)修飾。
40.如前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中所述核酸分子在有義鏈與反義鏈中均包含一個(gè)或多個(gè)修飾。
41.如前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中所述有義鏈包含交替修飾模式。
42.如前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中所述反義鏈包含交替修飾的核糖核苷酸和未修飾的核糖核苷酸模式。
43.如前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中所述有義鏈包含交替修飾的核糖核苷酸和未修飾的核糖核苷酸模式，并且其中所述修飾為對所述核糖核苷酸的糖部分，優(yōu)選地導(dǎo)致2’ -O-甲基糖修飾的核糖核苷酸。
44.如前述權(quán)利要 求中的任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中所述反義鏈包含交替修飾的核糖核苷酸及未修飾的核糖核苷酸模式，并且其中所述修飾為對所述核糖核苷酸的糖部分，優(yōu)選地導(dǎo)致2’ -O-甲基糖修飾的核糖核苷酸。
45.如權(quán)利要求43所述的雙鏈核酸分子，其中所述模式開始于所述有義鏈的5’末端上的修飾的核糖核苷酸。
46.如權(quán)利要求44所述的雙鏈核酸分子，其中所述模式開始于所述反義鏈的5’末端上的修飾的核糖核苷酸。
47.如權(quán)利要求43所述的雙鏈核酸分子，其中所述模式開始于所述有義鏈的3’末端上的修飾的核糖核苷酸。
48.如權(quán)利要求44所述的雙鏈核酸分子，其中所述模式開始于所述反義鏈的3’末端上的修飾的核苷酸。
49.如前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中所述有義鏈與所述反義鏈都包含交替修飾的核糖核苷酸和未修飾的核糖核苷酸模式；其中所述修飾為對所述核糖核苷酸的糖部分，優(yōu)選地導(dǎo)致2’ -O-甲基糖修飾的核糖核苷酸；并且其中所述模式被配置為使得所述有義鏈的此類修飾的核糖核苷酸與所述反義鏈中未修飾的核糖核苷酸相對，而且反之亦然。
50.如權(quán)利要求49所述的雙鏈核酸分子，其中所述模式被配置為使得所述有義鏈的每一個(gè)修飾的核糖核苷酸與所述反義鏈中修飾的核糖核苷酸相對。
51.如前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中所述有義鏈和/或所述反義鏈中的一個(gè)或兩個(gè)在3’末端上包含1-3個(gè)脫氧核糖核苷酸。
52.如前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中所述有義鏈和/或所述反義鏈中的一個(gè)或兩個(gè)在5’末端上包含磷酸基團(tuán)。
53.如前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中所述有義鏈包含至少一個(gè)切口或缺口。
54.一種在細(xì)胞中下調(diào)靶基因表達(dá)的方法，其中所述靶基因選自由以下組成的組中:HES5、HEYl、HEY2、ID1、ID2、ID3、CDKNlB和NOTCHl，所述方法包含向所述細(xì)胞引入有效下調(diào)所述靶基因的表達(dá)的量的如前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子。
55.如權(quán)利要求54所述的方法，其中所述細(xì)胞為耳細(xì)胞。
56.如權(quán)利要求55所述的方法，其中所述耳細(xì)胞為內(nèi)耳細(xì)胞。
57.如權(quán)利要求56所述的方法，其中所述內(nèi)耳細(xì)胞為內(nèi)毛細(xì)胞或外毛細(xì)胞。
58.如權(quán)利要求57所述的方法，其中所述方法在體外進(jìn)行。
59.如權(quán)利要求57所述的方法，其中所述方法在體內(nèi)進(jìn)行。
60.一種組合物，所述組合物包含為患者使用而包裝的如權(quán)利要求1至16及21至53中的任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子。
61.如權(quán)利要求60所述的組合物，其中所述組合物包含提供某些有關(guān)可如何使用如權(quán)利要求I至16及21至53中的任一項(xiàng)所述的核酸分子的信息的標(biāo)簽或包裝插頁。
62.如權(quán)利要求61所述的組合物，其中所述標(biāo)簽或包裝插頁包含給藥信息。
63.如權(quán)利要求62所述的組合物，其中所述標(biāo)簽或包裝插頁包含使用指示。
64.如權(quán)利要求61至63中的任一項(xiàng)所述的組合物，其中所述標(biāo)簽或包裝插頁指示如權(quán)利要求I至16及21至53中的任一項(xiàng)所述的核酸分子適合用于治療。
65.如權(quán)利要求60至64中的任一項(xiàng)所述的組合物,其中所述標(biāo)簽或包裝插頁指示如權(quán)利要求1至16及21至53中的任一項(xiàng)所述的核酸分子適合用于治療患有與HES1、HES5、HEY1、HEY2、IDU ID2、ID3、CDKNlB或NOTCHl基因的任一個(gè)的表達(dá)相關(guān)的疾病的患者。
【文檔編號】A61K31/7088GK103998454SQ201280048538
【公開日】2014年8月20日 申請日期:2012年8月3日 優(yōu)先權(quán)日:2011年8月3日
【發(fā)明者】埃萊娜·范斯坦, 莎倫·阿夫金-納祖姆, 伊戈·邁特, 夏甲·卡林斯基 申請人:夸克制藥公司