專利名稱：基因檢測(cè)芯片及其用途的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及基因分析檢測(cè)產(chǎn)品，具體地說是基因檢測(cè)芯片，更具體的說是適用于測(cè)定IL-1B基因型的基因檢測(cè)芯片。本發(fā)明還涉及測(cè)定IL-1B基因型的方法。
背景技術(shù)：
Helicobacter pylori(幽門螺桿菌)曾感染過世界近一半的人口，也是胃癌發(fā)病機(jī)理中很重要的一點(diǎn)。1994年國(guó)際癌癥研究中心(IARC)已把幽門螺桿菌列為I類致癌物。它首先引起胃炎，進(jìn)而導(dǎo)致胃黏膜萎縮，再逐步演化為胃癌。幽門螺桿菌致癌作用的機(jī)理還不清楚。目前一個(gè)普遍的解釋是宿主的遺傳特性決定了對(duì)幽門螺桿菌誘導(dǎo)的免疫和炎癥反應(yīng)。幽門螺桿菌誘導(dǎo)的胃癌的關(guān)鍵因素是胃酸的分泌。當(dāng)幽門螺桿菌存在的條件下，可以誘發(fā)宿主產(chǎn)生一種白細(xì)胞介素(Interleukin)-1β(即IL-1β)，它是一種對(duì)胃生理學(xué)有深刻作用的重要炎癥前期細(xì)胞因子。其獨(dú)特的胃酸抑制特征使其成為在宿主對(duì)幽門螺桿菌感染的反應(yīng)以及幽門螺桿菌感染相關(guān)疾病中的重要參與者而倍受重視。編碼IL-1β的基因是IL-1B，該基因位于人類染色體2q上。其中IL-1B中三個(gè)雙等位基因的多態(tài)性已有報(bào)道，均為C-T堿基顛換，位于從轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)開始的-511、-31和+3954堿基對(duì)(base pairs)處。并且在這三個(gè)位點(diǎn)之間存在連鎖不平衡。已經(jīng)發(fā)現(xiàn)IL-1B-31C/+、IL-1B-31C/IL-1B-511T在對(duì)幽門螺桿菌感染的反應(yīng)中均可增加胃酸過少和胃萎縮甚至胃癌的危險(xiǎn)，與腫瘤相關(guān)性高達(dá)46％(Nature.2000，404398-402)。因此研究IL-1B-31位和IL-1B-511位的基因型可以使臨床從幽門螺桿菌感染者中篩選出胃癌高危人群，將有助于預(yù)測(cè)胃癌發(fā)生危險(xiǎn)和提前采取針對(duì)性治療，對(duì)臨床意義重大(Gut.2001，48743-747)。目前的科研單位可以采用聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)-單股鏈構(gòu)象多態(tài)性(PCR-SSCP)、手工或自動(dòng)測(cè)序、異源雙鏈分析等方法，所有這些都需經(jīng)過電泳環(huán)節(jié)，不僅操作繁瑣，檢測(cè)周期長(zhǎng)，而且影響檢測(cè)結(jié)果的因素多，不易控制，難以滿足臨床檢驗(yàn)的要求，使臨床至今還無法開展有關(guān)幽門螺桿菌感染者胃癌易感基因的檢測(cè)。
基因芯片是近幾年在高科技領(lǐng)域內(nèi)出現(xiàn)的最具時(shí)代特征的重大科技進(jìn)展之一。它是將能反映樣本中大量基因信息的基因探針(寡核苷酸探針、cDNA克隆、PCR產(chǎn)物等)，有序固定在固相支持物(如醛基、氨基、巰基、羧基等活性基團(tuán)修飾的載玻片或硅片、尼龍膜、硝酸纖維素膜)上形成陣列，通過與實(shí)際樣本(或擴(kuò)增產(chǎn)物)進(jìn)行雜交反應(yīng)，只需一次實(shí)驗(yàn)，就可高通量獲得所有待檢基因的信息。這種平行檢測(cè)、高信息通量的特點(diǎn)使其在基因表達(dá)、基因多態(tài)性檢測(cè)等方面的應(yīng)用受到廣泛重視。用基因芯片檢測(cè)IL-1B基因的-31位和IL-1B-511位的多態(tài)性，發(fā)揮基因芯片檢測(cè)操作簡(jiǎn)單、結(jié)果準(zhǔn)確的特點(diǎn)，對(duì)于臨床從胃病患者中篩選出胃癌高危人群，預(yù)測(cè)胃癌發(fā)生危險(xiǎn)具有重要的現(xiàn)實(shí)意義。
發(fā)明內(nèi)容
技術(shù)問題本發(fā)明的目的在于提供一種用于測(cè)定IL-1B基因型的基因檢測(cè)芯片。
本發(fā)明的目的還在于提供一種IL-1B基因型的方法技術(shù)方案為了實(shí)現(xiàn)本發(fā)明的目的，本發(fā)明提供了一種基因芯片，包括固相支持物和有序固定在所述固相支持物上的寡核苷酸探針，所述寡核苷酸探針包含以下序列中分別包括-31位和-511位在內(nèi)的18-28個(gè)連續(xù)核苷酸，其中，SEQ ID NO1和SEQ IDNO2包含-31，SEQ ID NO3和SEQ ID NO4包含-511位-31CacagagaaatttctcagcctcctacttctgcttttgaaagcCataaaaacagcgagggagaaactggcagatacca(SEQ ID NO1)-31TacagagaaatttctcagcctcctacttctgcttttgaaagcTataaaaacagcgagggagaaactggcagatacca(SEQ ID NO2)-511TctcagaggctcctgcaattgacagagagctccTgaggcagagaacagcacccaaggtagagacccacacc(SEQ ID NO3)-511CctcagaggctcctgcaattgacagagagctccCgaggcagagaacagcacccaaggtagagacccacacc(SEQ ID NO4)。
為了增強(qiáng)檢測(cè)信號(hào)的強(qiáng)度，提高檢測(cè)結(jié)果的準(zhǔn)確率，所述-31位和-511位最好位于所在探針的中部。
所述探針還可以在其5′端包含一段氨基修飾的0-25聚的聚脫氧胸苷酸(聚dT)。
所述固相支持物可采用基因芯片領(lǐng)域的各種常用材料，例如但不限于尼龍膜，經(jīng)活性基團(tuán)(如醛基、氨基、異硫氰酸基等)修飾的玻片或硅片、未修飾的玻片、塑料片等。
本發(fā)明基因芯片的制備可采用生物芯片的常規(guī)制造方法。例如，如果固相支持物采用的是修飾玻片或硅片，探針的5′端含有氨基修飾的聚dT串，可將寡核苷酸探針配制成溶液，然后用點(diǎn)樣儀將其點(diǎn)在修飾玻片或硅片，排列成預(yù)定的序列或陣列，然后通過放置過夜來固定，就可得到本發(fā)明的基因芯片。如果寡核苷酸探針不含氨基修飾，則其制備方法也可參照王申五主編的《基因診斷技術(shù)-非放射性操作手冊(cè)》；J.L.Derisi，V.R.Iyer，P.O.Brown.Exploring themetablic and genetic control of gene expression on a genomic scale.Science，1997，278680和馬立人，蔣中華 主編.生物芯片.北京化學(xué)工業(yè)出版社，2000，1-130。
本發(fā)明還提供了一種測(cè)定IL-1B基因型的方法，包括以下步驟(1)制備染色體DNA；(2)用聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)方法擴(kuò)增IL-1B基因中包含-31位和/或-511位的基因片段；(3)標(biāo)記以上所得擴(kuò)增產(chǎn)物；(4)將所得標(biāo)記擴(kuò)增產(chǎn)物與基因芯片雜交；(5)檢測(cè)基因芯片的雜交信號(hào)。
制備用于PCR擴(kuò)增的染色體DNA的方法有很多，可以從全血中制備、也可以從發(fā)根中制備，還可以從口腔粘膜的脫落物中制備。具體方法可參閱文獻(xiàn)(丁振諾，蘇明權(quán)主編.《臨床PCR基因診斷技術(shù)》，世界圖書出版公司.1998年第一版)。
用PCR方法擴(kuò)增染色體基因特定片段的方法已經(jīng)是本領(lǐng)域公知技術(shù)。其中的關(guān)鍵在于引物設(shè)計(jì)，有關(guān)引物設(shè)計(jì)的方法、軟件均可以從商業(yè)途徑獲得。本發(fā)明涉及的白介素1B基因-31位和-511位的擴(kuò)增引物和體系可根據(jù)上述各種方法及有關(guān)文獻(xiàn)(KB穆里斯，F(xiàn).費(fèi)里，R.吉布斯等主編《PCR聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)》，科學(xué)出版社)記載的方法由使用者獨(dú)立完成。
在所述步驟(2)中，可以擴(kuò)增同時(shí)包含-31位和-511位基因的片段，此時(shí)只需采用-31位上游的上游引物和-511位下游的下游引物組成引物對(duì)即可。但是，此時(shí)，由于擴(kuò)增片段較大，雜交時(shí)空間位阻大，雜交信號(hào)較弱。因此，要獲得較好的擴(kuò)增效果及雜交效果，可以分別在各自獨(dú)立的擴(kuò)增體系中擴(kuò)增包含-31位基因的片段和包含-511位基因的片段。
對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行標(biāo)記可以通過采用5′端帶標(biāo)記基團(tuán)的引物進(jìn)行擴(kuò)增的方法，也可通過在擴(kuò)增過程中摻入帶標(biāo)記基團(tuán)的單核苷酸的方法加以實(shí)現(xiàn)，所述標(biāo)記基團(tuán)包括但不限于地高辛分子(DIG)、生物素分子(Bio)、熒光素及其衍生物分子(FITC等)、其他熒光分子(如Cy3、Cy5等)、堿性磷酸酶(AP)、辣根過氧化物酶(HRP)等。這些標(biāo)記及其標(biāo)記方法都已是本領(lǐng)域眾所周知的常規(guī)技術(shù)，也可以參照王申五主編的《基因診斷技術(shù)-非放射性操作手冊(cè)》；J.薩姆布魯克，E.F.弗里奇，T.曼尼阿蒂斯主編，《分子克隆實(shí)驗(yàn)指南》，科學(xué)出版社，1995年；馬立人，蔣中華主編，《生物芯片》，北京化學(xué)工業(yè)出版社，2000，1-130。
帶標(biāo)記的擴(kuò)增產(chǎn)物與基因芯片雜交前，先將擴(kuò)增產(chǎn)物變性。此時(shí)，可采用常規(guī)變性方法變性PCR擴(kuò)增產(chǎn)物。此類方法例如將擴(kuò)增產(chǎn)物加熱至94～98℃，并保溫2～10min，然后迅速置冰上?；蛘?，也可采用堿變性然后中和的方法。如果對(duì)-31位和-511位的兩個(gè)基因片是分別擴(kuò)增的，分析時(shí)兩管擴(kuò)增產(chǎn)物可以先混合，然后一起變性，也可以先一起變性，然后再混合。
將所述擴(kuò)增產(chǎn)物與基因芯片雜交時(shí)，可以先將基因芯片與預(yù)雜交緩沖液進(jìn)行預(yù)雜交。
本發(fā)明擴(kuò)增產(chǎn)物與基因芯片之間的固相雜交按照本領(lǐng)域的經(jīng)典方法進(jìn)行，本領(lǐng)域一般人員依據(jù)經(jīng)驗(yàn)容易確定有關(guān)緩沖液、探針和樣品濃度、預(yù)雜交溫度、雜交溫度以及時(shí)間等的最適條件。或者也可參照王申五主編的《基因診斷技術(shù)-非放射性操作手冊(cè)》；J.薩姆布魯克，E.F.弗里奇，T.曼尼阿蒂斯主編，《分子克隆實(shí)驗(yàn)指南》，科學(xué)出版社，1995年。
然后根據(jù)標(biāo)記信號(hào)在基因芯片上的位置、強(qiáng)度等信息獲取待測(cè)信息。本發(fā)明所述檢測(cè)基因芯片雜交信號(hào)的方法是基于與抗生物素抗體或親合素或鏈親合素或抗地高辛抗體或抗熒光素抗體復(fù)合在一起的堿性磷酸酶或辣根過氧化物酶催化的四氮唑藍(lán)(NBT)和5-溴-4-氯-3-吲哚酚-磷酸-4-甲苯胺鹽(BCIP)或四甲基聯(lián)苯胺(TMB)的顯色反應(yīng)。具體方法可參照王申五主編的《基因診斷技術(shù)-非放射性操作手冊(cè)》。若擴(kuò)增產(chǎn)物用熒光基團(tuán)標(biāo)記，也可以直接用熒光檢測(cè)設(shè)備(如激光共聚焦掃描儀Scanarray3000等)獲取待測(cè)信息。
本發(fā)明還提供一種用于測(cè)定IL-1B基因型的試劑盒，該試劑盒包含本發(fā)明所說的基因芯片和使用說明書。
有益效果本發(fā)明提供基因芯片及其試劑盒，可用于檢測(cè)幽門螺桿菌感染者胃癌易感基因，這為臨床從胃病患者中篩選出胃癌高危人群，預(yù)測(cè)胃癌發(fā)生危險(xiǎn)并提供有針對(duì)性的治療提供了一種簡(jiǎn)便易行的解決方案。
圖1本發(fā)明基因芯片上的一種點(diǎn)樣列陣；圖2用本發(fā)明基因芯片檢測(cè)IL-B1基因型所得結(jié)果的照片。
以下實(shí)施例是對(duì)本發(fā)明的更詳細(xì)的說明，而不是對(duì)本發(fā)明范圍的限定。
具體實(shí)施例方式
實(shí)施例1基因芯片的制備(1)購置醛基修飾的載玻片(產(chǎn)品編號(hào)BSM03011，上海百傲科技有限公司)。人工合成(上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司)以下探針，用水溶解成(100pmol/ul)濃度，然后用2×點(diǎn)樣緩沖液(產(chǎn)品編號(hào)BST02010，上海百傲科技有限公司)等比混合。接著，用Affymetrix公司的GSM417點(diǎn)樣儀按說明書所述方法點(diǎn)制如圖1的陣列。然后室溫放置過夜。記為A芯片。
其中各探針序列為-31T5′NH2(dT)25tgcttttgaaagcTataaaaac 3′(22聚)(SEQ ID NO5)-31C5′NH2(dT)25tgcttttgaaagcCataaaaa 3′(21聚)(SEQ ID NO6)-511T5′NH2(dT)25agagagctccTgaggcagag 3′(20聚)(SEQ ID NO7)-511C5′NH2(dT)25gagagctccCgaggcaga 3′(18聚)(SEQ ID NO8)(2)購置硅片(3時(shí)拋光硅片，上海硅材料廠)，600-1000℃加熱氧化，再按文獻(xiàn)(zhen guo etal.Direct fluorescence analysis of genetic polymorphisms byhybridization with oligonucleotide qrrqys on glass supports.Nucleic Acids Research.1994，225456)方法進(jìn)行醛基修飾，然后按(1)所述方法將以下探針點(diǎn)制成如圖1的基因芯片。然后室溫放置過夜。記為B芯片。
-31T5′NH2(dT)5tgcttttgaaagcTataaaaac 3′(22聚)(SEQ ID NO5)-31C5′NH2(dT)5tgcttttgaaagcCataaaaa 3′(21聚)(SEQ ID NO6)-511T5′NH2(dT)5agagagctccTgaggcagag 3′(20聚)(SEQ ID NO7)-511C5′NH2(dT)5gagagctccCgaggcaga 3′(18聚)(SEQ ID NO8)(3)購置尼龍膜(產(chǎn)品編號(hào)Cat1209299，羅氏公司)，然后按產(chǎn)品說明書將以下探針點(diǎn)制成如圖1所示的基因芯片。然后按產(chǎn)品說明書的方法固定探針。記為C芯片。
-31T5′tctgcttttgaaagcTataaaaacagcg 3′(28聚)(SEQ ID NO9)-31C5′tctgcttttgaaagcCataaaaacagc 3′(27聚)(SEQ ID NO10)-511T5′gacagagagctccTgaggcagagaa 3′(25聚)(SEQ ID NO11)-511C5′acagagagctccCgaggcagaga 3′(23聚)(SEQ ID NO12)
實(shí)施例2染色體DNA的制備用一次性無菌注射針頭抽取幽門螺桿菌感染陽性的患者全血500μl，收集于含50ul的2％EDTA溶液的無菌1.5ml離心管中，蓋上管蓋，上下顛倒數(shù)次，混勻。取無菌的1.5ml離心管，向其中加入混勻的待檢全血100μl和純水300μl，充分混勻，室溫靜置8分鐘；將離心管置離心機(jī)中，6000g離心1分鐘；取出離心管，傾去上清液，離心管底部可見少量白色沉淀；向離心管中加入抽提液(產(chǎn)品編號(hào)BST01010，上海百傲科技有限公司)60μl，充分振蕩使沉淀溶解；沸水浴中15分鐘；取出離心管，置離心機(jī)中，12,000g離心15分鐘。離心后上清液可直接用于PCR擴(kuò)增。
實(shí)施例3用PCR方法分別擴(kuò)增并標(biāo)記IL-1B基因含-31位的基因片段和含-511位的基因片段委托上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司合成以下引物-31位上游引物Bio-ttccatgaaccagagaattatc(SEQ ID NO13)下游引物Bio-gcctcgaagaggtttggtatct(SEQ ID NO14)-511位上游引物Bio-gaaaggtcaattttctcctc (SEQ ID NO15)下游引物Bio-acaaagtggaagacacac(SEQ ID NO16)然后用水溶解并稀釋至10pmol/μl。將購置的Taq酶(產(chǎn)品編號(hào)Lot，CE1101-1，TaKaRa)、10×緩沖液(產(chǎn)品編號(hào)Lot，A2401-2，TaKaRa)、dNTP(產(chǎn)品編號(hào)D0056，上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司)、純水以及實(shí)施例2獲得的PCR擴(kuò)增模板按以下配方分別配制針對(duì)-31位和-511位的PCR擴(kuò)增體系反應(yīng)體系(-31位/-511位) 體積(μl)10×緩沖液 2.5dNTP(各2.5mM) 2.5引物1(10pmol/ul)1引物2(10pmol/ul)1Taq酶(1U/ul)1H2O14模板3總體積 25μl
用PCR擴(kuò)增儀Tc-25/H(杭州大和熱磁電子有限公司)按以下程序擴(kuò)增94℃，5min，然后按94℃25sec，58℃25sec，72℃25sec做35個(gè)循環(huán)，最后72℃5min。
實(shí)施例4用PCR擴(kuò)增并標(biāo)記IL-1B基因中同時(shí)包含-31位和-511位的基因片段委托上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司合成以下引物上游引物Bio-gaaaggtcaattttctcctc (SEQ ID NO15)下游引物Bio-gcctcgaagaggtttggtatct(SEQ ID NO14)然后用水溶解并稀釋至10pmol/μl。將購置的Taq酶(產(chǎn)品編號(hào)Lot，CE1101-1，TaKaRa)、10×緩沖液(產(chǎn)品編號(hào)Lot，A2401-2，TaKaRa)、dNTP(產(chǎn)品編號(hào)D0056，上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司)、純水以及實(shí)施例2獲得的PCR擴(kuò)增模板按以下配方配制針對(duì)-31位和-511位的PCR擴(kuò)增體系反應(yīng)體系 體積(μl)10×緩沖液 2.5dNTP(各2.5mM) 2.5引物1(10pmol/ul)1引物2(10pmol/ul)1Taq酶(1U/ul)1H2O14模板3總體25μl用PCR擴(kuò)增儀Tc-25/H(杭州大和熱磁電子有限公司)按以下程序擴(kuò)增94℃，5min，然后按94℃25sec，58℃25sec，72℃25sec做35個(gè)循環(huán)，最后72℃5min。
實(shí)施例五標(biāo)記的PCR產(chǎn)物與基因芯片的雜交采用上海百傲科技有限公司的芯片雜交試劑盒與芯片顯色試劑盒進(jìn)行此雜交試驗(yàn)。所述芯片雜交試劑盒(產(chǎn)品編號(hào)BST05010，上海百傲科技有限公司)包含預(yù)雜交液，雜交緩沖液，洗液1，反應(yīng)艙。所述芯片顯色試劑盒(產(chǎn)品編號(hào)BST06010，上海百傲科技有限公司)包含抗體液，洗液2，洗液3，顯色液。
(1)將實(shí)施例一的基因芯片用預(yù)雜交液預(yù)雜交5min，然后除去預(yù)雜交液。A芯片和B芯片的預(yù)雜交溫度為42℃，C芯片用雜交緩沖液進(jìn)行預(yù)雜交，預(yù)雜交溫度為58℃。
(2)將實(shí)施例三獲得的帶生物素標(biāo)記的-31位和-511位PCR擴(kuò)增產(chǎn)物混合后先98℃變性5min，然后取20μl加至200μl雜交緩沖液中混勻，與預(yù)雜交完畢的基因芯片進(jìn)行30分鐘雜交反應(yīng)，A芯片和B芯片的雜交溫度為42℃，C芯片的雜交溫度為58℃。
(3)將雜交完畢的基因芯片用已預(yù)熱至雜交溫度的洗液1洗兩次，每次10分鐘；(6)然后用洗液2室溫洗2分鐘；(7)將基因芯片與抗體液室溫反應(yīng)20分鐘；(8)然后將基因芯片用洗液2室溫洗5分鐘，再重復(fù)此步驟一次；再用洗液3室溫洗2分鐘。
(10)在基因芯片上加顯色液200μl，42℃放置40分鐘。然后用水沖洗干凈，晾干。
實(shí)施例六基因芯片雜交信號(hào)的檢測(cè)將雜交并洗滌完畢的基因芯片置于Baio BE3.0生物芯片識(shí)讀儀(BSE01021，上海百傲科技有限公司)上掃描后得到如圖2所示的檢測(cè)結(jié)果。其中2a為實(shí)施例三擴(kuò)增產(chǎn)物與基因芯片的雜交結(jié)果，2b為實(shí)施例四擴(kuò)增產(chǎn)物與基因芯片的雜交結(jié)果。結(jié)果表明幽門螺桿菌感染陽性的受檢者的白介素1B基因-31位為C、-511位為T，屬于胃癌易感的高危人群，建議徹底根治幽門螺桿菌。檢測(cè)結(jié)果經(jīng)測(cè)序結(jié)果驗(yàn)證完全符合。
序列表<110>上海百傲科技有限公司<120>基因檢測(cè)芯片及其用途<130>035160<160>16<170>PatentIn version 3.1<210>1<211>76<212>DNA<213>智人(Homo sapiens)<400>1acagagaaat ttctcagcct cctacttctg cttttgaaag ccataaaaac agcgagggag60aaactggcag atacca76<210>2<211>76<212>DNA<213>智人(Homo sapiens)<400>2acagagaaat ttctcagcct cctacttctg cttttgaaag ctataaaaac agcgagggag60aaactggcag atacca76<210>3<211>70<212>DNA<213>智人(Homo sapiens)<400>3
ctcagaggct cctgcaattg acagagagct cctgaggcag agaacagcac ccaaggtaga60gacccacacc 70<210>4<211>70<212>DNA<213>智人(Homo sapiens)<400>4ctcagaggct cctgcaattg acagagagct cccgaggcag agaacagcac ccaaggtaga60gacccacacc 70<210>5<211>22<212>DNA<213>人工序列<220>
<221>misc_feature<223>探針<400>5tgcttttgaa agctataaaa ac 22<210>6<211>21<212>DNA<213>人工序列<220>
<221>misc_feature<223>探針<400>6tgcttttgaa agccataaaa a 21
<210>7<211>20<212>DNA<213>人工序列<220>
<221>misc_feature<223>探針<400>7agagagctcc tgaggcagag 20<210>8<211>18<212>DNA<213>人工序列<220>
<221>misc_feature<223>探針<400>8gagagctccc gaggcaga 18<210>9<211>28<212>DNA<213>人工序列<220>
<221>misc_feature<223>探針<400>9tctgcttttg aaagctataa aaacagcg28
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<221>misc_feature<223>探針<400>12acagagagct cccgaggcag aga23
<210>13<211>22<212>DNA<213>人工序列<220>
<221>misc_feature<223>引物<400>13ttccatgaac cagagaatta tc 22<210>14<211>22<212>DNA<213>人工序列<220>
<221>misc_feature<223>引物<400>14gcctcgaaga ggtttggtat ct 22<210>15<211>20<212>DNA<213>人工序列<220>
<221>misc_feature<223>引物<400>15gaaaggtcaa ttttctcctc20
<210>16<211>18<212>DNA<213>人工序列<220>
<221>misc_feature<223>引物<400>16acaaagtgga agacacac18
權(quán)利要求
1.一種用于測(cè)定IL-1B基因型的基因芯片，包括固相支持物和固定在所述固相支持物上的寡核苷酸探針，所述寡核苷酸探針包含以下序列中分別包括-31位和-511位在內(nèi)的18-28個(gè)連續(xù)核苷酸，其中，SEQ ID NO1和SEQ ID NO2包含-31，SEQ ID NO3和SEQ ID NO4包含-511位，SEQ ID NO1acagagaaatttctcagcctcctacttctgcttttgaaagcCataaaaacagcgagggagaaactggcagataccaSEQ ID NO2acagagaaatttctcagcctcctacttctgcttttgaaagcTataaaaacagcgagggagaaactggcagataccaSEQ ID NO3ctcagaggctcctgcaattgacagagagctccTgaggcagagaacagcacccaaggtagagacccacaccSEQ ID NO4ctcagaggctcctgcaattgacagagagctccCgaggcagagaacagcacccaaggtagagacccacacc。
2.如權(quán)利要求1所述的基因芯片，所述-31位和-511位分別位于所在探針的中部。
3.如權(quán)利要求1所述的基因芯片，所述探針的5′端還包含一段氨基修飾的0-25聚的聚脫氧胸苷酸。
4.一種非以診斷為目的測(cè)定IL-1B基因型的方法，包括以下步驟(1)制備染色體DNA；(2)用聚合酶鏈反應(yīng)方法擴(kuò)增IL-1B基因中包含-31位和/或-511位的基因片段；(3)標(biāo)記以上所得擴(kuò)增產(chǎn)物；(4)將所得標(biāo)記擴(kuò)增產(chǎn)物與權(quán)利要求1所述基因芯片雜交；(5)檢測(cè)基因芯片的雜交信號(hào)。
5.如權(quán)利要求4所述的測(cè)定方法，其中的步驟(2)包括分別在各自獨(dú)立的擴(kuò)增體系中擴(kuò)增包含-31位基因的片段和包含-511位基因的片段。
6.如權(quán)利要求4所述的測(cè)定方法，步驟(5)中檢測(cè)雜交信號(hào)的方法選自堿性磷酸酶催化的四氮唑藍(lán)顯色反應(yīng)，辣根過氧化物酶催化的5-溴-4-氯-3-吲哚酚-磷酸-4-甲苯胺鹽顯色反應(yīng)或辣根過氧化物酶催化的四甲基聯(lián)苯胺顯色反應(yīng)或熒光檢測(cè)。
7.一種用于測(cè)定IL-1B基因型的試劑盒，該試劑盒包含權(quán)利要求1所述的基因芯片和使用說明書。
全文摘要
本發(fā)明提供了一種用于測(cè)定IL－1B基因型的基因芯片，包含該基因芯片的試劑盒和使用該芯片或試劑盒測(cè)定IL－1B基因型的方法。本發(fā)明的產(chǎn)品和方法可用于檢測(cè)幽門螺桿菌感染者胃癌易感基因，為預(yù)測(cè)胃癌發(fā)生危險(xiǎn)提供必要信息。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK1597979SQ0315098
公開日2005年3月23日 申請(qǐng)日期2003年9月15日 優(yōu)先權(quán)日2003年9月15日
發(fā)明者孫悅, 趙志泉, 郜恒駿, 朱濱, 邢軍芬 申請(qǐng)人:上海百傲科技有限公司