用于鑒定分枝桿菌的寡核苷酸探針、生物芯片及鑒定方法
【專利摘要】本發(fā)明關(guān)于一種用于鑒定分枝桿菌的寡核苷酸探針、生物芯片及鑒定方法。所述的寡核苷酸探針包括片段長度為15至50個核苷酸的待與目標(biāo)核酸序列雜交的專一性片段；以及片段長度為0至15個核苷酸的非專一性片段，其中所述專一性片段是位于所述寡核苷酸探針的3’端，且所述非專一性片段是用以連接一固相支持物。本發(fā)明還關(guān)于利用所述寡核苷酸探針的生物芯片及其用于鑒定分枝桿菌的方法。
【專利說明】用于鑒定分枝桿菌的寡核苷酸探針、生物芯片及鑒定方法
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明關(guān)于一種寡核苷酸探針,尤其是關(guān)于一種用于鑒定分枝桿菌的寡核苷酸探針、生物芯片及其鑒定方法。
【背景技術(shù)】
[0002]全球由結(jié)核桿菌群引起的結(jié)核病(tuberculosis)每年約有920萬新案例，并造成170萬人死亡。中國臺灣每年亦有14，500至16，500個肺結(jié)核病例，故其被視為全世界公共衛(wèi)生的大問題。
[0003]分枝桿菌屬(Mycobacterium spp.)包括絕對致病菌、兼性致病菌及腐生菌。目前已分離出將近100種分枝桿菌,其引起的疾病主要有結(jié)核病(tuberculosis)和麻風(fēng)病(leprosy),除了結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群(MTB complex)菌種外，尚有近三十種非結(jié)核分枝桿菌(non-tuberculous mycobateria, NTM)會引起肺部感染及各種何機全身性或局部感染；此菌為嗜氧性(aerobic)、革蘭氏陽性(Gram-positive),因其細(xì)胞壁上含豐富臘質(zhì),抹片施以抗酸性染色(acid fast stain)后在顯微鏡下呈紅色桿狀的細(xì)胞型態(tài)；菌體抗酸性的特性為分枝桿菌的初步檢測依據(jù)。分枝桿菌鑒定的傳統(tǒng)方法包括染色特征、菌落型態(tài)、生理及生化特性等。分枝桿菌依生長速度區(qū)分為快速(七天以內(nèi)可形成菌落)和慢速(七天以上形成菌落)生長菌，在此之后以傳統(tǒng)方法鑒定還要花費2-4周不等，這也是造成分枝桿菌感染患者在診療上最大的困擾。
[0004]結(jié)核菌的臨床診斷上，除了以抗酸性染色進行快速篩選外，分枝桿菌的培養(yǎng)與傳統(tǒng)鑒定方法仍是臨床鑒定的黃金標(biāo)準(zhǔn)，然而抗酸性染色結(jié)果雖然可以在24小時內(nèi)得知，但染色的偵測極限與陽性預(yù)測率(positive predictive rate, PPV)均不到80%,而進行傳統(tǒng)鑒定則需花費2-4周的時間，使得分子檢測有了發(fā)展的空間。近年來，分子生物學(xué)發(fā)展快速，除了學(xué)術(shù)研究外，也開始應(yīng)用在臨床病原微生物檢驗上。因為分子生物技術(shù)擁有一些傳統(tǒng)方法無法達到的特性，如，微量操作、快速、專一性與再現(xiàn)性高、可區(qū)分混合菌種等，讓分子生物在各種鑒定方法中突顯出優(yōu)勢的一面。隨著分子技術(shù)的進步，核酸擴增反應(yīng)(NAAT)與DNA雜交反應(yīng)的技術(shù)可提升檢測的偵測極限與準(zhǔn)確性，然而目前進行分子檢測的檢體來源多來自做完抗酸性染色及接種培養(yǎng)后剩下的檢體，其所含的菌數(shù)較低，當(dāng)抗酸性染色的價數(shù)小于一價，或來自經(jīng)過藥物治療的病患檢體，甚至檢體中含有的干擾物質(zhì)，都會造成偽陰性的誤判。另外，若直接以分子檢測對消化去污染后的痰液或血液檢體進行鑒定，將無法判斷檢體中的是為活菌或死菌，使得檢驗及醫(yī)療人員對其結(jié)果產(chǎn)生疑慮。
[0005]所有細(xì)菌的16S rRNA長度約為1.5Kb。在此長度中有高度保留區(qū)(highlyconserved region)以及因細(xì)菌種類的不同而發(fā)生變化的區(qū)域。相對于16S rRNA, 23S rRNA被定序的種類較少，其最主要原因是23S rRNA比較大，約為3Kb。而16S與23S核糖體核酸基因間間隔區(qū)(intergenic spacer region, ITS)的長度和序列在不同菌種間變化較大，其長度約在 60 至 1，529bp 之間，故 Giirtler 等人(Giirtler and Stanisich, 1996)認(rèn)為此間隔區(qū)可用來作為鑒定菌株的工具。16S與23S核糖體核酸基因間間隔區(qū)序列除了少數(shù)幾個菌種外，在種與種間(interspecies)的相似度不高,但同種內(nèi)(intraspecies)的相似度卻極高，而16S與23S核糖體核酸基因間間隔區(qū)序列很相似的菌種，通?？衫眯蛄兄讣y(fingerprint sequence)加以辨識。相較于16S rRNA序列，16S與23S核糖體核酸基因間間隔區(qū)在長度上較短，僅需一次定序即可得到完整的序列(16S rRNA通常需要兩次以上的定序)，且序列在種間的差異度(divergence)遠(yuǎn)大于16S rRNA(因為部份相近菌種相似度大于 99% ),因此 Kawamura 與 Patel 等人(Kawamuraet al., 1995 ；Patel et al., 1998)認(rèn)為利用16S與23S核糖體核酸基因間間隔區(qū)序列有利于菌株的鑒定。
[0006]一般常用的分子檢驗技術(shù)為核酸擴增技術(shù)(nucleic acid amplificationtechniques ;NAAT),尤其以聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(polymerase chain reaction ;PCR)最為被廣泛利用，而近年來生物芯片(biochip)的設(shè)計更是蓬勃發(fā)展，這類產(chǎn)品包括德國HainLifescience公司的Genotype CM/AS、中國臺灣金車公司的人類乳突瘤病毒基因定型點墨EASYChip HPV Blot與中國臺灣晶宇生物科技的結(jié)核分枝桿菌群檢驗試劑試劑盒DR.MTBCScreenTM IVD Kit。生物芯片又稱為DNA芯片(DNA chip)或DNA微陣列(DNA microarray),乃衍生自北方墨點法(Northern blotting)或南方墨點法(Southern blotting)的一種應(yīng)用技術(shù)，其原理是將與目標(biāo)基因互補的單鏈DNA片段(又稱為探針；pr0be)點制在載體，并以化學(xué)鍵結(jié)或紫外光方法固定于載體，載體材質(zhì)可為玻璃片、陶瓷片、硝酸纖維膜(nitrocellulose membrane)或尼龍膜(nylon membrane);檢測時通過PCR擴增目標(biāo)基因片段，經(jīng)過雜交反應(yīng)(hybridization)與載體上的探針結(jié)合后，以酶呈色法顯現(xiàn)訊號，再配合利用特殊的判讀機器減少人為判讀的誤差。
[0007]目前，采用寡核苷酸芯片而成的生物芯片來鑒定分枝桿菌為主要發(fā)展趨勢。所謂的寡核苷酸是采用合成的固定長度的具基因?qū)Ｒ恍孕蛄械膯捂湽押塑账岽鍼CR合成的DNA雙鏈探針，并將之固定于固相支持物上。此一微小的變動卻使寡核苷酸芯片比傳統(tǒng)的cDNA芯片具有卓越的優(yōu)點，例如，序列經(jīng)過優(yōu)化，減少非專一性雜交，能有效區(qū)分具有同源類似序列的基因；減少二級結(jié)構(gòu)的發(fā)生；雜交溫度均一，提高雜交效率；合成產(chǎn)物濃度均一，避免因待測樣品濃度差異而造成點樣量差異；無需擴增，防止因擴增失敗影響鑒定結(jié)果。傳統(tǒng)的cDNA芯片的固定方式可以通過簡單且易于操作的紫外線交互鏈接反應(yīng)(UVcross linkage)而固定于尼龍膜上。除前述專一'I"生序列之外，一般導(dǎo)入長度為15至20nt的聚合的胸腺嘧啶核苷酸尾端(poly T tail)作為用于將寡核苷酸探針固定于固相支持物的非專一性片段。又，于中國臺灣專利申請1309262中提出，較短的寡核苷酸探針無法有效與固相支持物結(jié)合，因此其提出以長度為30至IOOnt的非專一性片段，可加強探針與固相支持物間的結(jié)合。然而，發(fā)明人經(jīng)由密集的實驗發(fā)現(xiàn)，過長的非專一性片段將造成探針無法牢固地固定于支持物上，進而使得鑒定結(jié)果不準(zhǔn)確甚至無法呈現(xiàn)任合雜交反應(yīng)。
[0008]鑒于傳統(tǒng)技術(shù)中的寡核苷酸探針的缺點及用于鑒定分枝桿菌的方法操作復(fù)雜且耗時的缺點，且許多鑒定方法的準(zhǔn)確度與靈敏度令人不甚滿意，需發(fā)展一種有其臨床的需要性及必要性的更快速且能準(zhǔn)確鑒定分枝桿菌的鑒定探針及鑒定方法，讓醫(yī)師實時對患者進行適當(dāng)醫(yī)療以遏止疾病傳播。
【發(fā)明內(nèi)容】
[0009]本發(fā)明的一個目的在于提供一種用于鑒定分枝桿菌的寡核苷酸探針。所述探針包括片段長度為15至50個核苷酸的待與目標(biāo)核酸序列雜交的專一性片段及片段長度為O至30個核苷酸的非專一性片段。其中，所述專一性片段是位于所述寡核苷酸探針的3’端，且所述非專一性片段是連接至一固相支持物。如本【技術(shù)領(lǐng)域】一般技術(shù)人員所公知的，固相支持物可為玻璃片、陶瓷片、硝酸纖維膜或尼龍膜。
[0010]在上述寡核苷酸探針中，優(yōu)選地，所述非專一性片段的長度為O至15個核苷酸。[0011 ] 在上述寡核苷酸探針中，優(yōu)選地，所述目標(biāo)核酸序列為分枝桿菌的16S與23S核糖體核酸基因間間隔區(qū)。
[0012]在上述寡核苷酸探針中，優(yōu)選地，所述寡核苷酸探針更包含所述目標(biāo)核酸序列的互補鏈。
[0013]在上述寡核苷酸探針中，優(yōu)選地，所述分枝桿菌是選自由分枝桿菌群、結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群、鳥分枝桿菌復(fù)合群、潰瘍腫分枝桿菌、龜分枝桿菌、偶然分枝桿菌組、戈登分枝桿菌、堪薩斯分枝桿菌、土地分枝桿菌復(fù)合群及瘰疬分枝桿菌所組成的群組。
[0014]在上述寡核苷酸探針中，優(yōu)選地，所述非專一性片段包含聚合的胸腺嘧啶核苷酸尾端。
[0015]本發(fā)明的另一目的在于提供一種用于鑒定分枝桿菌的生物芯片，其可鑒定包含鳥分支桿菌復(fù)合群、堪薩斯分枝桿菌、結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群、戈登分枝桿菌、土地分枝桿菌、偶然分枝桿菌、潰瘍腫分枝桿菌、龜分枝桿菌、瘰疬分枝桿菌等9種分枝桿菌。
[0016]根據(jù)本發(fā)明的具體實施方案，于所述生物芯片上固定有多個本發(fā)明的寡核苷酸探針，其中，所述探針包 含:
[0017]至少一組呈鏡像對稱配置的用于鑒定分枝桿菌復(fù)合群的寡核苷酸探針(SEQ IDN0.7)；
[0018]至少一組呈鏡像對稱配置的用于鑒定結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群的寡核苷酸探針(SEQID N0.8)；
[0019]至少一組呈鏡像對稱配置的用于鑒定鳥分枝桿菌復(fù)合群的寡核苷酸探針(SEQ IDN0.1)；
[0020]至少一組呈鏡像對稱配置的用于鑒定潰瘍腫分枝桿菌的寡核苷酸探針(SEQ IDN0.13)；
[0021]至少一組呈鏡像對稱配置的用于鑒定龜分枝桿菌的寡核苷酸探針(SEQ IDN0.14)；
[0022]至少一組呈鏡像對稱配置的用于鑒定偶然分枝桿菌組的寡核苷酸探針(SEQ IDN0.12)；
[0023]至少一組呈鏡像對稱配置的用于鑒定戈登分枝桿菌的寡核苷酸探針(SEQ IDN0.10)；
[0024]至少一組呈鏡像對稱配置的用于鑒定堪薩斯分枝桿菌的寡核苷酸探針SEQ IDN0.4 ；
[0025]至少一組呈鏡像對稱配置的用于鑒定土地分枝桿菌復(fù)合群的寡核苷酸探針(SEQID N0.11);以及
[0026]至少一組呈鏡像對稱配置的用于鑒定瘰疬分枝桿菌的寡核苷酸探針(SEQ IDN0.15)。[0027]所述探針具有以下表1所示的序列并包含其互補鏈。
[0028]由于結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群在鑒定上需較嚴(yán)謹(jǐn)，因此設(shè)計了二種不同的探針加以辨識，判讀時需二者皆呈現(xiàn)訊號才可判定為結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群，此可減低偽陽性的誤判。此外，由于鳥分枝桿菌復(fù)合群與堪薩斯分枝桿菌的基因多型性(polymorphism),因此針對這二種分枝桿菌，各制備三種不同的探針，以提高正確檢出率。
[0029]根據(jù)本發(fā)明的【具體實施方式】，優(yōu)選地，所述生物芯片包含二組呈鏡像對稱排列的用于鑒定結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群的寡核苷酸探針組。
[0030]在上述生物芯片中，優(yōu)選地，所述二組呈鏡像對稱排列的用于鑒定結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群的寡核苷酸探針組的序列彼此不同(SEQ ID N0.8及SEQ ID N0.9)。
[0031]根據(jù)本發(fā)明的【具體實施方式】，優(yōu)選地，所述生物芯片包含三組呈鏡像對稱排列的用于鑒定鳥分枝桿菌復(fù)合群的寡核苷酸探針組。
[0032]在上述生物芯片中，優(yōu)選地，所述三組呈鏡像對稱排列的用于鑒定鳥分枝桿菌復(fù)合群的寡核苷酸探針組的序列彼此不同(SEQ ID N0.1及SEQ ID N0.2及SEQ ID N0.3)。
[0033]根據(jù)本發(fā)明的【具體實施方式】，優(yōu)選地，所述生物芯片包含三組呈鏡像對稱排列的用于鑒定堪薩斯分枝桿菌的寡核苷酸探針組。
[0034]在上述生物芯片中，優(yōu)選地，所述三組呈鏡像對稱排列的用于鑒定堪薩斯分枝桿菌的寡核苷酸探針組的序列彼此不同(SEQ ID N0.4及SEQ ID N0.5及SEQ ID N0.6)。
[0035]本發(fā)明的又一目 的在于提供一種用于鑒定分枝桿菌的方法，其包含以下步驟:自一待測菌株萃取其含16S-23S核糖體核酸基因間間隔區(qū)的DNA序列；利用一分枝桿菌通用引物擴增所述16S-23S核糖體核酸基因間間隔區(qū)的DNA序列；令所得的擴增的16S-23S核糖體核酸基因間間隔區(qū)的DNA序列與本發(fā)明的生物芯片進行雜合反應(yīng)；以及通過觀察所得的顯示陽性雜合反應(yīng)的圖案來鑒定所述待測菌株。
[0036]在上述的方法中，優(yōu)選地，所述分枝桿菌通用引物包含作為標(biāo)幟的毛地黃素。
[0037]在上述的方法中，待測菌株是得自指定培養(yǎng)基上挑取的菌落，并從其中萃取DNA，可采用傳統(tǒng)方法得到較純的產(chǎn)物，或使用操作較為簡單的商業(yè)化試劑盒(kit)。若為臨床檢體，則可采用更快的煮沸法。其后，在對應(yīng)的分枝桿菌中以通用引物放大所欲的分枝桿菌的ITS區(qū)域。
[0038]通過本發(fā)明的鑒定分枝桿菌的探針及生物芯片，應(yīng)用PCR和DNA雜交技術(shù)，以培養(yǎng)后所生長出的菌落進行9種臨床細(xì)菌常見的分枝桿菌的菌種鑒定，具有快速分析、準(zhǔn)確率聞及實時聞通量檢測等優(yōu)點。
【專利附圖】
【附圖說明】
[0039]圖1為快速生長分枝桿菌的系統(tǒng)化鑒定流程圖。
[0040]圖2為慢速生長分枝桿菌的系統(tǒng)化鑒定流程圖。
[0041]圖3A為本發(fā)明的生物芯片的各探針排列的示意圖。
[0042]圖3B為本發(fā)明的生物芯片的鑒定實施例的呈色反應(yīng)圖。
[0043]主要組件符號說明:
[0044]A1、G1:效能監(jiān)視組
[0045]A2、G2:鳥分枝桿菌復(fù)合群3[0046]A3、G3:堪薩斯分枝桿菌3
[0047]A4、G4: 土地分枝桿菌
[0048]A5、G5:龜分枝桿菌
[0049]A6、B6、C6、D1、D2、D3、D4、G6:聚合的胸腺嘧啶核苷酸尾端
[0050]B1、C1、E1、F1:結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群
[0051]B2、F2:鳥分枝桿菌復(fù)合群2
[0052]B3、F3:堪薩斯分枝桿菌2
[0053]B4、F4:瘰疬分枝桿菌
[0054]B5、F5:潰瘍腫分枝桿菌
[0055]C2、E2:鳥分枝桿菌復(fù)合群I
[0056]C3、E3:堪薩斯分枝桿菌I
[0057]C4、E4:戈登分枝桿菌
[0058]C5、E5:偶然分 枝桿菌
[0059]D5:空白對照
[0060]D6:陰性控制組
[0061]E6、F6:分枝桿菌群探針
【具體實施方式】
[0062]以下配合附圖而說明本發(fā)明的實施例以詳細(xì)說明本發(fā)明，但其并不意味本發(fā)明僅局限于此類實施例所揭示的內(nèi)容。
[0063]材料及方法
[0064]寡核苷酸探針的設(shè)計:本發(fā)明中所使用的寡核苷酸探針是全部位于細(xì)菌16S-23S核糖體核酸基因間間隔區(qū)(ITS)，經(jīng)由與美國國家生物技術(shù)信息中心(NCBI)所公告的序列進行比對、經(jīng)過菌種內(nèi)(intraspecies)、菌屬內(nèi)(intragenus)、甚至菌屬間(intergenus)序列比對后而設(shè)計了長度為15至40nt的具有菌種專一性鳥分支桿菌復(fù)合群(M.aviumcomplex) (3 種)、堪薩斯分枝桿菌(M.kansasii) (3 種)、分枝桿菌(Mycobacterium spp.)、結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群(MTB complex) (2種)、戈登分枝桿菌(M.gordonae)、土地分枝桿菌(M.terrae)、偶然分枝桿菌(M.fortuitum)、潰瘍腫分枝桿菌(M.abscessus) (2種)、龜分枝桿菌(M.chelonae)、瘰疬分枝桿菌(M.scrofulaceum)共9種細(xì)菌的15條寡核苷酸探針(包含寡核苷酸的互補鏈序列)(表1)。
[0065]表1、鑒定分枝桿菌的寡核苷酸探針
[0066]
【權(quán)利要求】
1.一種用于鑒定分枝桿菌的寡核苷酸探針，其包含: 片段長度為15至50個核苷酸的待與目標(biāo)核酸序列雜交的專一性片段 '及 片段長度為O至30個核苷酸的非專一性片段； 其中所述專一性片段位于所述寡核苷酸探針的3’端，且所述非專一性片段連接至一固相支持物。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的寡核苷酸探針，其中，所述非專一性片段的長度為O至15個核苷酸。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的寡核苷酸探針，其中，所述目標(biāo)核酸序列為分枝桿菌的16S與23S核糖體核酸基因間間隔區(qū)。
4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的寡核苷酸探針，其中，所述寡核苷酸探針更包含所述目標(biāo)核酸序列的互補鏈。
5.根據(jù)權(quán)利要求3所述的寡核苷酸探針，其中，所述分枝桿菌是選自由分枝桿菌群、結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群、鳥分枝桿菌復(fù)合群、潰瘍腫分枝桿菌、龜分枝桿菌、偶然分枝桿菌組、戈登分枝桿菌、堪薩斯分枝桿菌、土地分枝桿菌復(fù)合群及瘰疬分枝桿菌所組成的群組。
6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的寡核苷酸探針，其中，所述非專一性片段包含聚合的胸腺嘧啶核苷酸尾端。
7.一種用于鑒定分枝桿菌的生物芯片，于所述芯片上固定有多個權(quán)利要求1-6任一項所述的寡核苷酸探針，其中，所述探針包含: 至少一組呈鏡像對稱配置的用于鑒定分枝桿菌復(fù)合群的寡核苷酸探針(SEQ IDN0.7)； 至少一組呈鏡像對稱配置的用于鑒定結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群的寡核苷酸探針(SEQ IDN0.8)； 至少一組呈鏡像對稱配置的用于鑒定鳥分枝桿菌復(fù)合群的寡核苷酸探針(SEQ IDN0.1)； 至少一組呈鏡像對稱配置的用于鑒定潰瘍腫分枝桿菌的寡核苷酸探針(SEQ IDN0.13)； 至少一組呈鏡像對稱配 置的用于鑒定龜分枝桿菌的寡核苷酸探針(SEQ ID N0.14)； 至少一組呈鏡像對稱配置的用于鑒定偶然分枝桿菌組的寡核苷酸探針(SEQ IDN0.12)； 至少一組呈鏡像對稱配置的用于鑒定戈登分枝桿菌的寡核苷酸探針(SEQ ID N0.10)； 至少一組呈鏡像對稱配置的用于鑒定堪薩斯分枝桿菌的寡核苷酸探針(SEQ IDN0.4)； 至少一組呈鏡像對稱配置的用于鑒定土地分枝桿菌復(fù)合群的寡核苷酸探針(SEQ IDN0.11);以及 至少一組呈鏡像對稱配置的用于鑒定瘰疬分枝桿菌的寡核苷酸探針(SEQ ID N0.15)。
8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的生物芯片，其中，所述生物芯片包含二組呈鏡像對稱排列的用于鑒定結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群的寡核苷酸探針組。
9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的生物芯片，其中，所述二組呈鏡像對稱排列的用于鑒定結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群的寡核苷酸探針組的序列彼此不同(SEQ ID N0.8及SEQ ID N0.9)。
10.根據(jù)權(quán)利要求7所述的生物芯片，其中，所述生物芯片包含三組呈鏡像對稱排列的用于鑒定鳥分枝桿菌復(fù)合群的寡核苷酸探針組。
11.根據(jù)權(quán)利要求10所述的生物芯片，其中，所述三組呈鏡像對稱排列的用于鑒定鳥分枝桿菌復(fù)合群的寡核苷酸探針組的序列彼此不同(SEQ ID N0.1及SEQ ID N0.2及SEQID N0.3)。
12.根據(jù)權(quán)利要求7所述的生物芯片，其中，所述生物芯片包含三組呈鏡像對稱排列的用于鑒定堪薩斯分枝桿菌的寡核苷酸探針組。
13.根據(jù)權(quán)利要求12所述的生物芯片，其中，所述三組呈鏡像對稱排列的用于鑒定堪薩斯分枝桿菌的寡核苷酸探針組的序列彼此不同(SEQ ID N0.4及SEQ ID N0.5及SEQ IDN0.6)。
14.一種用于鑒定分枝桿菌的方法，包含: 自一待測菌株萃取其含16S-23S核糖體核酸基因間間隔區(qū)的DNA序列； 利用一分枝桿菌通用引物擴增所述16S-23S核糖體核酸基因間間隔區(qū)的DNA序列； 所得的擴增的16S-23S核糖體核酸基因間間隔區(qū)的DNA序列與權(quán)利要求7_13任一項所述的生物芯片進行雜合反應(yīng)；以及 通過觀察所得的顯示陽性雜合反應(yīng)的圖案來鑒定所述待測菌株。
15.根據(jù)權(quán)利要求14所述的方法，其中，所述分枝桿菌通用引物包含作為標(biāo)幟的毛地黃素。
【文檔編號】C12N15/11GK103773835SQ201210407028
【公開日】2014年5月7日 申請日期:2012年10月23日 優(yōu)先權(quán)日:2012年10月23日
【發(fā)明者】蔡岳廷, 何耿德, 林函頤, 楊士杰, 謝賢修 申請人:啟新生物科技有限公司