專利名稱：甜橙mlo型抗白粉病基因快速鑒定的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明是借助于甜橙測(cè)序全基因組序列，利用植物比較基因組學(xué)、遺傳學(xué)、生物信息學(xué)和候選基因策略等方法快速鑒定甜橙白粉病基因，主要涉及到甜橙全基因組序列的下載，候選基因的鑒定，基因的比對(duì)，聚類等手段，進(jìn)而鑒定出白粉病基因，屬于植物生物技術(shù)科學(xué)領(lǐng)域。
背景技術(shù)：
甜橙為蕓香科(Rutaceae)柑橘亞科柑橘屬(Citurs)果樹(shù),別名黃果、橙子、金球、金橙等，原產(chǎn)于熱帶及亞熱帶地區(qū)，主要分布在年平均溫度15°C以上的地區(qū)，我國(guó)是甜橙的原產(chǎn)國(guó)之一，主產(chǎn)區(qū)主要在四川、廣東、臺(tái)灣、廣西、福建、湖南、江西、湖北等省份。在世界柑橘生產(chǎn)中，甜橙占的比例最大，年產(chǎn)量約占橘類總產(chǎn)量的2/3。 甜橙白粉病是甜橙生產(chǎn)上常見(jiàn)的ー類真菌性病害，此類病害主要危害甜橙幼嫩枝葉及幼果，發(fā)病初期會(huì)在嫩葉正、反兩面呈現(xiàn)白色霉斑，外觀疏松，霉斑常由中心向外擴(kuò)展。霉層下面葉片組織最初呈水潰狀，以后逐漸失綠，形成黃斑。嚴(yán)重時(shí)病斑擴(kuò)及全葉，往往引起大量落葉、落果、枝條干枯，這類病害嚴(yán)重影響了甜橙的產(chǎn)量和品質(zhì)。因此，控制此類病害的發(fā)生及蔓延，是使甜橙產(chǎn)業(yè)健康快速發(fā)展的前提保障。生產(chǎn)上單純的通過(guò)藥劑防治白粉病的擴(kuò)散，并不能從根本上解決此類病害的蔓延。選育抗病品種一直以來(lái)是公認(rèn)的最有效最直接解決此類病害的方法，但由于甜橙樹(shù)體大、童期長(zhǎng)，遺傳上高度雜合，難以建立理想的分離群體，這給傳統(tǒng)的育種方式帶來(lái)了很大的難度。隨著分子生物技術(shù)的迅猛發(fā)展，利用分子標(biāo)記及轉(zhuǎn)基因技術(shù)將抗病基因轉(zhuǎn)入到優(yōu)質(zhì)的甜橙樹(shù)中將加速甜橙的育種進(jìn)程，所以挖掘和分析抗白粉病基因是利用生物技術(shù)培育抗白粉病甜橙的前提和基礎(chǔ)。MLO型抗病基因是植物特異的一類抗病基因。研究者最早發(fā)現(xiàn)MLOresistance locus 2)基因?qū)Π追鄄】剐允鞘加?937-1938年，由德國(guó)人在埃塞俄比亞采集了很多品種的大麥，其中的兩個(gè)株系對(duì)白粉病菌QUunwriei gremiriis f. sp. hordei)所有己知的生理小種都具有高效抗性。進(jìn)ー步研究表明，大麥中MLO基因的隱性突變mlo可以使大麥對(duì)幾乎所有己知大麥白粉病菌的生理小種產(chǎn)生持久、廣譜的抗性。最近，研究者發(fā)現(xiàn)很多植物的抗白粉病基因都是MLO型基因控制，如番茄，豌豆、擬南芥、薔薇、辣椒、百脈根等等。因此挖掘植物中的MLO型抗病基因?qū)χ参锟拱追鄄∮N具有重要的作用。目前，常用挖掘抗病基因常用的方法有圖位克隆，轉(zhuǎn)座子標(biāo)簽等方法。但是由于甜橙的基礎(chǔ)研究不夠深入，因此利用這些方法不僅時(shí)間長(zhǎng)而且很難準(zhǔn)確地克隆這些基因。因此，如何快速鑒定甜橙中的MLO型抗病基因?qū)⒊蔀樘鸪瓤拱追鄄∮N的重要前提。植物比較基因組學(xué)(Comparative Genomics)是基于基因組圖譜和測(cè)序基礎(chǔ)上,對(duì)已知的基因和基因組結(jié)構(gòu)進(jìn)行比較，來(lái)了解基因的功能、表達(dá)機(jī)理和物種進(jìn)化的學(xué)科。利用模式植物基因組與其它植物基因組之間編碼順序上和結(jié)構(gòu)上的同源性，克隆其他植物基因，掲示基因功能和分子機(jī)制，闡明物種進(jìn)化關(guān)系及基因組的內(nèi)在結(jié)構(gòu)。本專利所采用的方法及思路模式植物擬南芥基因組研究已經(jīng)掲示了 MLO型基因的功能，利用基因其順序上的同源性克隆甜橙MLO型抗病基因，根據(jù)模式植物擬南芥實(shí)驗(yàn)系統(tǒng)上的優(yōu)越性和已知MLO型抗病基因的特點(diǎn)，快速“捕捉”甜橙抗白粉病基因。近年來(lái)，甜橙基因組測(cè)序的完成為我們快速挖掘甜橙白粉病基因提供了條件。本專利介紹了以甜橙全基因組序列為前提，結(jié)合比較基因組學(xué)、遺傳學(xué)、基因組學(xué)、生物信息學(xué)和候選基因策略等知識(shí)，快速挖掘白粉病基因。
發(fā)明內(nèi)容
技術(shù)問(wèn)題
本發(fā)明的目的是提供一種通過(guò)結(jié)合植物比較基因組學(xué)、植物遺傳學(xué)、基因組學(xué)和生物信息學(xué)等知識(shí)，快速挖掘甜橙抗白粉病基因。其結(jié)果一方面可用于甜橙白粉病基因緊密連鎖分子標(biāo)記的開(kāi)發(fā)，進(jìn)行分子標(biāo)記輔助選擇育種，另一方面也為其他作物白粉病基因鑒定提供參考依據(jù)。技術(shù)方案
主要原理第一個(gè)植物抗白粉病基因(MLO)是從大麥中克隆的，研究發(fā)現(xiàn)此基因是ー類特殊的抗病基因，不同于先前克隆的大多數(shù)NBS (nucleotide-binding site)類型抗病基因；隨后，研究者相繼從番茄、擬南芥、豌豆、辣椒、百脈根等植物中克隆了白粉病基因，研究發(fā)現(xiàn)這些基因編碼的都是MLO型抗病基因。隨后，眾多研究者通過(guò)多次試驗(yàn)證實(shí)MLO型抗病基因已經(jīng)成為植物特有的ー類抗白粉病基因。進(jìn)ー步發(fā)現(xiàn)，植物MLO類型基因是ー個(gè)基因家族；而且對(duì)來(lái)源于不同物種的MLO基因家族進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系分析發(fā)現(xiàn)，不同物種中抗白粉病基因總是聚類一起，成為ー類，這ー類MLO基因都具有抗白粉病基因序列的典型特征。甜橙基因組測(cè)序的完成為挖掘白粉病基因提供了一條便利途徑。因此，可以借助于已經(jīng)測(cè)序的甜橙全基因組中MLO基因家族和已經(jīng)克隆的MLO白粉病基因的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系以及對(duì)于維持白粉病基因MLO重要功能的氨基酸保守性來(lái)鑒定甜橙白粉病基因。主要步驟如下
O甜橙全基因組序列的下載及其MLO型基因的采集
首先從甜橙測(cè)序基因組數(shù)據(jù)庫(kù)(http://www. phytozome. net/search, php)下載甜橙全基因組序列；使用“DNAT00LS”軟件對(duì)獲得的甜橙全基因組氨基酸序列數(shù)據(jù)建立數(shù)據(jù)庫(kù)，然后用 pfam 數(shù)據(jù)庫(kù)(蛋白家族數(shù)據(jù)庫(kù)，http://pfam.janelia.org/search/sequence)中的隱馬爾可夫模型(HMM)對(duì)MLO結(jié)構(gòu)域的氨基酸序列與已建立的甜橙全基因組氨基酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行Blastp (E-Value=O. 001)序列比對(duì)，初步篩選出候選基因序列。其次，利用已經(jīng)公布的MLO型基因序列，對(duì)甜橙基因組數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行BLAST比對(duì)，獲得候選基因序列。2)甜橙MLO型基因家族的鑒定
將上述結(jié)果中得到的同源核苷酸序列的候選基因，通過(guò)Pfam(E-Value=LO)進(jìn)行分析，去除無(wú)‘ML0’結(jié)構(gòu)域的基因序列(圖I)。再將候選抗病基因序列通過(guò)MEGA3. I軟件提供的ClustalW工具(多序列比對(duì)程序)進(jìn)行多序列比對(duì)，去除重復(fù)序列。3)通過(guò)植物MLO型基因的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系鑒定候選的甜橙MLO型白粉病基因
由于先前的研究已經(jīng)證明，雙子葉植物MLO型白粉病基因位于植物MLO基因系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)同一區(qū)組，因此在系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系研究中，我們把擬南芥的MLO型基因家族和一些其他作物的MLO型抗白粉病基因和甜橙MLO型基因一起聚類分析，以獲得候選的甜橙抗白粉病基因(圖2)。
4)甜橙白粉病基因與已知的植物MLO白粉病基因的比對(duì)
利用BioXM 2.6軟件將甜橙候選的MLO型白粉病基因和擬南芥、番茄、豌豆、大麥的MLO白粉病基因的氨基酸序列轉(zhuǎn)換成Fasta格式的文件，將這些文件導(dǎo)入BioEdit 7. O軟件，運(yùn)用此軟件中Clustal軟件進(jìn)行多序列比對(duì)，掲示候選白粉病基因重要氨基酸殘基及區(qū)域的保守性。從而進(jìn)一歩鑒定甜橙候選的白粉病基因(圖3)。本發(fā)明的積極效果
O縮短了甜橙白粉病基因挖掘周期，有利于白粉病基因的快速鑒定。采用常規(guī)方法(圖位克隆、轉(zhuǎn)座子標(biāo)簽等)挖掘抗白粉病基因不僅耗時(shí)耗力、效率低，且難以成功。本發(fā)明基于植物比較基因組學(xué)、遺傳學(xué)、生物信息學(xué)方法快速挖掘甜橙白粉病基因，不僅可以縮短時(shí)間，還可以提聞白粉病基因鑒定效率。2)甜橙(GirM是全世界重要果樹(shù)之一。由于甜橙遺傳基礎(chǔ)狹窄，種·質(zhì)資源多樣性低，因此通過(guò)常規(guī)的分子標(biāo)記(RAPD、ISSR、SSR、AFLP等)鑒定甜橙白粉病基因比較困難。通過(guò)鑒定的候選白粉病基因開(kāi)發(fā)相應(yīng)的共分離功能性標(biāo)記(SNP、SCAR等)，可以快速的用于抗病基因的分子標(biāo)記輔助選擇，準(zhǔn)確性高。3)多抗性育種材料的創(chuàng)制。基于新鑒定的白粉病基因開(kāi)發(fā)的功能性分子標(biāo)記，結(jié)合已經(jīng)定位的其他抗病基因的分子標(biāo)記，進(jìn)行多抗性育種材料的創(chuàng)制，可以縮短育種年限，提聞?dòng)N效率。4)為闡述甜橙抗白粉病分子機(jī)制奠定了基礎(chǔ)。甜橙抗白粉病基因的鑒定，通過(guò)轉(zhuǎn)基因技術(shù)、RNAi、病毒誘導(dǎo)的基因沉默(virus induced gene silencing, VIGS)技術(shù)等研究抗白粉病的分子機(jī)制提供了基因資源，有利于快速闡述甜橙抗白粉病的作用機(jī)理。
圖I甜橙MLO基因的鑒定；
本圖顯示的是15個(gè)MLO型基因鑒定結(jié)果，每ー個(gè)基因都含有ー個(gè)‘ML0’保守結(jié)構(gòu)域。圖2植物MLO基因家族的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系分析及其甜橙MLO型白粉病基因的鑒定； 擬南芥是植物科學(xué)研究的模式植物，在構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)中，擬南芥的15個(gè)MLO型基因
(其中3個(gè)基因是白粉病基因AtML002，AtML006和AtML012)、番茄抗白粉病基因(SlMLO)、大麥白粉病基因(HvMLO和HvML002)和豌豆的白粉病基因(PsMLO)被選擇用來(lái)和甜橙MLO型基因聚類分析。共鑒定出2個(gè)甜橙候選的MLO型白粉病基因。圖中斜體標(biāo)記的基因就是候選甜橙白粉病基因。圖3甜橙MLO型白粉病基因的比對(duì)分析；
2個(gè)甜橙白粉病基因與大麥(HvMLO)、番茄(SlMLO)、豌豆(PsMLO)、擬南芥白粉病基因(AtML002，AtML006和AtML012)進(jìn)行比對(duì)，鑒定白粉菌侵染有重要作用的氨基酸殘基和區(qū)域的保守型。圖中TM1-TM7表示甜橙MLO型白粉病基因的7個(gè)轉(zhuǎn)模區(qū)域；黑色圓點(diǎn)表示白粉菌侵染重要的氨基酸殘基；CaMBD表示鈣調(diào)蛋白結(jié)合區(qū)；1和II表示對(duì)白粉菌侵染重要的氨基酸區(qū)域。
具體實(shí)施例方式抗病基因的鑒定在作物抗病遺傳理論研究和抗病品種選育中具有重要的作用。本方法可以快速鑒定出甜橙白粉病基因。具體實(shí)施過(guò)程如下
I)甜橙MLO型基因的采集及鑒定
為了獲得甜橙全部的MLO型基因家族成員，我們首先以擬南芥的MLO型基因，番茄、豌豆、辣椒、薔薇、辣椒、百脈根的抗白粉病MLO基因序列構(gòu)建HMM模型，從甜橙基因組序列中收索MLO型基因；其次以不同作物中已經(jīng)發(fā)表的MLO基因序列作為靶序列(來(lái)自 DFCI 數(shù)據(jù)庫(kù)TC171015, TC267529, DFCI: TC327983, TC289653, TC312087,TC132500, TC133436, TC317623, TC317025, TC315947, TC325903, TC315944, TC315912,TC322759, TC322059, TC330654, TC282713, TC293173, TC281861, TC283253, TC283383,TC285032, TC290021, TC302716, TC283487, TC282866, TC283441, TC281428, TC285118,TC285090;來(lái)自 GenBank 數(shù)據(jù)庫(kù)AY967408, AF384145, AF384144, AY029312-AY029315,AY029317-AY029319, Z95352, AF369563-AF369565, AF369567, AF369569-AF369576，Z83834, Z95496, AY581255),對(duì)甜澄數(shù)據(jù)庫(kù)(http://www. phytozome. net/search.php)進(jìn)行BLAST比對(duì)，選擇相似度最高的序列進(jìn)行下載，共獲得了 15條候選的MLO 型基因(orangel. Ig041242m. g; orangel. Ig042041m. g; orangel. Ig010670m. g ; orange I. lg008373m. g; orange I. IgOl28 59m. g ; orange I. lg023637m.g ; orange I. lg009223m. g ; orange I. Ig008408m. g ; orangel. I gO10805m.g; orange I. lg048528m. g; orange I. IgOl 1363m. g; orange I. Ig047450m. g;orangel. Ig044857m. g; orangel. Ig010450m. g; orangel. Ig008391m. g;)。2)甜橙MLO型基因家族的鑒定
為了進(jìn)ー步驗(yàn)證這些MLO基因準(zhǔn)確性，我們對(duì)這15個(gè)候選的MLO基因進(jìn)行了保守結(jié)構(gòu)域“ML0”的鑒定。以每ー個(gè)候選的MLO型基因的氨基酸序列為基準(zhǔn)，在PFAM(http://pfam.sanger. ac.uk/)網(wǎng)站上進(jìn)行‘ML0’保守結(jié)構(gòu)域的鑒定,具體結(jié)果見(jiàn)圖I。3)甜橙MLO型基因的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系分析
在先前的研究中，發(fā)現(xiàn)雙子葉植物白粉病基因聚合成一個(gè)區(qū)組；因此，在構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)中，我們選擇了模式植物擬南芥的15個(gè)MLO型基因(其中3個(gè)基因是白粉病基因AtML002，AtML006和AtMLOl2)、番茄抗白粉病基因、大麥白粉病基因和豌豆的白粉病基因和甜橙MLO型基因聚類分析一起聚類分析。將甜橙MLO型基因和其他作物白粉病基因蛋白質(zhì)序列進(jìn)行多序列聯(lián)配(采用Clustal X I. 83軟件進(jìn)行),并利用Genedoc軟件(http://www. nrbsc. org/gfx/genedoc/index, html)顯不多序列聯(lián)配的結(jié)果。將Clustal多序列聯(lián)配的結(jié)果輸出到MEGA 4.0軟件中，并利用此軟件分別構(gòu)建了鄰接樹(shù)(neighbor-joining,NJ),利用Bootstrapping方法對(duì)這些進(jìn)化樹(shù)進(jìn)行了評(píng)估。結(jié)果發(fā)現(xiàn)在雙子葉植物抗白粉病基因區(qū)組內(nèi)，存在2個(gè)甜橙候選的MLO型白粉病基因(見(jiàn)圖2)。4)甜橙MLO型抗病基因的比對(duì)
在大麥MLO型白粉病基因研究中，研究中相繼發(fā)現(xiàn)了ー些重要區(qū)域和單個(gè)氨基酸，它們對(duì)大麥白粉菌侵染有著不可替代的作用。為了鑒定2個(gè)候選的甜橙白粉病基因中，這 些重要區(qū)域和氨基酸是否高度保守，我們對(duì)來(lái)自擬南芥的3個(gè)抗白粉病基因(AtML002、AtML06和AtMLO12)、番茄白粉病基因(S1ML0)、豌豆白粉病基因(PsMLO)進(jìn)行了比對(duì)分析。發(fā)現(xiàn)甜橙2個(gè)候選的白粉病基因與已知的MLO型白粉病基因7個(gè)跨膜區(qū)，30個(gè)重要的氨基酸，I個(gè)鈣調(diào)蛋白結(jié)合區(qū)(CaMBD)和兩個(gè)重要的區(qū)域(I和II)高度保守(圖3)。
權(quán)利要求
1.甜橙抗白粉病基因，其特征在于選自下列2個(gè)基因或其之一 orangel. Ig008391m. g 氨基酸MAEKKVYERTLEETPTffAVAAVFFVLIAVSVVIEHLIHIIGKWLNNRHKKALFEAVEKVKAELMLLGFISLLLTVLQEPISGICVSKSVANSWHPCTDKLEKDAYSSDNKESRRRLLSFLDSGTASTRRSLATKGYDKCADEGKVAFVSAYGIHQLHIFIFVLAVFHVLYCLFTLALGRTKMKKWKAWENETKTIEYQYYNDPERFRFARDTSFGRRHLNIWSKSSISLWIVCFFRQFLGSVNKIDYHTLRHGFIMAHLAPGSETKFDFQKYISRSLEEDFKDVVGITPILWFIATLFLLTNTHGWFAYLWLPFIPLFIILLVGAKLQVIITKLGLRIQERGDWKGAPWQP ⑶ DLFWFGRPRFILFLIHLVLFQNAFQLAFFSWSTYEFALKSCFHKKTEDIAIRISMGVLIQILCSYVTLPLYALVTQMGSTMKPTIFNDRVAAALKNWHHIAKKHTKQGRLSGSNTPMSSRPQTPTHGMSPVHLLHNYPNSSYHSNFEHEHWDPENQIRSPRHHREIMNESPPHYAESSEQEVAALEEPRQIEMQLPPGPGFIHTHHEFSFGK核苷酸ATGGCGGAGAAAAAGGTTTATGAGCGTACGTTGGAGGAAACTCCAACATGGGCTGTTGCTGCGGTCTTTTTTGTGTTGATTGCCGTTTCAGTCGTCATTGAACATCTCATTCACATTATTGGAAAGTGGTTGAATAACAGACACAAGAAAGCTCTCTTCGAAGCAGTTGAAAAAGTTAAAGCAGAGCTTATGCTATTGGGGTTCATATCATTGCTGCTAACAGTGTTACAAGAACCAATTTCTGGTATTTGTGTATCAAAGAGTGTTGCAAATTCTTGGCATCCTTGCACTGACAAATTAGAAAAAGATGCATATAGCAGTGATAATAAAGAGAGTCGCCGGAGACTTCTTTCGTTTCTTGATTCCGGAACAGCCAGCACTCGCCGGAGTTTAGCAACTAAAGGTTATGACAAATGCGCGGATGAGGGCAAAGTTGCATTTGTGTCTGCATATGGGATTCATCAGCTCCATATATTCATATTTGTTTTAGCTGTTTTCCATGTCCTTTACTGCTTATTCACCTTGGCTTTGGGAAGAACAAAGATGAAGAAATGGAAGGCATGGGAGAATGAGACAAAGACAATTGAGTACCAATACTACAATGATCCAGAAAGGTTTCGGTTTGCAAGGGACACTTCATTTGGTCGTAGGCATTTGAATATTTGGAGTAAATCATCAATCAGCTTGTGGATTGTTTGCTTCTTCAGGCAATTCCTTGGATCTGTTAACAAAATTGATTACCACACACTGAGACATGGATTCATCATGGCTCATTTGGCTCCTGGAAGTGAAACAAAATTCGATTTTCAGAAATACATCAGCAGATCGCTTGAAGAAGATTTCAAAGATGTTGTGGGAATAACTCCAATTCTATGGTTCATTGCAACGTTGTTCTTGCTCACCAATACACATGGATGGTTTGCTTACTTGTGGTTACCATTTATCCCCTTATTTATAATTCTGTTGGTGGGTGCTAAACTACAAGTGATTATAACGAAACTGGGCCTGAGAATTCAAGAGAGAGGTGATGTGGTGAAGGGGGCACCAGTGGTTCAGCCTGGTGATGACCTTTTCTGGTTCGGACGCCCGCGGTTCATTCTCTTTCTCATTCACTTGGTTCTTTTCCAGAATGCATTTCAGCTGGCATTTTTCAGTTGGAGCACGTATGAATTTGCGCTTAAATCTTGCTTCCACAAGAAAACTGAGGATATAGCTATCAGAATCTCAATGGGGGTGCTCATTCAGATTCTATGCAGTTATGTGACACTACCTCTATATGCCTTAGTGACACAGATGGGATCTACAATGAAACCAACAATATTTAATGATAGAGTGGCAGCAGCACTGAAAAACTGGCACCATATTGCCAAAAAACACACAAAACAGGGCAGGCTTTCTGGGAGTAACACACCAATGTCAAGCAGGCCACAAACTCCTACACATGGAATGTCACCGGTCCATCTCTTGCATAATTACCCGAACAGCAGCTACCACTCGAACTTCGAGCACGAGCATTGGGATCCCGAGAATCAGATTCGTTCGCCGCGCCACCACCGCGAGATCATGAATGAGTCTCCTCCACATTATGCAGAATCTAGTGAACAAGAAGTGGCAGCACTTGAAGAGCCTAGGCAAATTGAAATGCAGCTGCCTCCAGGTCCCGGATTCATTCATACACATCACGAATTTTCATTTGGGAAATGAorangel. Ig023637m. g氨基酸MAGASGGRSLEETPTWAVAVVCFVLVTISIIIEHIIHLIGKffLTKKHKRALYEALEKIKSELMLLGFISLLLTVAGSWISKICIPESVANTWHPCDKEREPELNNEKETTEQETTEHENRRRLLEAVAASGGSIRRALAAGSTTEKCSK、GKVPFVSEDGLHQLHIFIFVLALFHVLYSILTMALSRAKMKKWKKWEKETRTIDYQFSHDPERFRFARETSFGRRHLSSWTKTPVLIWIVCFFRQFVRSVPKVDYLTLRHGFVTVIFLCFQSLAISIKYY 核苷酸ATGGCCGGAGCTAGCGGAGGAAGATCTTTGGAGGAGACGCCGACATGGGCCGTTGCGGTCGTTTGTTTTGTT TTGGTTACGATTTCAATAATTATCGAGCACATAATCCATCTTATCGGAAAGTGGCTGACAAAGAAACACAAGAGAGCTTTATACGAGGCACTCGAGAAGATCAAATCAGAGTTGATGCTACTGGGGTTCATATCGTTGCTACTAACAGTAGCAG GTAGTTGGATATCAAAAATATGCATACCAGAAAGTGTGGCAAATACATGGCATCCATGCGATAAGGAAAGAGAACCAGAGCTAAACAATGAGAAGGAGACTACTGAACAAGAAACGACAGAACACGAAAACCGCCGGAGACTTCTGGAGGCGGTGGCCGCCTCGGGTGGAAGTATCCGAAGAGCTTTGGCGGCGGGATCAACAACCGAAAAATGTTCCAAGGGCAAAGTTCCATTTGTGTCTGAGGACGGTCTCCATCAACTCCATATTTTCATCTTTGTCTTAGCACTTTTCCATGTCCTTTACAGTATCCTTACAATGGCCTTGAGCAGAGCCAAGATGAAGAAATGGAAGAAATGGGAAAAGGAAACAAGAACAATTGATTATCAGTTCTCTCACGATCCTGAGAGGTTTAGATTTGCAAGAGAGACGTCGTTTGGCAGGAGGCATTTGAGTTCGTGGACCAAGACACCTGTCCTCATTTGGATAGTTTGTTTCTTCAGGCAATTTGTTCGGTCGGTTCCCAAGGTTGATTACTTAACTCTCAGGCATGGATTTGTCACGGTAATTTTCTTGTGTTTTCAAAGTTTGGCAATTTCAATCAAATATTATTAAo
2.權(quán)利要求I所述快速鑒定甜橙白粉病基因的應(yīng)用，包括 I)育種材料的創(chuàng)制。.3.2)抗白粉病的育種實(shí)踐。
.4.3)抗白粉病基礎(chǔ)理論研究。
全文摘要
本發(fā)明是快速鑒定甜橙抗白粉病基因；涉及到植物比較基因組學(xué)，遺傳學(xué)和生物信息學(xué)等學(xué)科知識(shí)，屬于植物生物技術(shù)科學(xué)領(lǐng)域。該發(fā)明主要步驟為1)甜橙全基因組序列的下載及MLO型基因的采集；2)MLO型基因的鑒定；3)MLO型基因系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系；4)MLO型白粉病基因的比對(duì)。該發(fā)明有效的縮短了甜橙白粉病基因挖掘周期，有利于白粉病基因的快速鑒定；通過(guò)鑒定的候選白粉病基因開(kāi)發(fā)相應(yīng)的共分離功能性標(biāo)記(SNP、SCAR等)，還可以快速的用于抗白粉病基因的分子標(biāo)記輔助選擇，準(zhǔn)確性高；結(jié)合其它抗病基因分子標(biāo)記可進(jìn)行多抗性育種材料的創(chuàng)制，縮短育種年限，提高育種效率；為闡述甜橙抗白粉病分子機(jī)制奠定了基礎(chǔ)。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK102719446SQ201210094998
公開(kāi)日2012年10月10日 申請(qǐng)日期2012年3月31日 優(yōu)先權(quán)日2012年3月31日
發(fā)明者袁偉, 錢(qián)孝英 申請(qǐng)人:常熟市支塘鎮(zhèn)新盛技術(shù)咨詢服務(wù)有限公司