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食品中大豆過(guò)敏原成分的實(shí)時(shí)熒光pcr定量檢測(cè)方法

文檔序號(hào):575791閱讀:548來(lái)源:國(guó)知局
專(zhuān)利名稱(chēng):食品中大豆過(guò)敏原成分的實(shí)時(shí)熒光pcr定量檢測(cè)方法
技術(shù)領(lǐng)域
本發(fā)明涉及分子生物學(xué)和核酸檢測(cè)技術(shù)領(lǐng)域。具體的說(shuō),本發(fā)明涉及對(duì)食品中大 豆過(guò)敏原成分的實(shí)時(shí)熒光PCR定量檢測(cè)方法和試劑盒。
背景技術(shù)
食品過(guò)敏現(xiàn)已成為一個(gè)新興的公眾性健康問(wèn)題,調(diào)查顯示全世界范圍內(nèi)有 2%的成年人對(duì)食品過(guò)敏,而低于三歲的兒童中有8%以上對(duì)食品過(guò)敏。過(guò)敏反應(yīng)產(chǎn)生蕁麻 疹、濕疹、哮喘、鼻炎、嘔吐、腹瀉和過(guò)敏性休克等癥狀。嚴(yán)重的食物過(guò)敏可導(dǎo)致死亡。對(duì)于 食物過(guò)敏治療尚無(wú)特效方法,嚴(yán)格避免食用含有過(guò)敏成分的食品是最有效的療法。近年來(lái),一些國(guó)家和國(guó)際組織通過(guò)嚴(yán)密的科學(xué)調(diào)查和立法論證,相繼修改和出臺(tái) 規(guī)范了食品中過(guò)敏原成分標(biāo)識(shí)的法律法規(guī),對(duì)食品標(biāo)簽上過(guò)敏原成分的標(biāo)識(shí)作出嚴(yán)格規(guī) 定。美國(guó)、歐盟、加拿大、澳大利亞、新西蘭等國(guó)家將常見(jiàn)大豆過(guò)敏原、花生、奶、蛋、魚(yú)、堅(jiān)果、 麩質(zhì)和甲殼類(lèi)動(dòng)物等成分必須在食品標(biāo)簽中標(biāo)識(shí)。大豆是一種常見(jiàn)的過(guò)敏原成分,美國(guó)、歐盟、加拿大、澳大利亞、新西蘭等國(guó)要求在 食品標(biāo)簽中強(qiáng)制性標(biāo)識(shí)。由于大豆具有較高的營(yíng)養(yǎng)價(jià)值,其作為一種食品原料被廣泛用于 各類(lèi)食品的制作。更重要的是,大豆蛋白(大豆?jié)饪s蛋白、大豆分離蛋白等)、大豆卵磷脂等 大豆制品是一種重要的食品添加劑(作為乳化劑、穩(wěn)定劑、發(fā)泡劑、凝固劑等)被廣泛應(yīng)用 于食品工業(yè),如嬰兒配方食品、肉類(lèi)產(chǎn)品、面包點(diǎn)心、乳制品和各種可食用產(chǎn)品。大豆作為配料中一個(gè)組成成分,可能在標(biāo)簽標(biāo)識(shí)中不能體現(xiàn),它是一種潛在的過(guò) 敏原,其危害性更大。所以,建立食品中大豆過(guò)敏原成分的特異、靈敏和可定量的檢測(cè)方法, 對(duì)保護(hù)消費(fèi)者健康和知情權(quán),對(duì)食品標(biāo)簽過(guò)敏原標(biāo)識(shí)提供技術(shù)保障,為保障出口企業(yè)的國(guó) 際貿(mào)易順利進(jìn)行等方面具有十分重要的意義,是迫在眉睫要解決的食品安全問(wèn)題和檢驗(yàn)檢 疫問(wèn)題。然而,在食品中大豆過(guò)敏原成分檢測(cè)存在諸多難點(diǎn),這主要是因?yàn)槭称返某煞謴?fù) 雜,干擾因素多,對(duì)檢測(cè)方法帶來(lái)了巨大挑戰(zhàn)。目前對(duì)大豆成分的檢測(cè),主要是采用轉(zhuǎn)基因 大豆檢測(cè)的內(nèi)源基因(Lectin基因)。針對(duì)過(guò)敏原基因的檢測(cè),主要是對(duì)P34蛋白的普通 PCR檢測(cè)和SYBR green的實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè),但檢測(cè)靈敏度僅0. 01 %。檢測(cè)靈敏度難以滿(mǎn) 足檢測(cè)需要,此外,尚沒(méi)有對(duì)主要過(guò)敏原基因的TaqMan探針的實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè)方法和定 量檢測(cè)方法。綜上所述,鑒于目前尚沒(méi)有特異性好、靈敏度高的食品中大豆過(guò)敏原成分的實(shí)時(shí) 熒光檢測(cè)方法。因此,本領(lǐng)域迫切需要開(kāi)發(fā)高特異性、高靈敏度的食品中大豆過(guò)敏原成分的 實(shí)時(shí)熒光PCR定性定量檢測(cè)方法。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明的目的在于提供一種特異性好、靈敏度高、準(zhǔn)確、簡(jiǎn)便的食品中大豆過(guò)敏原 成分的實(shí)時(shí)熒光RT-PCR檢測(cè)方法。
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本發(fā)明的另一目的在于提供食品中大豆過(guò)敏原成分的實(shí)時(shí)熒光RT-PCR檢測(cè)試劑
盒o本發(fā)明的再一目的在于提供食品中大豆過(guò)敏原成分檢測(cè)相關(guān)引物和探針。在本發(fā)明的第一方面,提供了一種聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)方法,它包括步驟在聚合酶反 應(yīng)體系中進(jìn)行聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng),所述的反應(yīng)體系中含有擴(kuò)增大豆過(guò)敏原成分的特異性引物 對(duì)和大豆過(guò)敏原成分特異性探針,并且所述引物擴(kuò)增出的擴(kuò)增產(chǎn)物具有大豆P34蛋白編碼 基因的中部區(qū)域的核苷酸序列。在另一優(yōu)選例中,所述的大豆P34蛋白編碼基因的中部區(qū)域指SEQ ID NO 5的第 1600-2500位的核苷酸序列,較佳地指SEQ ID NO 5的第1700-2100位的核苷酸序列,更佳 地指SEQ ID NO 5的第1790-1942位的核苷酸序列。在另一優(yōu)選例中,所述的擴(kuò)增大豆過(guò)敏原成分的特異性引物對(duì)包括SEQ IDN0:1 和SEQ ID NO :2所示的引物。在另一優(yōu)選例中,所述的大豆過(guò)敏原成分特異性探針是Taqman探針。在另一優(yōu)選例中,所述的大豆過(guò)敏原成分特異性探針具有選自下組的核苷酸序 列SEQ ID NO :3。在另一優(yōu)選例中,所述方法還包括步驟在聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)過(guò)程中或之后,檢測(cè)大 豆過(guò)敏原成分特異性探針發(fā)出的熒光信號(hào)。在另一優(yōu)選例中,所述的反應(yīng)體系中含有來(lái)自食品的待檢測(cè)的核酸樣品。在本發(fā)明的第二方面,提供了一種檢測(cè)試劑盒,它含有以下試劑(a)擴(kuò)增大豆過(guò)敏原成分的特異性引物對(duì),并且所述引物擴(kuò)增出的擴(kuò)增產(chǎn)物具有 大豆P34蛋白編碼基因的中部區(qū)域;(b)大豆過(guò)敏原成分特異性探針。在另一優(yōu)選例中,所述的擴(kuò)增大豆過(guò)敏原成分的特異性引物對(duì)包括SEQ IDN0:1 和SEQ ID NO :2所示的引物。在另一優(yōu)選例中,所述的大豆過(guò)敏原成分特異性探針是Taqman探針。在另一優(yōu)選例中,所述的大豆過(guò)敏原成分特異性探針具有選自下組的核苷酸序 列SEQ ID NO :3。在另一優(yōu)選例中,提供了一種用于檢測(cè)食品中大豆過(guò)敏原成分的檢測(cè)試劑盒,其 含有(a)針對(duì)大豆過(guò)敏原成分設(shè)計(jì)的特異性引物,所述的特異性引物對(duì)特異性地?cái)U(kuò)增 大豆過(guò)敏原成分P34蛋白編碼基因的中部區(qū)域的一段序列;(b) Taqman探針,所述的Taqman探針與對(duì)應(yīng)的特異性引物擴(kuò)增產(chǎn)物特異性結(jié)合;(c)任選的標(biāo)準(zhǔn)參照物;在另一優(yōu)選例中,所述的標(biāo)準(zhǔn)參照物是大豆過(guò)敏原成分DNA或含大豆過(guò)敏原成分 擴(kuò)增目的片段的質(zhì)粒DNA或大豆粉;在另一優(yōu)選例中,所述的特異性引物選自下組
其中,F(xiàn)AM,表示熒光報(bào)告基團(tuán),Eclipse表示淬滅基團(tuán)。在本發(fā)明的第三方面,提供了本發(fā)明第二方面所述的試劑盒的用途,它們被用于 檢測(cè)在食品中是否存在大豆過(guò)敏原成分。在本發(fā)明的第四方面,提供了一系列寡核苷酸片段,它們具有選自SEQ IDN0. 1-3 的核苷酸序列。在本發(fā)明的第五方面,提供了本發(fā)明上述特異性擴(kuò)增大豆過(guò)敏原成分的特異性引 物對(duì)和大豆過(guò)敏原成分特異性探針的用途,它們被用于制備用于檢測(cè)在食品中是否存在大 豆過(guò)敏原成分的試劑盒。應(yīng)理解,在本發(fā)明范圍內(nèi)中,本發(fā)明的上述各技術(shù)特征和在下文(如實(shí)施例)中具 體描述的各技術(shù)特征可以互相組合,從而構(gòu)成新的或優(yōu)選的技術(shù)方案。限于篇幅,在此不再
--累述。本發(fā)明的其它方面由于本文的公開(kāi)內(nèi)容,對(duì)本領(lǐng)域的技術(shù)人員而言是顯而易見(jiàn) 的。


圖1顯示了大豆成分的物種特異性實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè)圖。其中,擴(kuò)增曲線(xiàn)從左到
右分別是黃大豆,黑大豆,青大豆。圖2顯示了大豆DNA濃度比的實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè)靈敏度圖。其中,擴(kuò)增曲線(xiàn)從左 到右分別是10ng/ii L 大豆 DNA ; lng/y L 大豆 DNA ;0. lng/y L 大豆 DNA ;0. Olng/y L 大豆 DNA ;0. OOlng/ u L 大豆 DNA。 圖3顯示了大豆粉重量比的實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè)靈敏度圖。其中,擴(kuò)增曲線(xiàn)從左到 右分別是10%大豆粉;大豆粉;0. 大豆粉;0. 01%大豆粉;0. 001%大豆粉。圖4顯示了大豆DNA濃度的實(shí)時(shí)熒光PCR定量檢測(cè)直線(xiàn)回歸方程。圖5顯示了大豆粉重量比的實(shí)時(shí)熒光PCR定量檢測(cè)直線(xiàn)回歸方程。圖6顯示了大豆P34蛋白的氨基酸序列(SEQ ID NO :4)。圖7顯示了大豆P34蛋白的核苷酸序列(SEQ ID NO :5)。其中,SEQ ID NO 1位 于第1790-1814位(方框表示);SEQ ID NO :2位于第1942-1918位(方框表示);SEQ IDNO 3位于第1916-1892位(方框表示)。圖8顯示了另一實(shí)施例中大豆粉重量比的實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè)靈敏度圖,其中擴(kuò)增 曲線(xiàn)從左到右分別是10%大豆粉;大豆粉;0. 大豆粉。
具體實(shí)施例方式本發(fā)明人經(jīng)過(guò)對(duì)大豆過(guò)敏原成分的各種基因序列的廣泛而深入的研究,認(rèn)為大豆 過(guò)敏原成分的P34蛋白編碼基因的中部區(qū)域序列特別適合用于檢測(cè)和鑒定大豆過(guò)敏原成 分。針對(duì)該區(qū)域不僅可以設(shè)計(jì)出特異性擴(kuò)增大豆過(guò)敏原成分的引物,還可設(shè)計(jì)出大豆過(guò)敏 原成分特異性探針。這樣,在一次PCR反應(yīng)中,通過(guò)檢測(cè)探針的熒光信號(hào),就可快速簡(jiǎn)便地 鑒定大豆過(guò)敏原成分。本發(fā)明的檢測(cè)大豆過(guò)敏原成分的方法不僅具有物種特異性,而且靈敏度則顯著提 高到可檢測(cè)低至0.001% (重量)的大豆粉。此外,本發(fā)明方法的ct值與模板拷貝數(shù)之間 的線(xiàn)性關(guān)系量化,可以用于定量檢測(cè)。大豆過(guò)敏原成分本發(fā)明選擇大豆的Gly m Bd 30k蛋白(也被稱(chēng)為P34蛋白)作為檢測(cè)大豆過(guò)敏 原成分的靶目標(biāo)。具體地,本發(fā)明人發(fā)現(xiàn)大豆過(guò)敏原成分的P34蛋白編碼基因的中部區(qū)域 序列(SEQ ID NO 5的第1790-1942位)特別適合用于檢測(cè)和鑒定大豆過(guò)敏原成分。Gly m Bd 30k 蛋白(英文Glycine max gene for Bd 30K)是大豆的主要過(guò)敏蛋 白,實(shí)驗(yàn)表明65%的大豆過(guò)敏癥狀都是由Gly m Bd 30k引起的。Gly m Bd 30k蛋白在目 前所有6000余種的大豆品種中都存在。本發(fā)明方法以G1 y m Bd 30k蛋白基因?yàn)闄z測(cè)靶標(biāo),采用實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè)方法, 建立食品中大豆過(guò)敏原成分的實(shí)時(shí)熒光PCR定量檢測(cè)方法。引物如本文所用,術(shù)語(yǔ)“大豆過(guò)敏原成分特異性探針”指這樣的引物(對(duì)),它擴(kuò)增出 的擴(kuò)增產(chǎn)物具有的P34蛋白編碼基因的中部區(qū)域的核苷酸序列(例如SEQ ID N0:5中第 1790-1942位所示核苷酸序列)。在引物設(shè)計(jì)上,為了能夠更好地滿(mǎn)足目前對(duì)大豆過(guò)敏原成分檢測(cè)的需要。本發(fā)明 人選擇了大豆過(guò)敏原成分P34蛋白編碼基因的中部區(qū)域作為檢測(cè)靶序列。同時(shí),本發(fā)明人 對(duì)已公布大豆過(guò)敏原成分的DNA序列進(jìn)行比對(duì)和分析,選擇相對(duì)保守的一段序列設(shè)計(jì)引物 和探針。一種優(yōu)選的、適用于大豆過(guò)敏原成分的引物對(duì)具有SEQ ID NO :1和2所示的序列。如本文所用,術(shù)語(yǔ)“特異性引物”,指長(zhǎng)度通常為22士5Nt的寡核苷酸鏈,其與大豆 過(guò)敏原成分P34蛋白編碼基因的中部區(qū)域的DNA序列完全互補(bǔ)或者相同。探針如本文所用,術(shù)語(yǔ)“大豆過(guò)敏原成分特異性探針”指能夠結(jié)合于大豆過(guò)敏原成分的 擴(kuò)增產(chǎn)物,但不結(jié)合于其他物種(如蠶豆、豌豆等)的擴(kuò)增產(chǎn)物的探針。更佳地,所述的大 豆過(guò)敏原成分特異性探針特異性結(jié)合于大豆過(guò)敏原成分的、在SEQ ID N0:5中所示的P34 蛋白編碼基因的中部區(qū)域的核苷酸序列。一種優(yōu)選的、適用于大豆過(guò)敏原成分的探針具有SEQ ID NO 3所示的序列。
可用于本發(fā)明的探針沒(méi)有特別限制,可以包括(但并不限于)Taqman探針和 Taqman-MGB 探針。TaqMan聚合酶鏈反應(yīng)技術(shù)利用Taq酶5' -3'外切酶活性,在延伸的過(guò)程中實(shí)現(xiàn) 對(duì)雜交探針的切斷,消除探針3'端熒光基團(tuán)對(duì)5'端標(biāo)記報(bào)告熒光基團(tuán)信號(hào)的淬滅作用。 熒光信號(hào)的強(qiáng)弱與PCR產(chǎn)物的數(shù)量呈正比,檢測(cè)系統(tǒng)通過(guò)檢測(cè)熒光可推測(cè)PCR產(chǎn)物的數(shù)量。本發(fā)明采用的以Eclipse作為淬滅基團(tuán)的Taqman探針不同于以往以TAMRA作為 淬滅集團(tuán)的Taqman探針。TAMRA為熒光染料,在淬滅熒光報(bào)告基團(tuán)的同時(shí),自身會(huì)發(fā)射熒 光,探針熒光本底相對(duì)較高。而Eclipse為非熒光染料,淬滅熒光報(bào)告基團(tuán),自身不發(fā)身熒 光,因此探針本底低,信噪比更大,可以使得檢測(cè)靈敏度更高。參照物本發(fā)明還提供了用于食品中大豆過(guò)敏原成分檢測(cè)的標(biāo)準(zhǔn)參照物。所述的標(biāo)準(zhǔn)參照 物是大豆過(guò)敏原成分DNA或含大豆過(guò)敏原成分?jǐn)U增目的片段的質(zhì)粒DNA。優(yōu)選的標(biāo)準(zhǔn)參照 物是P34蛋白編碼基因的中部區(qū)域的DNA或其擴(kuò)增目的片段的質(zhì)粒DNA。這些標(biāo)準(zhǔn)參照物 可用本領(lǐng)域常規(guī)方法制備。檢測(cè)方法本發(fā)明還提供了用于檢測(cè)大豆過(guò)敏原成分的方法。例如,將SEQ ID NO :1和2所示的特異性引物和SEQ ID NO 3所示的特異性Taqman 探針混合作為PCR擴(kuò)增反應(yīng)的引物和探針。實(shí)時(shí)熒光PCR是密閉擴(kuò)增檢測(cè)方法,擴(kuò)增體系加樣完畢后,即可進(jìn)行擴(kuò)增和檢測(cè), 不需擴(kuò)增后再進(jìn)行分析;不僅減少環(huán)境污染的可能性,還由于有引物對(duì)與探針共同雜交,比 普通PCR特異性更高。TaqMan聚合酶鏈反應(yīng)技術(shù)利用Taq酶5' -3'外切酶活性,在延伸的過(guò)程中實(shí)現(xiàn) 對(duì)雜交探針的切斷,消除探針3'端熒光基團(tuán)對(duì)5'端標(biāo)記報(bào)告熒光基團(tuán)信號(hào)的淬滅作用。 熒光信號(hào)的強(qiáng)弱與PCR產(chǎn)物的數(shù)量呈正比,檢測(cè)系統(tǒng)通過(guò)檢測(cè)熒光可推測(cè)PCR產(chǎn)物的數(shù)量。本發(fā)明方法中優(yōu)選的擴(kuò)增區(qū)域?yàn)榇蠖惯^(guò)敏原成分P34蛋白編碼基因的中部區(qū)域 的核苷酸序列,該區(qū)域是大豆過(guò)敏原成分特有的,可用于檢測(cè)大豆過(guò)敏原成分。根據(jù)本發(fā)明的教導(dǎo),本領(lǐng)域技術(shù)人員將能夠設(shè)計(jì)和合成引物以及大豆過(guò)敏原成分 特異性探針,并用于熒光實(shí)時(shí)PCR定性定量檢測(cè)技術(shù)。在本發(fā)明中,除了檢測(cè)所針對(duì)的靶序列以及相應(yīng)采用的引物(對(duì))和探針等與現(xiàn) 有技術(shù)不同之外,諸如從樣品總抽提DNA、PCR擴(kuò)增和熒光檢測(cè)等步驟的條件可與現(xiàn)有技術(shù) 相同,本領(lǐng)域技術(shù)人員完全可以用常規(guī)的條件進(jìn)行上述各種步驟。當(dāng)然,也可采用本申請(qǐng)實(shí) 施例中所給出的優(yōu)選條件。在本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施例中,電泳結(jié)果表明,擴(kuò)增大豆過(guò)敏原成分的特異性引物對(duì) 能對(duì)大豆過(guò)敏原成分的核酸進(jìn)行擴(kuò)增。實(shí)時(shí)熒光檢測(cè)結(jié)果表明,僅在含大豆過(guò)敏原成分的 標(biāo)本表現(xiàn)陽(yáng)性,達(dá)到了預(yù)期的效果。這表明,通過(guò)合理選擇出的大豆過(guò)敏原成分特異性探針 是極為有效和特異的。使用定量PCR儀進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光檢測(cè)時(shí),根據(jù)熒光標(biāo)記物(FAM、TET)的不同,可在 530nm或640nm等波長(zhǎng)檢測(cè)。在一優(yōu)選例中,本發(fā)明通過(guò)設(shè)計(jì)的引物和探針,采用實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè)技術(shù),檢測(cè)和鑒定食品中大豆過(guò)敏原成分。在反應(yīng)設(shè)計(jì)的標(biāo)準(zhǔn)參照物可發(fā)出明顯的可檢測(cè)信號(hào)及空白 對(duì)照無(wú)可檢測(cè)信號(hào)情況下,根據(jù)樣品實(shí)施實(shí)時(shí)熒光PCR擴(kuò)增是否有明顯的可檢測(cè)信號(hào)判斷 樣品是否受大豆過(guò)敏原成分污染。在另一優(yōu)選例中,一種食品中大豆過(guò)敏原成分的實(shí)時(shí)熒光PCR定量檢測(cè)方法,可 具體包括如下步驟①.食品中大豆過(guò)敏原成分DNA的提??;②.以DNA為模板,用(a)所述特異性引物和(b)所述Taqman探針?lè)謩e進(jìn)行PCR 擴(kuò)增,并測(cè)定產(chǎn)生的可檢測(cè)信號(hào)。其中,所述的特異性引物對(duì)特異性地?cái)U(kuò)增大豆過(guò)敏原成分 P34蛋白編碼基因的中部區(qū)域的一段序列,所述的Taqman探針與對(duì)應(yīng)的特異性引物擴(kuò)增產(chǎn) 物特異性結(jié)合;③.根據(jù)收集的可檢測(cè)信號(hào)分析測(cè)定數(shù)據(jù),從而定性或定量地確定和檢測(cè)出食品 樣品是否含有大豆過(guò)敏原成分。在另一優(yōu)選例中,步驟②中,測(cè)定可檢測(cè)信號(hào)是在實(shí)時(shí)熒光PCR擴(kuò)增反應(yīng)中,探針 的報(bào)告基團(tuán)FAM所產(chǎn)生的熒光信號(hào);在步驟②中還包括將標(biāo)準(zhǔn)參照物和雙蒸水作為模板, 用(a)所述特異性引物和(b)所述Taqman探針?lè)謩e進(jìn)行的PCR擴(kuò)增;并且在步驟③中包括 對(duì)標(biāo)準(zhǔn)參照物和雙蒸水的擴(kuò)增測(cè)定和收集可檢測(cè)信號(hào),并進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。其中,所述的標(biāo)準(zhǔn) 參照物是大豆過(guò)敏原成分DNA或含大豆過(guò)敏原成分?jǐn)U增目的片段的質(zhì)粒DNA。本發(fā)明的主要優(yōu)點(diǎn)在于(1)可簡(jiǎn)便、快速地檢測(cè)和鑒定食品中的大豆過(guò)敏原成分。(2)基于P34蛋白編碼基因的中部區(qū)域的引物對(duì)可有效地特異性擴(kuò)增大豆過(guò)敏原 成分的核酸序列,而大豆過(guò)敏原成分特異性探針則可更特異性地區(qū)分大豆過(guò)敏原成分。(3)檢測(cè)結(jié)果線(xiàn)性好,可用于定量分析。(4)檢測(cè)方法靈敏度非常高,可檢測(cè)食品中低至低0. 001% (重量)的大豆粉。下面結(jié)合具體實(shí)施例,進(jìn)一步闡述本發(fā)明。應(yīng)理解,這些實(shí)施例僅用于說(shuō)明本發(fā)明 而不用于限制本發(fā)明的范圍。下列實(shí)施例中未注明具體條件的實(shí)驗(yàn)方法,通常按照常規(guī)條 件如 Sambrook 等人,分子克隆實(shí)驗(yàn)室手冊(cè)(New York Co Id Spring Harbor Laboratory Press, 1989)中所述的條件,或按照制造廠(chǎng)商所建議的條件。除非另外說(shuō)明,否則百分比和 份數(shù)按重量計(jì)。實(shí)施例11.實(shí)驗(yàn)材料與方法1. 1實(shí)驗(yàn)材料黃大豆、黑大豆、青大豆、白蕓豆、花蕓豆、紅小豆、赤豆、綠豆、扁豆、豌豆、蠶豆、鷹 嘴豆、四季豆、大米、燕麥、大麥、小麥、番茄、馬鈴薯、玉米、油菜籽、棉花、牛肉、羊肉、豬肉、 雞肉和魚(yú)肉等22種植物材料和5種動(dòng)物材料。50個(gè)歐盟、美國(guó)、馬來(lái)西亞、日本等國(guó)家進(jìn)口的餅干、面包和面條等食品樣品,50 個(gè)國(guó)內(nèi)流通食品樣品購(gòu)自上海大型超市。30個(gè)出口食品樣品獲自上海出口食品加工企業(yè)。1. 2 試齊[J(1)液氮;(2)植物基因組DNA提取試劑盒(離心柱型),DP305-02,天根生化科技(北京)有限公司;(3)異丙醇;(4) 70% 乙醇;(5)TE 緩沖液,pH8.0 ;(6)ABI TaqMan Universal PCR Master Mix(Part Number 4304437);(7)超純水(ddH20);(8)引物和探針S0Y-F 5' -ATGAAGAAGTAAGAAAGGTGATTGG-3,(SEQ ID NO 1)SOY-R 5' -AGGCATAAATTTTGTGTCATCTCTC-3,(SEQ ID NO 2)SOY-P :5,-(FAM)CCCTCTCCCTCCACTCATCTTCTCT(Eclipse)-3,(SEQ IDNO 3)其中,Eclipse表示淬滅基團(tuán)(暗淬滅劑)。1.3儀器設(shè)備(l)ABI 7300 實(shí)時(shí)熒光 PCR 儀;(2)天平;(3)移液槍?zhuān)?4)離心機(jī);(5)恒溫孵育器;(6)冷凍碾磨機(jī);(7) DNA冷凍干燥離心機(jī);(8)核酸蛋白濃度分析儀;(9) Eppendorf 離心管;(10)PCR 反應(yīng)管。1.4樣品的制備1.4. 1樣品的研磨用冷凍研磨機(jī)將上述植物材料和動(dòng)物材料樣品研磨成粉狀??刹捎盟姆址s樣, 縮樣至200g左右,用點(diǎn)取法取100mg左右樣品提取DNA。對(duì)于很均勻的樣品,也可將樣品 進(jìn)一步混勻后,直接用點(diǎn)取法取50mg樣品提取DNA。對(duì)于液體樣品,如果樣品均質(zhì),直接取 50mg左右樣品提取DNA ;如果有固體顆粒沉淀,磨碎成均質(zhì)后,取50mg左右樣品提取DNA。1.4. 2樣品配制使用冷凍研磨機(jī)將大豆和小麥磨成粉末狀,并60°C烘干6h。用小麥粉配成大豆粉 含量為10%、1%、0. 1%、0. 01%、0. 001%和 0. 0001% (W/W)的混合樣品。1.OTNA 的提取按常規(guī)方法,根據(jù)植物基因組DNA提取試劑盒(離心柱型,DP305-02)提取上述樣 品 DNA。1. 6DNA濃度測(cè)定及配制用德國(guó)Eppendorf Biophotometer型核酸蛋白分析儀測(cè)定抽提樣品DNA的濃度。用小麥DNA溶液(濃度100ng/ u L)將抽提的大豆DNA溶液(濃度100ng/ u L) 稀釋成10ng/ii L、lng/ii L、0. lng/y L、0. Olng/y L、0. OOlng/y L 和 0. OOOlng/y L 混合液。1.7PCR 測(cè)試
1.7. 1PCR 反應(yīng)體系進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè)的反應(yīng)體系見(jiàn)表1。表1實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè)的反應(yīng)體系 1. 7. 2PCR反應(yīng)循環(huán)參數(shù)實(shí)時(shí)熒光PCR 反應(yīng)循環(huán)參數(shù):50°C,2min ;95°C,10min ;95°C,15s,60°C,lmin,40
個(gè)循環(huán)。1.8靈敏度測(cè)試L0D是指檢出概率超過(guò)95 %的時(shí)候所能檢測(cè)的最低樣品濃度??梢酝ㄟ^(guò)建立一系 列不同濃度的樣本進(jìn)行足量的重復(fù)檢測(cè),或者通過(guò)反復(fù)檢測(cè)一系列不同目的基因模板含量 的參照物質(zhì),以確定LOD。L0D的表述形式可以是DNA分子的拷貝數(shù)、DNA分子的相對(duì)百分 比或者DNA的質(zhì)量。本實(shí)施例以DNA濃度和重量百分比作為靈敏度測(cè)試的表述形式。2.結(jié)果2. 1大豆過(guò)敏原成分的物種特異性實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè)使用引物和探針S0Y-F/S0Y-R/S0Y-P對(duì)黃大豆、黑大豆、青大豆、白蕓豆、花蕓豆、 紅小豆、赤豆、綠豆、扁豆、豌豆、蠶豆、鷹嘴豆、四季豆、大米、燕麥、大麥、小麥、番茄、馬鈴 薯、玉米、油菜籽、棉花、牛肉、羊肉、豬肉、雞肉和魚(yú)肉等22種植物材料和5種動(dòng)物材料DNA 樣品進(jìn)行檢測(cè)。其中黃大豆、黑大豆與青大豆出現(xiàn)明顯的擴(kuò)增曲線(xiàn),而在其它24個(gè)物種DNA 樣品中均無(wú)擴(kuò)增,這說(shuō)明該檢測(cè)方法具有物種特異性(圖1)。2. 2大豆過(guò)敏原成分的實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè)靈敏度使用引物和探針S0Y-F/S0Y-R/S0Y-P對(duì)10倍系列稀釋大豆DNA含量的大豆小麥 DNA 混合液進(jìn)行檢測(cè)。在 10ng/ u L、lng/ u L、0. lng/ u L、0. Olng/ y L 和 0. OOlng/ u L 大豆 DNA出現(xiàn)擴(kuò)增曲線(xiàn),而0.000lng/iiL大豆DNA未出現(xiàn)擴(kuò)增曲線(xiàn)(圖2)。實(shí)驗(yàn)表明,在DNA濃度的水平上,該方法的檢測(cè)靈敏度為0. OOlng/uL大豆DNA。使用引物和探針S0Y-F/S0Y-R/S0Y-P 對(duì) 10 %、1 %,0. 1 %,0. 01 %,0. 001 % 和 0.0001%大豆粉含量的大豆小麥混合樣品(W/W)進(jìn)行檢測(cè)。在10%、1%、0. 1%、0.01%和 0. 001 %大豆粉出現(xiàn)擴(kuò)增曲線(xiàn),而0. 0001 %大豆粉未出現(xiàn)擴(kuò)增曲線(xiàn)(圖3)。實(shí)驗(yàn)表明,在重量百分比水平上,該方法的檢測(cè)靈敏度為0. 001%大豆粉(W/W)。2. 3大豆過(guò)敏原成分的實(shí)時(shí)熒光PCR定量檢測(cè)使用引物和探針S0Y-F/S0Y-R/S0Y-P 對(duì) 10ng/u LUng/u L,0. lng/y L、0. Olng/ ii L和0. OOlng/ ii L大豆DNA含量的大豆小麥DNA混合液進(jìn)行檢測(cè)。檢測(cè)Ct值見(jiàn)表2,定
10量檢測(cè)的直線(xiàn)回歸方程見(jiàn)圖4。 表2大豆成分DNA濃度的實(shí)時(shí)熒光PCR定量檢測(cè)Ct值

結(jié)果表明,在DNA濃度的水平上,Ct值與模板拷貝數(shù)之間的線(xiàn)性關(guān)系良好,可定量 檢測(cè)大豆DNA濃度。使用引物和探針S0Y-F/S0Y-R/S0Y-P 對(duì) 10%U%>0. 1 %、0. 01 %和 0. 001 %大豆 粉含量的大豆小麥混合樣品(W/W)進(jìn)行檢測(cè)。檢測(cè)Ct值見(jiàn)表3,線(xiàn)性回歸方程見(jiàn)圖5。表3大豆成分重量比的實(shí)時(shí)熒光PCR定量檢測(cè)Ct值 實(shí)驗(yàn)表明,在重量百分比水平上,Ct值與模板拷貝數(shù)之間的線(xiàn)性關(guān)系良好,可定量 檢測(cè)大豆含量。3.結(jié)論本發(fā)明以檢測(cè)大豆Gly m Bd 30k蛋白基因?yàn)閷?duì)象的實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè)方法具有 特異性強(qiáng)、靈敏度高和可定量檢測(cè)的特點(diǎn),適用于食品中大豆過(guò)敏原成分的檢測(cè),能應(yīng)用于 日常檢驗(yàn)檢疫工作。實(shí)施例2檢測(cè)Gly m Bd 30k蛋白基因的5,端區(qū)域在本實(shí)施例中,方法同實(shí)施例1,不同點(diǎn)在于,選擇大豆P34蛋白基因的3’端區(qū)作 為擴(kuò)增對(duì)象。采用的熒光探針?lè)▽?shí)時(shí)熒光PCR引物探針為S0Y-1F :5,-TGTCATCACCCAAGTAAAGTACCA-3,(SEQ ID N0:6,對(duì)應(yīng)于 SEQ ID NO 5 的第 5081-5104 位)S0Y-1R :5,-CAAGGTCTCCTGTTGCTATTGC-3,(SEQ ID NO :7,對(duì)應(yīng)于 SEQ ID NO :5 的 第 5542-5521 位)S0Y-1P 5‘- (FAM) TGCTGCTTCTATGGCTCCCGTGGC (Eelipse) -3‘ (SEQID NO :8,對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO 5 的第 5517-5494 位)應(yīng)用S0Y-1F/S0Y-1R/S0Y-1P引物探針的檢測(cè)結(jié)果檢測(cè)結(jié)果如下1、大豆過(guò)敏原成分的物種特異性實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè)使用引物和探針S0Y-1F/S0Y-1R/S0Y-1P對(duì)黃大豆、黑大豆、青大豆、白蕓豆、花蕓 豆、紅小豆、赤豆、綠豆、扁豆、豌豆、蠶豆、鷹嘴豆、四季豆、大米、燕麥、大麥、小麥、番茄、馬 鈴薯、玉米、油菜籽、棉花、牛肉、羊肉、豬肉、雞肉和魚(yú)肉等22種植物材料和5種動(dòng)物材料 DNA樣品進(jìn)行檢測(cè)。其中黃大豆、黑大豆與青大豆出現(xiàn)明顯的擴(kuò)增曲線(xiàn),而在其它24個(gè)物種 DNA樣品中均無(wú)擴(kuò)增,這說(shuō)明該檢測(cè)方法具有物種特異性。2大豆過(guò)敏原成分的實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè)靈敏度使用引物和探針S0Y-1F/S0Y-1R/S0Y-1P對(duì)10倍系列稀釋大豆DNA含量的大豆 小麥DNA混合液進(jìn)行檢測(cè)。在10ng/ii L、lng/ii L、0. lng/ u L大豆DNA出現(xiàn)擴(kuò)增曲線(xiàn),而 0. 01ng/ii L、0. OOlng/ii L和0. 000lng/ii L大豆DNA未出現(xiàn)擴(kuò)增曲線(xiàn)。實(shí)驗(yàn)表明,在DNA濃 度的水平上,該方法的檢測(cè)靈敏度為0. lng/ y L大豆DNA。使用引物和探針S0Y-1F/S0Y-1R/S0Y-1P 對(duì) 10%,1%>0. 1%,0. 01%,0. 001%和 0. 0001%大豆粉含量的大豆小麥混合樣品(W/W)進(jìn)行檢測(cè)。在10%、1%、0. 大豆粉出現(xiàn) 擴(kuò)增曲線(xiàn),而0.01%、0. 001%和0.0001%大豆粉末出現(xiàn)擴(kuò)增曲線(xiàn)(圖8)。實(shí)驗(yàn)表明,在重 量百分比水平上,該方法的檢測(cè)靈敏度為0. 大豆粉(W/W)。上述結(jié)果表明,S0Y-F/S0Y-R/S0Y-P的檢測(cè)靈敏度顯著高于S0Y-1F/S0Y-1R/ S0Y-1P,即P34蛋白編碼基因的中部區(qū)域比P34蛋白編碼基因的3端區(qū)域更適合用于檢測(cè)?,F(xiàn)有技術(shù)中有SYBR染料法實(shí)時(shí)熒光PCR法,檢測(cè)原理是利用熒光染料(SYBR Green I)與雙鏈DNA分子結(jié)合發(fā)光的特性來(lái)指示擴(kuò)增產(chǎn)物的增加,其缺點(diǎn)是特異性不強(qiáng), 只要有雙鏈DNA出現(xiàn),如PCR過(guò)程中出現(xiàn)非特異性擴(kuò)增或引物二聚體等,均有擴(kuò)增信號(hào),造 成假陽(yáng)性結(jié)果。與之相反,本發(fā)明采用熒光探針?lè)▽?shí)時(shí)熒光PCR法,其檢測(cè)原理是利用熒光標(biāo)記 的特異性探針來(lái)識(shí)別模版,其優(yōu)點(diǎn)是特異性強(qiáng)。實(shí)施例3對(duì)食品的檢測(cè)按實(shí)施例1相同方式,用引物(SEQ ID NO 1和2)結(jié)合SEQ ID NO 3所示的探針 通過(guò)實(shí)時(shí)熒光RT-PCR,分別對(duì)購(gòu)自市場(chǎng)上的130批食品樣品進(jìn)行大豆過(guò)敏原成分實(shí)時(shí)熒光 RT-PCR檢測(cè)。130批食品樣品中,50批為進(jìn)口食品樣品,30批為出口食品樣品,50批為國(guó)內(nèi) 流通食品樣品。結(jié)果在50個(gè)進(jìn)口食品中,30個(gè)樣品標(biāo)簽標(biāo)識(shí)含有大豆過(guò)敏原成分,20個(gè)樣品標(biāo)簽未標(biāo) 識(shí)含有大豆過(guò)敏原成分。用本發(fā)明建立的檢測(cè)方法對(duì)這50個(gè)樣品進(jìn)行檢測(cè),檢測(cè)結(jié)果與樣 品標(biāo)簽標(biāo)識(shí)相符。在30個(gè)出口食品中,10個(gè)樣品標(biāo)簽標(biāo)識(shí)含有大豆過(guò)敏原成分,20個(gè)樣品標(biāo)簽未標(biāo) 識(shí)含有大豆過(guò)敏原成分。用本發(fā)明建立的檢測(cè)方法對(duì)這30個(gè)樣品進(jìn)行檢測(cè),10個(gè)標(biāo)識(shí)含有 大豆過(guò)敏原成分樣品的檢測(cè)結(jié)果與樣品標(biāo)簽標(biāo)識(shí)相符,而在2個(gè)未標(biāo)識(shí)含有大豆過(guò)敏原成分的樣品中檢出大豆過(guò)敏原成分。對(duì)這2份標(biāo)識(shí)不符合的樣品進(jìn)行定量檢測(cè),大豆DNA含 量分別為 3. lng/ ii L 和 2. 6ng/ u L。在50個(gè)國(guó)內(nèi)流通食品中,5個(gè)樣品標(biāo)簽標(biāo)識(shí)含有大豆過(guò)敏原成分,45個(gè)樣品標(biāo)簽 未標(biāo)識(shí)含有大豆過(guò)敏原成分。用本發(fā)明建立的檢測(cè)方法對(duì)這50個(gè)樣品進(jìn)行檢測(cè),5個(gè)標(biāo)識(shí) 含有大豆過(guò)敏原成分樣品的檢測(cè)結(jié)果與樣品標(biāo)簽標(biāo)識(shí)相符,而在15個(gè)未標(biāo)識(shí)含有大豆過(guò) 敏原成分的樣品中檢出大豆過(guò)敏原成分。對(duì)不符合標(biāo)簽標(biāo)識(shí)的2個(gè)樣品進(jìn)行定量檢測(cè),大 豆DNA含量分別為0. 8ng/ y L和5. 7ng/ u L。因此,本發(fā)明建立的實(shí)時(shí)熒光RT-PCR檢測(cè)體系適于食品中大豆過(guò)敏原成分的檢 測(cè)。在本發(fā)明提及的所有文獻(xiàn)都在本申請(qǐng)中引用作為參考,就如同每一篇文獻(xiàn)被單獨(dú) 引用作為參考那樣。此外應(yīng)理解,在閱讀了本發(fā)明的上述講授內(nèi)容之后,本領(lǐng)域技術(shù)人員可 以對(duì)本發(fā)明作各種改動(dòng)或修改,這些等價(jià)形式同樣落于本申請(qǐng)所附權(quán)利要求書(shū)所限定的范圍。序列表<110>上海出入境檢驗(yàn)檢疫局動(dòng)植物與食品檢驗(yàn)檢疫技術(shù)中心<120>食品中大豆過(guò)敏原成分的實(shí)時(shí)熒光PCR定量檢測(cè)方法<130)094842<160>8<170>PatentIn version 3.4<210>1<211>25<212>DNA<213>人工序列<220><221>misc_feature<223> 引物<400>1atgaagaagt aagaaaggtg attgg25<210>2<211>25<212>DNA<213>人工序列<220><221>misc_feature<223> 引物<400>2aggcataaat tttgtgtcat ctctc25<210>3 <211>25
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<221>misc_feature
<223>探針
<400>3
ccctctccct ccactcatct tctct
<210>4
<211>379
<212>PRT
<213> 大豆(Glycine max)
<400>4
Met Gly PheLeuValLeuLeuLeuPheSerLeuLeuGlyLeuSerSer
151015
Ser Ser SerlieSerThrHisArgSerlieLeuAspLeuAspLeuThr
202530
Lys Phe ThrThrGinLysGinValSerSerLeuPheGinLeuTrpLys
354045
Ser Glu HisGlyArgValTyrHisAsnHisGluGluGluAlaLysArg
505560
Leu Glu liePheLysAsnAsnLeuAsnTyrlieArgAspMetAsnAla
65707580
Asn Arg LysSerProHisSerHisArgLeuGlyLeuAsnLysPheAla
859095
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lie 235 Asp
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Ser Tyr
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Tyr
Gly
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Glu
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<213> 大豆(Glycine max) <400>5
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Ser
Ser
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<220>
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<223>探針
<400>8
tgctgcttct atggctcccg tggc2權(quán)利要求
一種聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)方法,其特征在于,它包括步驟在聚合酶反應(yīng)體系中進(jìn)行聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng),所述的反應(yīng)體系中含有擴(kuò)增大豆過(guò)敏原成分的特異性引物對(duì)和大豆過(guò)敏原成分特異性探針,并且所述引物擴(kuò)增出的擴(kuò)增產(chǎn)物具有大豆P34蛋白編碼基因的中部區(qū)域的核苷酸序列。
2.如權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,所述的擴(kuò)增大豆過(guò)敏原成分的特異性引物 對(duì)包括:SEQ ID NO 1和SEQ ID NO 2所示的引物。
3.如權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,所述的大豆過(guò)敏原成分特異性探針是 Taqman 探針。
4.如權(quán)利要求1-3中任一所述的方法,其特征在于,所述的大豆過(guò)敏原成分特異性探 針具有選自下組的核苷酸序列SEQ ID NO :3。
5.如權(quán)利要求1-3中任一所述的方法,其特征在于,所述方法還包括步驟在聚合酶鏈 式反應(yīng)過(guò)程中或之后,檢測(cè)大豆過(guò)敏原成分特異性探針發(fā)出的熒光信號(hào)。
6.一種檢測(cè)試劑盒,其特征在于,它含有以下試劑(a)擴(kuò)增大豆過(guò)敏原成分的特異性引物對(duì),并且所述引物擴(kuò)增出的擴(kuò)增產(chǎn)物具有大豆 P34蛋白編碼基因的中部區(qū)域;和(b)大豆過(guò)敏原成分特異性探針。
7.如權(quán)利要求6所述的試劑盒,其特征在于,所述的擴(kuò)增大豆過(guò)敏原成分的特異性引 物對(duì)包括SEQ ID NO 1和SEQ ID NO 2所示的引物。
8.如權(quán)利要求6所述的試劑盒,其特征在于,所述的大豆過(guò)敏原成分特異性探針是 Taqman 探針。
9.如權(quán)利要求6-8中任一所述的試劑盒,其特征在于,所述的大豆過(guò)敏原成分特異性 探針具有選自下組的核苷酸序列SEQ ID NO :3。
10.如權(quán)利要求6所述的試劑盒的用途,其特征在于,用于檢測(cè)在食品中是否存在大豆 過(guò)敏原成分。
全文摘要
本發(fā)明涉及食品中大豆過(guò)敏原成分的實(shí)時(shí)熒光PCR定量檢測(cè)方法。具體地,本發(fā)明公開(kāi)了一種檢測(cè)大豆過(guò)敏原成分的方法,在聚合酶反應(yīng)體系中進(jìn)行聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng),所述的反應(yīng)體系中含有擴(kuò)增大豆過(guò)敏原成分的特異性引物對(duì)和大豆過(guò)敏原成分特異性探針。本發(fā)明還提供了相應(yīng)的試劑盒。本發(fā)明可靈敏、簡(jiǎn)便地檢測(cè)和鑒定大豆過(guò)敏原成分。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK101851669SQ20091019814
公開(kāi)日2010年10月6日 申請(qǐng)日期2009年11月3日 優(yōu)先權(quán)日2009年11月3日
發(fā)明者張佳誼, 張舒亞, 李妮, 高琴 申請(qǐng)人:上海出入境檢驗(yàn)檢疫局動(dòng)植物與食品檢驗(yàn)檢疫技術(shù)中心
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