一種生產(chǎn)紫杉二烯的系統(tǒng)和微生物及其應(yīng)用的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明公開了一種生產(chǎn)紫杉二烯的系統(tǒng)和微生物及其應(yīng)用，屬于合成生物學(xué)領(lǐng)域。生產(chǎn)紫杉二烯的系統(tǒng)包含甲羥戊酸途徑和紫杉二烯合成相關(guān)基因或其功能等同體。甲羥戊酸途徑的相關(guān)基因?yàn)閬?lái)源于大腸桿菌BL21的atoB、idi和來(lái)源于釀酒酵母INVSC1的erg13、thmg1、erg12、erg8、mvd1；紫杉二烯合成的相關(guān)基因ggpps和ts基因核苷酸序列如SEQIDNO.1和2所示。生產(chǎn)紫杉二烯的微生物為含有生產(chǎn)紫杉二烯的系統(tǒng)的微生物，通過(guò)將該系統(tǒng)轉(zhuǎn)化到微生物中得到生產(chǎn)紫杉二烯的微生物。本發(fā)明構(gòu)建的微生物能穩(wěn)定產(chǎn)生紫杉二烯的培養(yǎng)物，為后續(xù)進(jìn)一步利用微生物產(chǎn)生紫杉醇奠定了基礎(chǔ)，具有廣闊的應(yīng)用前景。
【專利說(shuō)明】—種生產(chǎn)紫杉二烯的系統(tǒng)和微生物及其應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明屬于合成生物學(xué)領(lǐng)域，涉及一種生產(chǎn)紫杉二烯的系統(tǒng)和微生物及其應(yīng)用?！颈尘凹夹g(shù)】
[0002]1963年美國(guó)科學(xué)家首次從一種太平洋杉樹皮和木材中分離到了紫杉醇的粗提物，并發(fā)現(xiàn)其對(duì)鼠腫瘤細(xì)胞有很高活性。后來(lái)通過(guò)I1-1II期臨床研究發(fā)現(xiàn)，紫杉醇主要適用于卵巢癌和乳腺癌，對(duì)肺癌、大腸癌、黑色素瘤、頭頸部癌、淋巴瘤、腦瘤也都有一定療效，是現(xiàn)在最有潛能且商業(yè)應(yīng)用最為成熟的一種抗癌藥?，F(xiàn)今獲得紫杉醇的方法主要有三種:(1)最傳統(tǒng)的從天然植物樹皮中提取，(2)從植物葉片等組織中提取中間產(chǎn)物巴卡亭III等，隨后通過(guò)化學(xué)合成生產(chǎn)紫杉醇，(3)利用植物組織培養(yǎng)后提取紫杉醇。這三種都是依賴于植物源的方式獲得產(chǎn)物，因而價(jià)格一直很高，而且隨著逐年的砍伐，可利用的紅豆杉等植物已經(jīng)越來(lái)越少，這很大程度的限制了利用該藥物去治療更多患者。
[0003]自從1993年，首次報(bào)道從太平洋紅豆杉樹木中分離到一株能獨(dú)立生物合成產(chǎn)生紫杉醇的內(nèi)生真菌以來(lái)，國(guó)內(nèi)外就有大量的文獻(xiàn)專注于解決紫杉醇的生物合成以及相關(guān)的紫杉烷類化合物這一問(wèn)題。同時(shí)，另外一些科研工作者致力于闡明紫杉醇的合成途徑，但目前仍有至少五步反應(yīng)的功能基因還未克隆出來(lái)，在這些酶中，研究者一致認(rèn)為催化櫳牛兒基物牛兒基焦磷酸合成紫杉二烯的紫杉二烯合酶(Taxadiene synthase,TS)是合成紫杉二烯的第一個(gè)決定性步驟。
[0004]紫杉醇屬于異戊二烯類超家族化合物，至今已報(bào)道有超過(guò)30000種被鑒定為異戊二烯類。而異戊二烯類超家族化合物都來(lái)源于相同的兩個(gè)中間產(chǎn)物:異戊烯焦磷酸(IPP, isopentenyl diphosphate)和二甲基烯丙基焦憐酸(DMAPP, dimethylallyldiphosphate)。自然界中存在兩個(gè)異戊二烯合成途徑來(lái)提供IPP和DMAPP這兩種通用的萜類化合物前體:(I)甲羥戊酸途徑(MVA途徑)，主要存在于高等真核生物(動(dòng)物，植物線粒體，真菌和酵母等)和部分細(xì)菌中，(2)非甲羥戊酸途徑(DXP或MEP途徑)，主要存在于植物質(zhì)體、原生生物和大多數(shù)細(xì)菌中，而鏈霉菌、部分植物等同時(shí)含有MVA和MEP途徑。近年來(lái)，利用改造微生物內(nèi)源的MEP或MVA途徑，或者導(dǎo)入改造的外源MEP或MVA途徑生產(chǎn)萜類化合物引起了人們的廣泛興趣。
【發(fā)明內(nèi)容】
[0005]本發(fā)明的首要目的在于克服現(xiàn)有技術(shù)的缺點(diǎn)與不足，提供一種生產(chǎn)紫杉二烯的系統(tǒng)。
[0006]本發(fā)明的另一目的在于提供一種生產(chǎn)紫杉二烯的微生物。
[0007] 本發(fā)明的另一目的在于提供上述生產(chǎn)紫杉二烯的系統(tǒng)或微生物的應(yīng)用。
[0008]本發(fā)明的再一目的還在于提供一種提高生產(chǎn)紫杉二烯能力的方法。
[0009]本發(fā)明的目的通過(guò)下述技術(shù)方案實(shí)現(xiàn):
[0010]一種生產(chǎn)紫杉二烯的系統(tǒng)，包含甲羥戊酸途徑和紫杉二烯合成相關(guān)基因或其功能等同體(同功能基因)中的一種或多種。所述的甲羥戊酸途徑的相關(guān)基因包括(I)將乙酰輔酶A縮合為乙酰乙酰輔酶A的基因atoB或其功能等同體、(2)將乙酰輔酶A和乙酰乙酰輔酶A縮合為HMG-CoA的基因ergl3或其功能等同體、(3)將HMG-CoA還原為甲羥戊酸的基因thmgl或其功能等同體、(4)將甲羥戊酸磷酸化為甲羥戊酸-5-磷酸的基因ergl2或其功能等同體、(5)將甲羥戊酸-5-磷酸磷酸化為甲羥戊酸-5-焦磷酸的基因erg8或其功能等同體、(6)將甲羥戊酸-5-焦磷酸脫羧生成異戊烯焦磷酸的基因mvdl或其功能等同體和
(7)將異戊烯焦磷酸異構(gòu)為二甲基烯丙基焦磷酸的基因idi或其功能等同體；所述的紫杉二烯合成的相關(guān)基因包括(8)將異戊二烯焦磷酸和二甲基烯丙基焦磷酸縮合為櫳牛兒基櫳牛兒基焦磷酸的基因櫳牛兒基櫳牛兒基焦磷酸合酶ggpps基因或其功能等同體和(9)將櫳牛兒基櫳牛兒基焦磷酸環(huán)化為紫杉二烯的紫杉二烯合酶ts基因或其功能等同體。
[0011]優(yōu)選的，所述的甲羥戊酸途徑相關(guān)基因或其功能共同體和紫杉二烯合成相關(guān)基因或其功能共同體被設(shè)置在同一個(gè)載體或相互不同的載體上。由此，可以進(jìn)一步提高采用該系統(tǒng)轉(zhuǎn)化微生物的效率。
[0012]所述的甲羥戊酸途徑的相關(guān)基因優(yōu)選為來(lái)源于大腸桿菌BL21 (DE3)的atoB(CP001509.3:2216470-2217654)、idi (CP001509.3:2863926-2864474)和來(lái)源于釀酒酵母 INVSCl 的 ergl3 (329138949:19060-20535)、 thmgl (329138949:115734-117239)、ergl2 (329138949:684467-685798)、erg8 (329138949:712316-713671)、mvdl(329138953:701895-703085)。
[0013]所述的紫杉二烯合成的相關(guān)基因優(yōu)選為來(lái)源于Taxus canadensis (加拿大紅豆杉)經(jīng)過(guò)密碼子優(yōu)化的櫳牛兒 基櫳牛兒基焦磷酸合酶ggpps基因(序列如SEQ ID N0.1所示)和來(lái)源于Taxus brevifolia (短葉紅豆杉)經(jīng)過(guò)密碼子優(yōu)化的紫杉二烯合酶ts基因(序列如 SEQ ID N0.2 所示)。
[0014]一種生產(chǎn)紫杉二烯的微生物為含有上述生產(chǎn)紫杉二烯的系統(tǒng)的微生物。通過(guò)將生產(chǎn)紫杉二烯的系統(tǒng)轉(zhuǎn)化到微生物中得到生產(chǎn)紫杉二烯的微生物，通過(guò)表達(dá)該微生物的基因組中所包含的外源基因，可以使該微生物過(guò)表達(dá)甲羥戊酸途徑或櫳牛兒基櫳牛兒基焦磷酸合酶或紫杉二烯合酶的至少一種。
[0015]優(yōu)選的，所述的生產(chǎn)紫杉二烯的微生物為將甲羥戊酸途徑相關(guān)基因或其功能共同體和紫杉二烯合成相關(guān)基因或其功能共同體中的一種或多種整合到微生物基因組中。
[0016]所述的微生物為選自真核微生物、原核微生物和病毒的至少一種。
[0017]優(yōu)選的，所述的微生物為選自細(xì)菌、真菌、放線菌、螺旋體、支原體、衣原體、立克次體、病毒和酵母的至少一種。
[0018]優(yōu)選的，所述的微生物為絲狀真菌。
[0019]優(yōu)選的，所述的微生物為酵母。
[0020]優(yōu)選的，所述微生物為大腸桿菌。
[0021]優(yōu)選的，所述微生物為芽孢桿菌。
[0022]優(yōu)選的，所述微生物為鏈霉菌。
[0023]優(yōu)選的，所述微生物不含內(nèi)源的甲羥戊酸途徑。
[0024]更優(yōu)選的，所述微生物含有內(nèi)源的甲羥戊酸途徑。
[0025]優(yōu)選的，所述的生產(chǎn)紫杉二烯的微生物為含有質(zhì)粒pMHl、質(zhì)粒pFZ81和質(zhì)粒pXC02的大腸桿菌；所述的質(zhì)粒pMHl啟動(dòng)子為Iac啟動(dòng)子，復(fù)制子為pl5A復(fù)制子,包含atoB、ergl3和thmgl基因，pMHl的序列(不含骨架載體序列)如SEQ ID N0.3所示；所述的質(zhì)粒pFZ81啟動(dòng)子為Iac啟動(dòng)子，復(fù)制子為pBBRlMCS復(fù)制子,包含ergl2、erg8、mvdl和idi基因，PFZ81的序列(不含骨架載體序列)如SEQ ID N0.4所示；所述的質(zhì)粒pXC02啟動(dòng)子為T7強(qiáng)啟動(dòng)子，復(fù)制子為PSClOl低拷貝復(fù)制子，包含ggpps和ts基因，pXC02的序列(不含骨架載體序列)如SEQ ID N0.5所示。
[0026]更優(yōu)選的，所述的生產(chǎn)紫杉二烯的微生物為含有質(zhì)粒pMHl、質(zhì)粒pFZ81和質(zhì)粒PFZ131的大腸桿菌；所述的質(zhì)粒PFZ131包含與pXC02相同的ggpps和ts基因，啟動(dòng)子為T7強(qiáng)啟動(dòng)子，只是復(fù)制子為PBBR322高拷貝復(fù)制子。
[0027]上述生產(chǎn)紫杉二烯的系統(tǒng)或微生物在生產(chǎn)紫杉二烯中的應(yīng)用。
[0028]—種提聞生廣紫杉二稀能力的方法為增加上述系統(tǒng)中任一基因或其功能等同體的表達(dá)。
[0029]合成生物學(xué)與代謝工程等的發(fā)展使得在目標(biāo)微生物中表達(dá)外源基因成為可能，通過(guò)選擇合適的表達(dá)元件能很好的完成外源基因在選定微生物中的表達(dá)與功能重建。本發(fā)明以大腸桿菌這一不含甲羥戊酸途徑的微生物為例，通過(guò)導(dǎo)入甲羥戊酸途徑相關(guān)基因或功能共同體、櫳牛兒基櫳牛兒基焦磷酸合酶與紫杉二烯合酶成功的在大腸桿菌體內(nèi)合成了紫杉二烯。這表明即使微生物不含甲羥戊酸途徑亦可利用外源導(dǎo)入的甲羥戊酸途徑來(lái)用于合成紫杉二烯等萜類化合物， 這類微生物可以是大腸桿菌，芽孢桿菌等含有MEP途徑的微生物。相對(duì)于不含甲羥戊酸途徑的微生物，對(duì)酵母，絲狀真菌和鏈霉菌等含有內(nèi)源甲羥戊酸途徑的微生物進(jìn)行甲羥戊酸途徑的改造則更為便捷，可通過(guò)表達(dá)部分或者全部相關(guān)基因亦或是全部外源的相關(guān)基因以達(dá)到改造甲羥戊酸途徑的目的，因此本發(fā)明所建立的甲羥戊酸途徑改造與對(duì)櫳牛兒基櫳牛兒基焦磷酸合酶及紫杉二烯合酶的改造完全可以通過(guò)選用合適的表達(dá)元件在其他微生物中進(jìn)行重現(xiàn)。目前還無(wú)法利用常用微生物直接生產(chǎn)紫杉醇，而利用微生物生產(chǎn)紫杉二烯這一重要的紫杉醇合成中間產(chǎn)物能為今后微生物生產(chǎn)紫杉醇提供一定的指導(dǎo)。
[0030]本發(fā)明相對(duì)于現(xiàn)有技術(shù)具有如下的優(yōu)點(diǎn)及效果:本發(fā)明利用外源的甲羥戊酸途徑獲得了穩(wěn)定生產(chǎn)紫杉二烯的大腸桿菌。本發(fā)明構(gòu)建的微生物能穩(wěn)定產(chǎn)生紫杉二烯的培養(yǎng)物，為后續(xù)進(jìn)一步利用微生物生產(chǎn)紫杉醇奠定了基礎(chǔ)，具有廣闊的應(yīng)用前景。
【專利附圖】
【附圖說(shuō)明】
[0031]圖1是甲羥戊酸途徑示意圖。
[0032]圖2是紫杉二烯合成途徑示意圖。
[0033]圖3是質(zhì)粒pMHl示意圖。
[0034]圖4是質(zhì)粒pFZ81示意圖。
[0035]圖5是質(zhì)粒PFZ131示意圖。
[0036]圖6是質(zhì)粒pXC02示意圖。
[0037]圖7是T2菌株搖瓶發(fā)酵產(chǎn)物GC-MS分析結(jié)果圖。
[0038]圖8是T2與T4菌株生產(chǎn)紫杉二烯的GC-MS分析結(jié)果比較。
[0039]圖9是紫杉二烯定量標(biāo)準(zhǔn)曲線；其中，A是紫杉二烯的標(biāo)準(zhǔn)曲線，Υ=-31766.7+5576.48*X，R Λ 2=0.9911，W:Equal ;B 是內(nèi)標(biāo)物的標(biāo)準(zhǔn)曲線，Y=-11808.6+11273.7*X, R Λ 2=0.9977, W:Equal。
[0040]圖10是T4菌株紫杉二烯發(fā)酵結(jié)果。
【具體實(shí)施方式】
[0041]下面結(jié)合實(shí)施例及附圖對(duì)本發(fā)明做進(jìn)一步詳細(xì)的描述，但不應(yīng)理解為對(duì)本發(fā)明的限制。若未特別指明，實(shí)施例中所用的技術(shù)手段為本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知的常規(guī)手段。
[0042]通過(guò)從大腸桿菌和釀酒酵母基因組DNA中擴(kuò)增相應(yīng)基因構(gòu)建了用于大腸桿菌表達(dá)的甲羥戊酸途徑和紫杉二烯合成途徑，并實(shí)現(xiàn)了重組大腸桿菌Τ2和Τ4穩(wěn)定生產(chǎn)紫杉二烯，相關(guān)反應(yīng)途徑見圖1和圖2。
[0043]實(shí)施例中所用到的引物如表1所示:
[0044]表1引物列表
[0045]·
【權(quán)利要求】
1.一種生產(chǎn)紫杉二烯的系統(tǒng)，其特征在于:包含甲羥戊酸途徑和紫杉二烯合成相關(guān)基因或其功能等同體中的一種或多種。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的生產(chǎn)紫杉二烯的系統(tǒng):其特征在于:所述的甲羥戊酸途徑相關(guān)基因或其功能共同體和紫杉二烯合成相關(guān)基因或其功能共同體被設(shè)置在同一個(gè)載體或相互不同的載體上。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的生產(chǎn)紫杉二烯的系統(tǒng)，其特征在于:所述的紫杉二烯合成的相關(guān)基因?yàn)榻?jīng)過(guò)密碼子優(yōu)化的辟》^和ts基因，核苷酸序列分別如SEQ ID N0.1和2所示。
4.一種生產(chǎn)紫杉二烯的微生物,其特征在于:為包含權(quán)利要求1-3任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)的微生物，所述的微生物為選自真核微生物、原核微生物和病毒的至少一種。
5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的微生物，其特征在于:所述的微生物為絲狀真菌、酵母、鏈霉菌、芽孢桿菌或大腸桿菌。
6.根據(jù)權(quán)利要求4所述的微生物，其特征在于:所述的微生物為基因組DNA中整合了權(quán)利要求1-3任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)的核酸序列一種或多種。
7.根據(jù)權(quán)利要求4所述的微生物，其特征在于:所述的微生物為含有質(zhì)粒pMHl、質(zhì)粒PFZ81和質(zhì)粒pXC02的大腸桿菌；所述的質(zhì)粒pMHl啟動(dòng)子為Iac啟動(dòng)子，復(fù)制子為pl5A復(fù)制子，包含aioS、ergl3和thmgl基因；所述的質(zhì)粒pFZ81啟動(dòng)子為Iac啟動(dòng)子，復(fù)制子為pBBRlMCS復(fù)制子，包含ergl2、erg8、mvdl和idi基因；所述的質(zhì)粒pXC02啟動(dòng)子為T7強(qiáng)啟動(dòng)子，復(fù)制子為PSClOl低拷貝復(fù)制子，包含辟pas和ts基因；或?yàn)楹匈|(zhì)粒pMHl、質(zhì)粒pFZ81和質(zhì)粒pFZ131的大腸桿菌；所述的質(zhì)粒pFZ131啟動(dòng)子為T7強(qiáng)啟動(dòng)子，復(fù)制子為pBBR322高拷貝復(fù)制子,包含ggpps和ts基因。
8.權(quán)利要求4-7任一項(xiàng)所述的微生物的制備方法，其特征在于包含如下步驟:將權(quán)利要求1-3任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)轉(zhuǎn)化微生物中。
9.權(quán)利要求1-3任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)或權(quán)利要求4-7一項(xiàng)所述的微生物在生產(chǎn)紫杉二烯中的應(yīng)用。
10.一種提高生產(chǎn)紫杉二烯能力的方法，其特征在于:增加權(quán)利要求1-3任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)中的任一基因或其功能等同體的表達(dá)。
【文檔編號(hào)】C12N15/11GK103571835SQ201310595448
【公開日】2014年2月12日 申請(qǐng)日期:2013年11月22日 優(yōu)先權(quán)日:2013年11月22日
【發(fā)明者】劉天罡, 朱發(fā)銀, 曹小迎, 張宇琛, 卞光凱, 鄧子新 申請(qǐng)人:武漢大學(xué)